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山田 陸裕
分子生命科学研究所（個体システム生物学部門）
准教授
経歴
■ 経歴
- 2024年04月 - 現在
久留米大学, 分子生命科学研究所 - 2023年04月 - 現在
国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 客員研究員 - 2020年08月 - 現在
東京大学, 大学院医学系研究科 機能生物学専攻 システムズ薬理, 客員研究員 - 2019年10月 - 現在
株式会社CUBICStars, 上級研究員 - 2023年04月 - 2024年03月
大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任研究員 - 2021年04月 - 2024年03月
株式会社ACCELStars, 上級研究員 - 2021年04月 - 2023年03月
大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい准教授 - 2014年10月 - 2023年03月
特定国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 上級研究員 - 2011年04月 - 2014年09月
理化学研究所, 発生・再生科学総合研究センター, 研究員 - 2008年04月 - 2011年03月
理化学研究所, 発生・再生科学総合研究センター, 基礎科学特別研究員 - 2007年04月 - 2008年03月
理化学研究所, 発生・再生科学総合研究センター, リサーチアソシエイト
研究活動情報
■ 受賞
■ 論文
■ 論文
- A whole-brain single-cell atlas of circadian neural activity in mice
Katsunari Yamashita; Fukuaki L. Kinoshita; Shota Y. Yoshida; Katsuhiko Matsumoto; Tomoki T. Mitani; Hiroshi Fujishima; Yoichi Minami; Eiichi Morii; Rikuhiro G. Yamada; Seiji Okada; Hiroki R. Ueda
Science, 2025年11月13日 - A unified framework to model synaptic dynamics during the sleep–wake cycle
Fukuaki L. Kinoshita; Rikuhiro G. Yamada; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
PLOS Biology, 2025年06月12日 - Isoflurane activates the type 1 ryanodine receptor to induce anesthesia in mice
Hiroyuki J. Kanaya; Ken Kuwajima; Yuko Ito; Yuta Shinohara; Yohei Okubo; Shinnosuke Shiono; Fumiya Tatsuki; Rei-ichiro Ohno; Hideki Ukai; Maki Ukai-Tadenuma; Kenta Sumiyama; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Daisuke Tone; Hiroshi Kiyonari; Masaki Kikuchi; Takashi Umehara; Takashi Murayama; Kazunori Kanemaru; Masamitsu Iino; Koji L. Ode; Takatsugu Hirokawa; Hiroki R. Ueda
PLOS Biology, 2025年06月03日 - Whole‐brain Cellome‐Wide Association Study (CWAS) Unveils Ultra‐Early Neurodegeneration Phenomena in a 3D Spatial Cell Atlas
Tomoki T Mitani; Kosei Yamaura; Katsuhiko Matsumoto; Rikuhiro Yamada; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda
Alzheimer's & Dementia, 2024年12月 - Postsynaptic competition between calcineurin and PKA regulates mammalian sleep–wake cycles
Yimeng Wang; Siyu Cao; Daisuke Tone; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Rei-ichiro Ohno; Shoi Shi; Kyoko Matsuzawa; Saori Yada; Mari Kaneko; Hirokazu Sakamoto; Taichi Onishi; Maki Ukai-Tadenuma; Hideki Ukai; Carina Hanashima; Kenzo Hirose; Hiroshi Kiyonari; Kenta Sumiyama; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
Nature, 2024年11月06日 - An automated sleep staging tool based on simple statistical features of mice electroencephalography (EEG) and electromyography (EMG) data
Rikuhiro G. Yamada; Kyoko Matsuzawa; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
European Journal of Neuroscience, 2024年07月28日 - Cortical parvalbumin neurons are responsible for homeostatic sleep rebound through CaMKII activation
Kazuhiro Kon; Koji L. Ode; Tomoyuki Mano; Hiroshi Fujishima; Riina R. Takahashi; Daisuke Tone; Chika Shimizu; Shinnosuke Shiono; Saori Yada; Kyoko Matsuzawa; Shota Y. Yoshida; Junko Yoshida Garçon; Mari Kaneko; Yuta Shinohara; Rikuhiro G. Yamada; Shoi Shi; Kazunari Miyamichi; Kenta Sumiyama; Hiroshi Kiyonari; Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda
Nature Communications, 2024年07月18日 - Circadian ribosome profiling reveals a role for the Period2 upstream open reading frame in sleep
Arthur Millius; Rikuhiro G. Yamada; Hiroshi Fujishima; Kazuhiko Maeda; Daron M. Standley; Kenta Sumiyama; Dimitri Perrin; Hiroki R. Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2023年09月28日 - Distinct phosphorylation states of mammalian CaMKIIβ control the induction and maintenance of sleep
Daisuke Tone; Koji L. Ode; Qianhui Zhang; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Yoshiki Nagashima; Katsuhiko Matsumoto; Zhiqing Wen; Shota Y. Yoshida; Tomoki T. Mitani; Yuki Arisato; Rei-ichiro Ohno; Maki Ukai-Tadenuma; Junko Yoshida Garçon; Mari Kaneko; Shoi Shi; Hideki Ukai; Kazunari Miyamichi; Takashi Okada; Kenta Sumiyama; Hiroshi Kiyonari; Hiroki R. Ueda
PLOS Biology, 2022年10月04日 - CUBIC-Cloud provides an integrative computational framework toward community-driven whole-mouse-brain mapping
Tomoyuki Mano; Ken Murata; Kazuhiro Kon; Chika Shimizu; Hiroaki Ono; Shoi Shi; Rikuhiro G. Yamada; Kazunari Miyamichi; Etsuo A. Susaki; Kazushige Touhara; Hiroki R. Ueda
Cell Reports Methods, 2021年06月 - A Microfluidic Platform Based on Robust Gas and Liquid Exchange for Long-term Culturing of Explanted Tissues
Nobutoshi Ota; Genki N. Kanda; Hiroyuki Moriguchi; Yusufu Aishan; Yigang Shen; Rikuhiro G. Yamada; Hiroki R. Ueda; Yo Tanaka
ANALYTICAL SCIENCES, 2019年10月, ［査読有り］ - Molecular Mechanisms of REM Sleep.
Rikuhiro G Yamada; Hiroki R Ueda
Frontiers in neuroscience, 2019年, ［査読有り］ - Muscarinic Acetylcholine Receptors Chrm1 and Chrm3 Are Essential for REM Sleep.
Yasutaka Niwa; Genki N Kanda; Rikuhiro G Yamada; Shoi Shi; Genshiro A Sunagawa; Maki Ukai-Tadenuma; Hiroshi Fujishima; Naomi Matsumoto; Koh-Hei Masumoto; Mamoru Nagano; Takeya Kasukawa; James Galloway; Dimitri Perrin; Yasufumi Shigeyoshi; Hideki Ukai; Hiroshi Kiyonari; Kenta Sumiyama; Hiroki R Ueda
Cell reports, 2018年08月28日, ［査読有り］ - Temperature-Sensitive Substrate and Product Binding Underlie Temperature-Compensated Phosphorylation in the Clock.
Yuta Shinohara; Yohei M Koyama; Maki Ukai-Tadenuma; Takatsugu Hirokawa; Masaki Kikuchi; Rikuhiro G Yamada; Hideki Ukai; Hiroshi Fujishima; Takashi Umehara; Kazuki Tainaka; Hiroki R Ueda
Molecular cell, 2017年09月07日, ［査読有り］ - Compass in the data ocean: Toward chronotherapy.
Rikuhiro G Yamada; Hiroki R Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017年05月16日, ［招待有り］ - Metabolites as clock hands: Estimation of internal body time using blood metabolomics
Hitoshi Iuchi; Rikuhiro G. Yamada; Hiroki R. Ueda
Neuromethods, 2016年, ［査読有り］ - A MICROFLUIDIC PLATFORM TO GENERATE A ROBUST GAS-LIQUID INTERFACE FOR ORGANOTYPIC SLICE CULTURE OVER A LONG PERIOD
G.N. Kanda; H. Moriguchi; R.G. Yamada; Y. Tanaka; H.R. Ueda
MicroTAS 2013, 2013年10月 - Different circadian expression of major matrix-related genes in various types of cartilage: modulation by light-dark conditions
Kiyomasa K. Honda; Takeshi Kawamoto; Hiroki R. Ueda; Ayumu Nakashima; Taichi Ueshima; Rikuhiro G. Yamada; Masahiro Nishimura; Ryo Oda; Shigeo Nakamura; Tomoko Kojima; Mitsuhide Noshiro; Katsumi Fujimoto; Seiichi Hashimoto; Yukio Kato
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2013年10月, ［査読有り］ - A simple process for long-term culture of adherent mammalian cells in micro-flow chamber based on PDMS and polystyrene
Rikuhiro G. Yamada
Proceedings of 2011 International Conference on Microtechnologies in Medicine and Biology, 2011年05月, ［査読有り］ - Delay in feedback repression by cryptochrome 1 is required for circadian clock function.
Maki Ukai-Tadenuma; Rikuhiro G Yamada; Haiyan Xu; Jürgen A Ripperger; Andrew C Liu; Hiroki R Ueda
Cell, 2011年01月21日, ［査読有り］ - CKIepsilon/delta-dependent phosphorylation is a temperature-insensitive, period-determining process in the mammalian circadian clock.
Yasushi Isojima; Masato Nakajima; Hideki Ukai; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G Yamada; Koh-hei Masumoto; Reiko Kiuchi; Mayumi Ishida; Maki Ukai-Tadenuma; Yoichi Minami; Ryotaku Kito; Kazuki Nakao; Wataru Kishimoto; Seung-Hee Yoo; Kazuhiro Shimomura; Toshifumi Takao; Atsuko Takano; Toshio Kojima; Katsuya Nagai; Yoshiyuki Sakaki; Joseph S Takahashi; Hiroki R Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009年09月15日, ［査読有り］ - Genetic and Molecular Analysis of Wild-Derived Arrhythmic Mice
Tsuyoshi Watanabe; Tohru Suzuki; Akira Ishikawa; Yuki Yokota; Hiroki R. Ueda; Rikuhiro G. Yamada; Hajime Tei; Saki Imai; Shigeru Tomida; Junya Kobayashi; Emiko Naito; Shinobu Yasuo; Nobuhiro Nakao; Takao Namikawa; Takashi Yoshimura; Shizufumi Ebihara
PLOS ONE, 2009年01月, ［査読有り］ - A functional genomics strategy reveals clockwork orange as a transcriptional regulator in the Drosophila circadian clock.
Akira Matsumoto; Maki Ukai-Tadenuma; Rikuhiro G Yamada; Jerry Houl; Kenichiro D Uno; Takeya Kasukawa; Brigitte Dauwalder; Taichi Q Itoh; Kuniaki Takahashi; Ryu Ueda; Paul E Hardin; Teiichi Tanimura; Hiroki R Ueda
Genes & development, 2007年07月01日, ［査読有り］ - Microarrays: Statistical methods for circadian rhythms
Rikuhiro Yamada; Hiroki R. Ueda
Methods in Molecular Biology, 2007年01月11日, ［査読有り］ - Feedback repression is required for mammalian circadian clock function.
Trey K Sato; Rikuhiro G Yamada; Hideki Ukai; Julie E Baggs; Loren J Miraglia; Tetsuya J Kobayashi; David K Welsh; Steve A Kay; Hiroki R Ueda; John B Hogenesch
Nature genetics, 2006年03月, ［査読有り］ - An improved single-cell cDNA amplification method for efficient high-density oligonucleotide microarray analysis
Kazuki Kurimoto; Yukihiro Yabuta; Yasuhide Ohinata; Yukiko Ono; Kenichiro D. Uno; Rikuhiro G. Yamada; Hiroki R. Ueda; Mitinori Saitou
Nucleic Acids Research, 2006年, ［査読有り］
- Investigating roles of pore-loop cation channels for cortical neuronal synchrony and sleep quality and time
バイエステロッチ マリアネウス; 史蕭逸; 戸根大輔; 大出晃士; 藤島博史; 山田陸裕; 隅山健太; 上田泰己
時間生物学, 2023年 - アルツハイマー病関連因子による睡眠要求量制御機構の解析
山浦港生; 山浦港生; 戸根大輔; 山田陸裕; 山田陸裕; 山田陸裕; 木下福章; 木下福章; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2023年 - in vitro睡眠評価系を用いた神経伝達と睡眠制御の解析
山本敬太; 山本敬太; YILIN Jiang; 戸根大輔; 戸根大輔; 山田陸裕; 山田陸裕; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2023年 - レム睡眠の分子機構
山田陸裕; 上田泰己
月刊 細胞, 2020年09月
筆頭著者 - 【細胞の少数性と多様性に挑む-シングルセルアナリシス】次世代シーケンサーを用いた細胞多様性の解明 生体リズム・発生現象における1細胞シーケンスを用いた細胞多様性の解明
山田 陸裕; 洲崎 悦生; 上田 泰己
生体の科学, 2014年04月 - 【細胞を創る・生命システムを創る 合成生物学が挑む生命機能の再構築と計算機シミュレーション、医療・社会との関わり】第4章 遺伝子ネットワークを創る 概日時計の転写ネットワークの再構成
鵜飼 磨貴[蓼沼]; 山田 陸裕
実験医学, 2011年05月 - 正しい知識が捏造を防ぐ データを正確に解釈するための6つのポイント 大規模データの解析における問題点 DNAマイクロアレイによる遺伝子発現量の測定を例として
山田 陸裕; 上田 泰己
蛋白質・核酸・酵素, 2009年08月 - 哺乳類概日時計の周期決定因子の探索
礒島康史; 礒島康史; 鵜飼英樹; 藤島博史; 山田陸裕; 中嶋正人; 升本宏平; 木内玲子; 木内玲子; 南陽一; 木藤良沢; 小島俊男; 榊佳之; 上田泰己; 上田泰己
日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2008年 - ショウジョウバエの新規時計遺伝子clockwork orangeの発見
松本 顕; 鵜飼 磨貴[蓼沼]; 山田 陸裕; 上田 泰己
細胞工学, 2007年10月
- ポストシナプスにおけるカルシニューリンとPKAの拮抗による睡眠覚醒制御機構
山田陸裕
ERATO UK-Japan Joint Symposium On Circadian rhythms and Sleep, 2024年03月12日, ［招待有り］ - Analysis of protein dephosphorylation underlying mammalian sleep-wake regulation
曹 思鈺; 戸根 大輔; 山田 陸裕; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年, 公益社団法人 日本薬理学会 - 哺乳類の睡眠覚醒制御に関与するシナプスリン酸化タンパク質の脱リン酸化の研究
曹 思鈺; 戸根 大輔; 山田 陸裕; 隅山 健太; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年, 公益社団法人 日本薬理学会 - 夢見る睡眠研究
山田陸裕
第75回理研イブニングセミナー, 2019年11月06日 - Sleep measurement 次世代遺伝学と表現型解析
山田陸裕
第4回バイオインフォマティクスアゴラ, 2018年 - 生物試料組織透明化技術（CUBIC法）の開発と展開
メディカルジャパン２０１６, 2016年 - マウス視交叉上核における環境時間コーディングメカニズム
山田陸裕
第22回 日本時間生物学会学術大会, 2015年 - 培養SCNの環境因子応答
山田陸裕
Neuroscience, 2013年 - 哺乳類害日時計のシステム生物学と合成生物学
山田陸裕; 上田泰己
13th Biennial Meeting Society for Research on Biological Rhythms, 2012年 - The transcriptional-level delayed-feedback loop in mammalian circadian clock and an approach for tissue-level analysis
山田陸裕
The 34th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, 2011年 - 哺乳類概日時計：遅れを持った負の転写フィードバック機構と組織レベル解析へ向けて
山田陸裕
生理学研究所研究会「超階層シグナル伝達研究の新展開」, 2011年 - 環境時間情報処理システムの解明に向けたSCN培養観察系
山田陸裕
第19回 日本時間生物学会学術大会, 2010年 - A Functional genomics strategy reveals clockwork orange as a transcriptional regulator in the Drosophila circadian clock
山田陸裕
日本神経科学学会, 2008年 - TilingArray を用いた Drosophila 概日時計システムの解析", 第２回バイオメディカル研究会
第２回バイオメディカル研究会, 2006年
