2018年
第50回 市村学術賞功績賞, 市村学術賞功績賞

2017年
第4回イノベーター・オブ・ザ・イヤー, イノベーター・オブ・ザ・イヤー
日本国
上田 泰己

2015年
第15回山崎貞一賞, 山崎貞一賞
日本国
上田 泰己

2012年
塚原仲晃記念賞, 塚原仲晃記念賞
日本国
上田 泰己

2011年
永瀬賞（フロンティアサロン）, 永瀬賞（フロンティアサロン）
日本国
上田 泰己

2011年
Changemakers of the year 2011, Changemakers of the year 2011
日本国
上田 泰己

2011年
日本学術振興会賞, 日本学術振興会賞
日本国
上田 泰己

2009年
第23回日本IBM科学賞, 日本IBM科学賞
日本国
上田 泰己

2007年
第5回日本時間生物学会, 学術奨励賞
日本国
上田 泰己

2006年
Genome Technology, “Tomorrow’s PI”
上田 泰己

2006年
文部科学大臣賞, 若手科学者賞
日本国
上田 泰己

2005年
東京テクノフォーラム２１, ゴールドメダル
日本国
上田 泰己

2004年
日本イノベーター大賞, 優秀賞
日本国
上田 泰己

2002年
Sleep Research Society, SRBR Joint Meetingトラベルアワード
上田 泰己

2001年
ショウジョウバエ研究会, 森脇大五郎 あたますっきり賞
日本国
上田 泰己

Chemical Landscape for Tissue Clearing based on Hydrophilic Reagents
Kazuki Tainaka; Tatsuya C. Murakam; Etsuo A. Susaki; Chika Shimizu; Rie Saito; Kei Takahashi; Akiko Hayashi-Takagi; Hiroshi Sekiya; Yasunobu Arima; Satoshi Nojima; Masako Ikemura; Tetsuo Ushiku; Yoshihiro Shimizu; Masaaki Murakami; Kenji F. Tanaka; Masamitsu Iino; Haruo Kasai; Toshikuni Sasaoka; Kazuto Kobayashi; Kohei Miyazono; Eiichi Morii; Tadashi Isa; Masashi Fukayama; Akiyoshi Kakita; Hiroki R. Ueda
Cell Reports, 2108年08月24日, ［査読有り］

Whole-Brain Single-Neuron Atlas Reveals Microglial Security Hole Accelerating Neuronal Vulnerability
Hiroki Ueda; Tomoki Mitani; Kosei Yamaura; Rikuhiro Yamada; Katsuhiko Matsumoto; Etsuo Susaki; Naruhiko Sahara; Rin Yanai; Kensuke Ikenaka; Shiying Jiang; Hideki Hayakawa; Hideki Mochizuki; Kousuke Baba
2025年02月11日

DECODE enables high-throughput mapping of antibody epitopes at single amino acid resolution.
Katsuhiko Matsumoto; Shoko Y Harada; Shota Y Yoshida; Ryohei Narumi; Tomoki T Mitani; Saori Yada; Aya Sato; Eiichi Morii; Yoshihiro Shimizu; Hiroki R Ueda
PLoS biology, 2025年01月

睡眠健診の実現にむけて 子ども睡眠健診プロジェクトの現状　　　　　　　　　　　　　　　
南 陽一; 岸 哲史; 上田 泰己
睡眠と環境, 2024年12月

Whole‐brain Cellome‐Wide Association Study (CWAS) Unveils Ultra‐Early Neurodegeneration Phenomena in a 3D Spatial Cell Atlas
Tomoki T Mitani; Kosei Yamaura; Katsuhiko Matsumoto; Rikuhiro Yamada; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda
Alzheimer's & Dementia, 2024年12月

特集 病理からせまる腎疾患の病因･病態解明 特殊技術を駆使した腎疾患の病態解明 CUBICを用いた腎臓の三次元解析
吉田 将太; 松本 桂彦; 上田 泰己
腎と透析, 2024年09月25日

A novel tauopathy model mimicking molecular and spatial aspects of human tau pathology
Rin Yanai; Tomoki T Mitani; Etsuo A Susaki; Takeharu Minamihisamatsu; Masafumi Shimojo; Yuri Saito; Hiroshi Mizuma; Nobuhiro Nitta; Daita Kaneda; Yoshio Hashizume; Gen Matsumoto; Kentaro Tanemura; Ming-Rong Zhang; Makoto Higuchi; Hiroki R Ueda; Naruhiko Sahara
Brain Communications, 2024年09月19日

An automated sleep staging tool based on simple statistical features of mice electroencephalography (EEG) and electromyography (EMG) data
Rikuhiro G. Yamada; Kyoko Matsuzawa; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
European Journal of Neuroscience, 2024年07月28日

Genome-wide epitope identification with single-amino-acid resolution via high-throughput and unbiased peptide analysis
Katsuhiko Matsumoto; Shoko Y. Harada; Shota Y. Yoshida; Ryohei Narumi; Tomoki T. Mitani; Saori Yada; Aya Sato; Eiichi Morii; Yoshihiro Shimizu; Hiroki R. Ueda
2024年06月15日

Realization of cellomics to dive into the whole-body or whole-organ cell cloud.
Tomoki T Mitani; Etsuo A Susaki; Katsuhiko Matsumoto; Hiroki R Ueda
Nature methods, 2024年06月13日

眠りの多様性から拓く未来社会 睡眠・覚醒リズムをモデルとするヒトシステム生物学の確立に向けた試み(Future society opened up through the diversity of sleep Toward the establishment of human systems biology using sleep-wake rhythm as a model.)　　　　　　　　　　　　　　　
Minami Yoichi; Kishi Akifumi; Ueda Hiroki
The Journal of Physiological Sciences, 2024年05月

Bioorthogonal chemical labeling of endogenous neurotransmitter receptors in living mouse brains.
Hiroshi Nonaka; Seiji Sakamoto; Kazuki Shiraiwa; Mamoru Ishikawa; Tomonori Tamura; Kyohei Okuno; Takumi Kondo; Shigeki Kiyonaka; Etsuo A Susaki; Chika Shimizu; Hiroki R Ueda; Wataru Kakegawa; Itaru Arai; Michisuke Yuzaki; Itaru Hamachi
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2024年02月06日

Post-synaptic competition between calcineurin and PKA regulates mammalian sleep-wake cycles
Yimeng Wang; Siyu Cao; Daisuke Tone; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Rei-ichiro Ohno; Shoi Shi; Kyoko Matsuzawa; Mari Kaneko; Maki Ukai-Tadenuma; Hideki Ukai; Carina Hanashima; Hiroshi Kiyonari; Kenta Sumiyama; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
2023年12月22日

小児の睡眠教育2023 ウェアラブルデバイスを用いた睡眠教育　　　　　　　　　　　　　　　
南 陽一; 岸 哲史; 上田 泰己
日本公衆衛生学会総会抄録集, 2023年10月

WHOLE-BRAIN CELLOME-WIDE ASSOCIATION STUDY (CWAS) UNVEILS NEURODEGENERATIVE TRAJECTORIES IN A 3D CELLULAR LANDSCAPE
Tomoki Mitani; Katsuhiko Matsumoto; Hiroki Ueda
IBRO Neuroscience Reports, 2023年10月

Circadian ribosome profiling reveals a role for the Period2 upstream open reading frame in sleep
Arthur Millius; Rikuhiro G. Yamada; Hiroshi Fujishima; Kazuhiko Maeda; Daron M. Standley; Kenta Sumiyama; Dimitri Perrin; Hiroki R. Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2023年09月28日, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー

日本の子どもの睡眠の現状と改善策・啓発活動における課題 「子ども睡眠健診」プロジェクトで見えてきた実態　　　　　　　　　　　　　　　
岸 哲史; 南 陽一; 上田 泰己
日本睡眠学会定期学術集会・日本時間生物学会学術大会合同大会プログラム・抄録集, 2023年09月

Correction to: Elucidation of the mechanism of amyloid A and transthyretin formation using mass spectrometry-based absolute quantification.
Yukako Shintani-Domoto; Koji L Ode; Seitaro Nomura; Hiroyuki Abe; Hiroki R Ueda; Takashi Sakatani; Ryuji Ohashi
Virchows Archiv : an international journal of pathology, 2023年08月11日

Elucidation of the mechanism of amyloid A and transthyretin formation using mass spectrometry-based absolute quantification.
Yukako Shintani-Domoto; Koji L Ode; Seitaro Nomura; Hiroyuki Abe; Hiroki R Ueda; Takashi Sakatani; Ryuji Ohashi
Virchows Archiv : an international journal of pathology, 2023年07月15日

Cortical parvalbumin neurons are responsible for homeostatic sleep rebound through CaMKII activation
Kazuhiro Kon; Koji L. Ode; Tomoyuki Mano; Hiroshi Fujishima; Daisuke Tone; Chika Shimizu; Shinnosuke Shiono; Saori Yada; Junko Yoshida Garçon; Mari Kaneko; Yuta Shinohara; Riina R. Takahashi; Rikuhiro G. Yamada; Shoi Shi; Kenta Sumiyama; Hiroshi Kiyonari; Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda
2023年04月29日

CCPG1 recognizes ER luminal proteins for selective ER-phagy
Shunsuke Ishii; Haruka Chino; Koji L. Ode; Yoshitaka Kurikawa; Hiroki R. Ueda; Akira Matsuura; Noboru Mizushima; Eisuke Itakura
Molecular Biology of the Cell, 2023年03月07日, ［査読有り］

A growing understanding of the role of muscarinic receptors in the molecular pathology and treatment of schizophrenia.
Brian Dean; Geor Bakker; Hiroki R Ueda; Andrew B Tobin; Alastair Brown; Richard A A Kanaan
Frontiers in cellular neuroscience, 2023年

The role of calcium and CaMKII in sleep
Yuyang Wang; Yoichi Minami; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
Frontiers in Systems Neuroscience, 2022年12月22日

大規模睡眠解析が描くヒト睡眠ランドスケープ 「子ども睡眠健診」運動への展開
岸 哲史; 佐藤 弘之; 南 陽一; 上田 泰己
生物物理, 2022年11月

Distinct phosphorylation states of mammalian CaMKIIβ control the induction and maintenance of sleep
Daisuke Tone; Koji L. Ode; Qianhui Zhang; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Yoshiki Nagashima; Katsuhiko Matsumoto; Zhiqing Wen; Shota Y. Yoshida; Tomoki T. Mitani; Yuki Arisato; Rei-ichiro Ohno; Maki Ukai-Tadenuma; Junko Yoshida Garçon; Mari Kaneko; Shoi Shi; Hideki Ukai; Kazunari Miyamichi; Takashi Okada; Kenta Sumiyama; Hiroshi Kiyonari; Hiroki R. Ueda
PLOS Biology, 2022年10月04日

An analysis modality for vascular structures combining tissue-clearing technology and topological data analysis.
Kei Takahashi; Ko Abe; Shimpei I Kubota; Noriaki Fukatsu; Yasuyuki Morishita; Yasuhiro Yoshimatsu; Satoshi Hirakawa; Yoshiaki Kubota; Tetsuro Watabe; Shogo Ehata; Hiroki R Ueda; Teppei Shimamura; Kohei Miyazono
Nature communications, 2022年09月12日

Circadian ribosome profiling reveals a role for the Period2 upstream opening reading frame in sleep
Arthur Millius; Rikuhiro Yamada; Hiroshi Fujishima; Kazuhiko Maeda; Daron M. Standley; Kenta Sumiyama; Dimitri Perrin; Hiroki R. Ueda
2022年08月11日

Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes
Jun-ichi Sakamaki; Koji L. Ode; Yoshitaka Kurikawa; Hiroki R. Ueda; Hayashi Yamamoto; Noboru Mizushima
Molecular Cell, 2022年08月

A novel three-dimensional imaging system based on polysaccharide staining for accurate histopathological diagnosis of inflammatory bowel diseases.
Satoshi Nojima; Shoichi Ishida; Kei Terayama; Katsuhiko Matsumoto; Takahiro Matsui; Shinichiro Tahara; Kenji Ohshima; Hiroki Kiyokawa; Kansuke Kido; Koto Ukon; Shota Y Yoshida; Tomoki T Mitani; Yuichiro Doki; Tsunekazu Mizushima; Yasushi Okuno; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda; Eiichi Morii
Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 2022年07月11日

【睡眠医学-眠りの分子・神経基盤を解明し、睡眠異常へ介入する】睡眠健診の実現にむけたリストバンド型加速度計による睡眠測定の現在と未来
南 陽一; 須貝 秀平; 上田 泰己
実験医学, 2022年07月

小児における睡眠障害・睡眠呼吸障害update 2022 睡眠健診の実現に向けた大規模ヒト睡眠計測の試み　　　　　　　　　　　　　　　
南 陽一; 上田 泰己
日本睡眠学会定期学術集会プログラム・抄録集, 2022年06月

A hybrid open-top light-sheet microscope for versatile multi-scale imaging of cleared tissues.
Adam K Glaser; Kevin W Bishop; Lindsey A Barner; Etsuo A Susaki; Shimpei I Kubota; Gan Gao; Robert B Serafin; Pooja Balaram; Emily Turschak; Philip R Nicovich; Hoyin Lai; Luciano A G Lucas; Yating Yi; Eva K Nichols; Hongyi Huang; Nicholas P Reder; Jasmine J Wilson; Ramya Sivakumar; Elya Shamskhou; Caleb R Stoltzfus; Xing Wei; Andrew K Hempton; Marko Pende; Prayag Murawala; Hans-Ulrich Dodt; Takato Imaizumi; Jay Shendure; Brian J Beliveau; Michael Y Gerner; Li Xin; Hu Zhao; Lawrence D True; R Clay Reid; Jayaram Chandrashekar; Hiroki R Ueda; Karel Svoboda; Jonathan T C Liu
Nature methods, 2022年05月11日, ［査読有り］

Phosphorylation by casein kinase 2 enhances the interaction between ER‐phagy receptor TEX264 and ATG8 proteins
Haruka Chino; Akinori Yamasaki; Koji L Ode; Hiroki R Ueda; Nobuo N Noda; Noboru Mizushima
EMBO reports, 2022年04月13日

The 103,200-arm acceleration dataset in the UK Biobank revealed a landscape of human sleep phenotypes
Machiko Katori; Shoi Shi; Koji L. Ode; Yasuhiro Tomita; Hiroki R. Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2022年03月22日, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー

A design principle of spindle oscillations in mammalian sleep.
Tetsuya Yamada; Shoi Shi; Hiroki R Ueda
iScience, 2022年03月18日, ［査読有り］

Phosphorylation by casein kinase 2 ensures ER-phagy receptor TEX264 binding to ATG8 proteins
Haruka Chino; Akinori Yamasaki; Koji L Ode; Hiroki R Ueda; Nobuo N Noda; Noboru Mizushima
2022年02月11日

High-throughput Genetically Modified Animal Experiments Achieved by Next-generation Mammalian Genetics.
Yoichi Minami; Yufei Yuan; Hiroki R Ueda
Journal of biological rhythms, 2022年02月09日

A jerk-based algorithm ACCEL for the accurate classification of sleep–wake states from arm acceleration
Koji L. Ode; Shoi Shi; Machiko Katori; Kentaro Mitsui; Shin Takanashi; Ryo Oguchi; Daisuke Aoki; Hiroki R. Ueda
iScience, 2022年02月, ［査読有り］

神経変性疾患関連因子の睡眠表現型スクリーニングによる新規睡眠覚醒制御因子の同定
山浦 港生; 戸根 大輔; 山田 陸裕; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

哺乳類の覚醒維持に関わる新規遺伝子の解析
王 乙萌; 山田 陸裕; 戸根 大輔; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

覚醒維持に関与する新規遺伝子のIn vivo分子解析
王 乙萌; 戸根 大輔; 山田 陸裕; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

Analysis of protein dephosphorylation underlying mammalian sleep-wake regulation
曹 思鈺; 戸根 大輔; 山田 陸裕; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

CaMKIIのリン酸化状態は睡眠覚醒サイクルを多段階に制御する
戸根 大輔; 大出 晃士; 張 千惠; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

哺乳類の睡眠制御におけるCaMKIIβの複数のリン酸化状態の特性評価
李 思穎; 戸根 大輔; 大出 晃士; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

Identification of Ryanodine receptor 1-selective agonists
Kanaya Hiroyuki; Ken Kuwajima; Koji Ode; Hiroki Ueda
Proceedings for Annual Meeting of The Japanese Pharmacological Society, 2022年

哺乳類の睡眠覚醒制御に関与するシナプスリン酸化タンパク質の脱リン酸化の研究
曹 思鈺; 戸根 大輔; 山田 陸裕; 隅山 健太; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2022年

Next-Generation Mice Genetics for Circadian Studies
Hideki Ukai; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
Circadian Clocks, 2022年

Tissue clearing
Richardson DS; Guan W; Matsumoto K; Pan C; Chung K; Ertürk A; Ueda HR; Lichtman JW
Nature Review Methods Primers, 2021年12月

Towards organism-level systems biology by next-generation genetics and whole-organ cell profiling.
Yoichi Minami; Yufei Yuan; Hiroki R Ueda
Biophysical reviews, 2021年12月

NEK9 regulates primary cilia formation by acting as a selective autophagy adaptor for MYH9/myosin IIA
Yasuhiro Yamamoto; Haruka Chino; Satoshi Tsukamoto; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda; Noboru Mizushima
Nature Communications, 2021年12月

The circadian clock ticks in organoids
Rikuhiro G Yamada; Hiroki R Ueda
The EMBO Journal, 2021年11月22日

Realization of phosphorylation hypothesis of sleep by mammalian CaMKIIβ
Daisuke Tone; Koji L. Ode; Qianhui Zhang; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Yoshiki Nagashima; Katsuhiko Matsumoto; Zhiqing Wen; Shota Y. Yoshida; Tomoki T. Mitani; Rei-ichiro Ohno; Maki Ukai-Tadenuma; Junko Yoshida Garçon; Mari Kaneko; Shoi Shi; Hideki Ukai; Kazunari Miyamichi; Takashi Okada; Kenta Sumiyama; Hiroshi Kiyonari; Hiroki R. Ueda
2021年10月13日

三次元組織透明化・染色による神経科学研究の現状と未来への展望
上田泰己
BRAIN and NERVE, 2021年10月

Faculty Opinions recommendation of Anti-NMDAR encephalitis induced in mice by active immunization with a peptide from the amino-terminal domain of the GluN1 subunit.
Hiroki Ueda; Koji L Ode; Saori Yada
Faculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature, 2021年09月20日

Mechanical load regulates bone growth via periosteal Osteocrin.
Haruko Watanabe-Takano; Hiroki Ochi; Ayano Chiba; Ayaka Matsuo; Yugo Kanai; Shigetomo Fukuhara; Naoki Ito; Keisuke Sako; Takahiro Miyazaki; Kazuki Tainaka; Ichiro Harada; Shingo Sato; Yasuhiro Sawada; Naoto Minamino; Shu Takeda; Hiroki R Ueda; Akihiro Yasoda; Naoki Mochizuki
Cell reports, 2021年07月13日

Visualization of the cancer cell cycle by tissue-clearing technology using the Fucci reporter system.
Kei Takahashi; Ryo Tanabe; Shogo Ehata; Shimpei I Kubota; Yasuyuki Morishita; Hiroki R Ueda; Kohei Miyazono
Cancer science, 2021年06月19日

量子ドットによる間葉系幹細胞由来エクソソームの透明化組織内イメージング　　　　　　　　　　　　　　　
浦野 大智; 湯川 博; 西村 勇姿; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
日本DDS学会学術集会プログラム予稿集, 2021年06月

量子ドットによる間葉系幹細胞由来エクソソームの透明化組織内イメージング　　　　　　　　　　　　　　　
浦野 大智; 湯川 博; 西村 勇姿; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
日本DDS学会学術集会プログラム予稿集, 2021年06月

CUBIC-Cloud provides an integrative computational framework toward community-driven whole-mouse-brain mapping
Tomoyuki Mano; Ken Murata; Kazuhiro Kon; Chika Shimizu; Hiroaki Ono; Shoi Shi; Rikuhiro G. Yamada; Kazunari Miyamichi; Etsuo A. Susaki; Kazushige Touhara; Hiroki R. Ueda
Cell Reports Methods, 2021年06月, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー

量子ドットによる間葉系幹細胞由来エクソソームの透明化組織内イメージング　　　　　　　　　　　　　　　
浦野 大智; 湯川 博; 西村 勇姿; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
JSMI Report, 2021年05月

量子ドットによる間葉系幹細胞由来エクソソームの透明化組織内イメージング　　　　　　　　　　　　　　　
浦野 大智; 湯川 博; 西村 勇姿; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
JSMI Report, 2021年05月

Activation of Sympathetic Signaling in Macrophages Blocks Systemic Inflammation and Protects against Renal Ischemia-Reperfusion Injury
Sho Hasegawa; Tsuyoshi Inoue; Yasuna Nakamura; Daichi Fukaya; Rie Uni; Chia-Hsien Wu; Rie Fujii; Wachirasek Peerapanyasut; Akashi Taguchi; Takahide Kohro; Shintaro Yamada; Mikako Katagiri; Toshiyuki Ko; Seitaro Nomura; Atsuko Nakanishi Ozeki; Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda; Nobuyoshi Akimitsu; Youichiro Wada; Issei Komuro; Masaomi Nangaku; Reiko Inagi
Journal of the American Society of Nephrology, 2021年04月19日

Whole-organ analysis of TGF-β-mediated remodelling of the tumour microenvironment by tissue clearing.
Shimpei I Kubota; Kei Takahashi; Tomoyuki Mano; Katsuhiko Matsumoto; Takahiro Katsumata; Shoi Shi; Kazuki Tainaka; Hiroki R Ueda; Shogo Ehata; Kohei Miyazono
Communications biology, 2021年03月05日

Malignant subclone drives metastasis of genetically and phenotypically heterogenous cell clusters through fibrotic niche generation.
Sau Yee Kok; Hiroko Oshima; Kei Takahashi; Mizuho Nakayama; Kazuhiro Murakami; Hiroki R Ueda; Kohei Miyazono; Masanobu Oshima
Nature communications, 2021年02月08日

A design principle for posttranslational chaotic oscillators
Hiroto Q. Yamaguchi; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
iScience, 2021年01月, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー

腎臓を視る 組織透明化による腎臓病の3次元病態解析
長谷川 頌; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 南学 正臣
生化学, 2020年12月

腎臓を視る 組織透明化による腎臓病の3次元病態解析　　　　　　　　　　　　　　　
長谷川 頌; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 南学 正臣
生化学, 2020年12月

Generation of gene-corrected iPSCs line (KEIUi001-A) from a PARK8 patient iPSCs with familial Parkinson’s disease carrying the I2020T mutation in LRRK2
Etsuro Ohta; Takefumi Sone; Hideki Ukai; Tomoko Hisamatsu; Tokiko Kitagawa; Mitsuru Ishikawa; Makiko Nagai; Hiroki R. Ueda; Fumiya Obata; Hideyuki Okano
Stem Cell Research, 2020年12月

Rapid and easy-to-use ES cell manipulation device with a small groove near culturing wells
Shun-ichi Funano; Daisuke Tone; Hideki Ukai; Hiroki R. Ueda; Yo Tanaka
BMC Research Notes, 2020年12月

Protocol for Imaging and Analysis of Mouse Tumor Models with CUBIC Tissue Clearing
Kei Takahashi; Shimpei I. Kubota; Shogo Ehata; Hiroki R. Ueda; Kohei Miyazono
STAR Protocols, 2020年12月, ［査読有り］

Generation of a p16 Reporter Mouse and Its Use to Characterize and Target p16high Cells In Vivo
Satotaka Omori; Teh-Wei Wang; Yoshikazu Johmura; Tomomi Kanai; Yasuhiro Nakano; Taketomo Kido; Etsuo A. Susaki; Takuya Nakajima; Shigeyuki Shichino; Satoshi Ueha; Manabu Ozawa; Kisho Yokote; Soichiro Kumamoto; Atsuya Nishiyama; Takeharu Sakamoto; Kiyoshi Yamaguchi; Seira Hatakeyama; Eigo Shimizu; Kotoe Katayama; Yasuhiro Yamada; Satoshi Yamazaki; Kanako Iwasaki; Chika Miyoshi; Hiromasa Funato; Masashi Yanagisawa; Hiroo Ueno; Seiya Imoto; Yoichi Furukawa; Nobuaki Yoshida; Kouji Matsushima; Hiroki R. Ueda; Atsushi Miyajima; Makoto Nakanishi
Cell Metabolism, 2020年11月, ［査読有り］

Phosphorylation Hypothesis of Sleep
Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
Frontiers in Psychology, 2020年10月02日

Reflections on the past two decades of neuroscience
Danielle S. Bassett; Kathleen E. Cullen; Simon B. Eickhoff; Martha J. Farah; Yukiko Goda; Patrick Haggard; Hailan Hu; Yasmin L. Hurd; Sheena A. Josselyn; Baljit S. Khakh; Jürgen A. Knoblich; Panayiota Poirazi; Russell A. Poldrack; Marco Prinz; Pieter R. Roelfsema; Tara L. Spires-Jones; Mriganka Sur; Hiroki R. Ueda
Nature Reviews Neuroscience, 2020年10月, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー

The cellular model of albumin endocytosis uncovers link between membrane and nuclear proteins.
Seiya Urae; Yutaka Harita; Tomohiro Udagawa; Koji L Ode; Masami Nagahama; Yuko Kajiho; Shoichiro Kanda; Akihiko Saito; Hiroki R Ueda; Masaomi Nangaku; Akira Oka
Journal of cell science, 2020年06月01日, ［査読有り］

Whole-Brain Profiling of Cells and Circuits in Mammals by Tissue Clearing and Light-Sheet Microscopy.
Hiroki R Ueda; Hans-Ulrich Dodt; Pavel Osten; Michael N Economo; Jayaram Chandrashekar; Philipp J Keller
Neuron, 2020年05月06日, ［査読有り］

Publisher Correction: Tissue clearing and its applications in neuroscience.
Hiroki R Ueda; Ali Ertürk; Kwanghun Chung; Viviana Gradinaru; Alain Chédotal; Pavel Tomancak; Philipp J Keller
Nature reviews. Neuroscience, 2020年05月, ［査読有り］

The oral hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase inhibitor enarodustat counteracts alterations in renal energy metabolism in the early stages of diabetic kidney disease.
Sho Hasegawa; Tetsuhiro Tanaka; Tomoyuki Saito; Kenji Fukui; Takeshi Wakashima; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda; Masaomi Nangaku
Kidney international, 2020年05月, ［査読有り］

Versatile whole-organ/body staining and imaging based on electrolyte-gel properties of biological tissues.
Etsuo A Susaki; Chika Shimizu; Akihiro Kuno; Kazuki Tainaka; Xiang Li; Kengo Nishi; Ken Morishima; Hiroaki Ono; Koji L Ode; Yuki Saeki; Kazunari Miyamichi; Kaoru Isa; Chihiro Yokoyama; Hiroki Kitaura; Masako Ikemura; Tetsuo Ushiku; Yoshihiro Shimizu; Takashi Saito; Takaomi C Saido; Masashi Fukayama; Hirotaka Onoe; Kazushige Touhara; Tadashi Isa; Akiyoshi Kakita; Mitsuhiro Shibayama; Hiroki R Ueda
Nature communications, 2020年04月27日, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー

左室補助人工心臓装着前後における心筋蛋白質のプロテオミクス　　　　　　　　　　　　　　　
堂本 裕加子; 大出 晃士; 永島 良樹; 木下 修; 野村 征太郎; 阿部 浩幸; 小野 稔; 上田 泰己; 牛久 哲男; 深山 正久
日本病理学会会誌, 2020年03月

Visualization and molecular characterization of whole-brain vascular networks with capillary resolution.
Takeyuki Miyawaki; Shota Morikawa; Etsuo A Susaki; Ai Nakashima; Haruki Takeuchi; Shun Yamaguchi; Hiroki R Ueda; Yuji Ikegaya
Nature communications, 2020年02月27日, ［査読有り］

組織の3次元解析を可能にする透明化技術
金谷 啓之; 洲崎 悦生; 上田 泰己
炎症と免疫, 2020年02月

Tissue clearing and its applications in neuroscience.
Hiroki R Ueda; Ali Ertürk; Kwanghun Chung; Viviana Gradinaru; Alain Chédotal; Pavel Tomancak; Philipp J Keller
Nature reviews. Neuroscience, 2020年02月, ［査読有り］

Mass spectrometry-based absolute quantification of amyloid proteins in pathology tissue specimens: Merits and limitations.
Makiko Ogawa; Yukako Shintani-Domoto; Yoshiki Nagashima; Koji L Ode; Aya Sato; Yoshihiro Shimizu; Kenichi Ohashi; Michael H A Roehrl; Tetsuo Ushiku; Hiroki R Ueda; Masashi Fukayama
PloS one, 2020年, ［査読有り］

Advanced CUBIC tissue clearing for whole-organ cell profiling.
Katsuhiko Matsumoto; Tomoki T Mitani; Shuhei A Horiguchi; Junichi Kaneshiro; Tatsuya C Murakami; Tomoyuki Mano; Hiroshi Fujishima; Ayumu Konno; Tomonobu M Watanabe; Hirokazu Hirai; Hiroki R Ueda
Nature protocols, 2019年12月, ［査読有り］

SMILES Transformer: Pre-trained Molecular Fingerprint for Low Data Drug Discovery
Shion Honda; Shoi Shi; Hiroki R. Ueda
CoRR, 2019年11月

Novel 3D analysis using optical tissue clearing documents the evolution of murine rapidly progressive glomerulonephritis.
Victor G Puelles; David Fleck; Lena Ortz; Stella Papadouri; Thiago Strieder; Alexander M C Böhner; James W van der Wolde; Michael Vogt; Turgay Saritas; Christoph Kuppe; Astrid Fuss; Sylvia Menzel; Barbara M Klinkhammer; Gerhard Müller-Newen; Felix Heymann; Leon Decker; Fabian Braun; Oliver Kretz; Tobias B Huber; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda; Peter Boor; Jürgen Floege; Rafael Kramann; Christian Kurts; John F Bertram; Marc Spehr; David J Nikolic-Paterson; Marcus J Moeller
Kidney international, 2019年08月, ［査読有り］

Next-generation human genetics for organism-level systems biology.
Hideki Ukai; Kenta Sumiyama; Hiroki R Ueda
Current opinion in biotechnology, 2019年08月, ［査読有り］

Comprehensive three-dimensional analysis (CUBIC-kidney) visualizes abnormal renal sympathetic nerves after ischemia/reperfusion injury.
Sho Hasegawa; Etsuo A Susaki; Tetsuhiro Tanaka; Hirotaka Komaba; Takehiko Wada; Masafumi Fukagawa; Hiroki R Ueda; Masaomi Nangaku
Kidney international, 2019年07月, ［査読有り］

絶対定量的質量分析法を用いたアミロイドーシス30症例の検討　　　　　　　　　　　　　　　
堂本 裕加子; 小川 真喜子; 永島 良樹; 大出 晃士; 清水 義宏; 上田 泰己; 深山 正久
日本病理学会会誌, 2019年04月

Genes and Ion Channels in the Circadian and Homeostatic Regulation of Sleep
Shoi Shi; Arthur Millius; Hiroki R. Ueda
Handbook of Sleep Research, 2019年, ［査読有り］, ［招待有り］

覚醒状態の維持に関わる新規遺伝子の発見
小野 宏晃; 山田 陸裕; 史 蕭逸; 鵜飼-蓼沼 磨貴; 藤島 博史; 鵜飼 英樹; 大野 怜一朗; 戸根 大輔; 神田 元紀; 昆 一弘; 上田 泰己
日本薬理学会年会要旨集, 2019年

Molecular Mechanisms of REM Sleep.
Rikuhiro G Yamada; Hiroki R Ueda
Frontiers in neuroscience, 2019年, ［査読有り］

A Microfluidic Platform Based on Robust Gas and Liquid Exchange for Long-term Culturing of Explanted Tissues.
Nobutoshi Ota; Genki N Kanda; Hiroyuki Moriguchi; Yusufu Aishan; Yigang Shen; Rikuhiro G Yamada; Hiroki R Ueda; Yo Tanaka
Analytical sciences : the international journal of the Japan Society for Analytical Chemistry, 2019年, ［査読有り］

A period without PER: understanding 24-hour rhythms without classic transcription and translation feedback loops.
Arthur Millius; Koji L Ode; Hiroki R Ueda
F1000Research, 2019年, ［査読有り］

The Flow of Time Inside the Cell: The Time of Days Given by Molecules Driving the Circadian Clocks
Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
Minorities and Small Numbers from Molecules to Organisms in Biology: Toward a New Understanding of Biological Phenomena, 2018年11月03日

Leak potassium channels regulate sleep duration.
Kensuke Yoshida; Shoi Shi; Maki Ukai-Tadenuma; Hiroshi Fujishima; Rei-Ichiro Ohno; Hiroki R Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018年10月02日, ［査読有り］

Whole-Brain Analysis of Cells and Circuits by Tissue Clearing and Light-Sheet Microscopy.
Mano T; Albanese A; Dodt HU; Erturk A; Gradinaru V; Treweek JB; Miyawaki A; Chung K; Ueda HR
The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience, 2018年10月, ［査読有り］

Easy and efficient production of completely embryonic-stem-cell-derived mice using a micro-aggregation device.
Sumiyama K; Matsumoto N; Garçon-Yoshida J; Ukai H; Ueda HR; Tanaka Y
PloS one, 2018年09月, ［査読有り］

Lost in clocks: non-canonical circadian oscillation discovered in Drosophila cells.
Ode KL; Ueda HR
Molecular systems biology, 2018年09月, ［査読有り］

Muscarinic Acetylcholine Receptors Chrm1 and Chrm3 Are Essential for REM Sleep.
Yasutaka Niwa; Genki N Kanda; Rikuhiro G Yamada; Shoi Shi; Genshiro A Sunagawa; Maki Ukai-Tadenuma; Hiroshi Fujishima; Naomi Matsumoto; Koh-Hei Masumoto; Mamoru Nagano; Takeya Kasukawa; James Galloway; Dimitri Perrin; Yasufumi Shigeyoshi; Hideki Ukai; Hiroshi Kiyonari; Kenta Sumiyama; Hiroki R Ueda
Cell reports, 2018年08月28日, ［査読有り］

Chemical Landscape for Tissue Clearing based on Hydrophilic Reagents
Kazuki Tainaka; Tatsuya C. Murakam; Etsuo A. Susaki; Chika Shimizu; Rie Saito; Kei Takahashi; Akiko Hayashi-Takagi; Hiroshi Sekiya; Yasunobu Arima; Satoshi Nojima; Masako Ikemura; Tetsuo Ushiku; Yoshihiro Shimizu; Masaaki Murakami; Kenji F. Tanaka; Masamitsu Iino; Haruo Kasai; Toshikuni Sasaoka; Kazuto Kobayashi; Kohei Miyazono; Eiichi Morii; Tadashi Isa; Masashi Fukayama; Akiyoshi Kakita; Hiroki R. Ueda
Cell Reports, 2018年08月21日, ［査読有り］

Design Principles of Phosphorylation-Dependent Timekeeping in Eukaryotic Circadian Clocks.
Ode KL; Ueda HR
Cold Spring Harbor perspectives in biology, 2018年08月, ［査読有り］

Cell-free synthesis of stable isotope-labeled internal standards for targeted quantitative proteomics
Ryohei Narumi; Keiko Masuda; Takeshi Tomonaga; Jun Adachi; Hiroki R. Ueda; Yoshihiro Shimizu
Synthetic and Systems Biotechnology, 2018年06月01日, ［査読有り］

A three-dimensional single-cell-resolution whole-brain atlas using CUBIC-X expansion microscopy and tissue clearing
Tatsuya C. Murakami; Tomoyuki Mano; Shu Saikawa; Shuhei A. Horiguchi; Daichi Shigeta; Kousuke Baba; Hiroshi Sekiya; Yoshihiro Shimizu; Kenji F. Tanaka; Hiroshi Kiyonari; Masamitsu Iino; Hideki Mochizuki; Kazuki Tainaka; Hiroki R. Ueda
Nature Neuroscience, 2018年04月01日, ［査読有り］

Amnionless-mediated glycosylation is crucial for cell surface targeting of cubilin in renal and intestinal cells.
Tomohiro Udagawa; Yutaka Harita; Kenichiro Miura; Jun Mitsui; Koji L Ode; Shinichi Morishita; Seiya Urae; Shoichiro Kanda; Yuko Kajiho; Haruko Tsurumi; Hiroki R Ueda; Shoji Tsuji; Akihiko Saito; Akira Oka
Scientific reports, 2018年02月05日, ［査読有り］

Ca2+ -Dependent Hyperpolarization Pathways in Sleep Homeostasis and Mental Disorders.
Shoi Shi; Hiroki R Ueda
BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology, 2018年01月, ［査読有り］

Comparison of the 3-D patterns of the parasympathetic nervous system in the lung at late developmental stages between mouse and chicken
Tadayoshi Watanabe; Ryo Nakamura; Yuta Takase; Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda; Ryosuke Tadokoro; Yoshiko Takahashi
Developmental Biology, 2018年, ［査読有り］

Production of knock-in mice in a single generation from embryonic stem cells
Hideki Ukai; Hiroshi Kiyonari; Hiroki R. Ueda
NATURE PROTOCOLS, 2017年12月, ［査読有り］

Neuronal signals regulate obesity induced β-cell proliferation by FoxM1 dependent mechanism.
Yamamoto J; Imai J; Izumi T; Takahashi H; Kawana Y; Takahashi K; Kodama S; Kaneko K; Gao J; Uno K; Sawada S; Asano T; Kalinichenko VV; Susaki EA; Kanzaki M; Ueda HR; Ishigaki Y; Yamada T; Katagiri H
Nature communications, 2017年12月, ［査読有り］

Guidelines for Genome-Scale Analysis of Biological Rhythms
Michael E. Hughes; Katherine C. Abruzzi; Ravi Allada; Ron Anafi; Alaaddin Bulak Arpat; Gad Asher; Pierre Baldi; Charissa de Bekker; Deborah Bell-Pedersen; Justin Blau; Steve Brown; M. Fernanda Ceriani; Zheng Chen; Joanna C. Chiu; Juergen Cox; Alexander M. Crowell; Jason P. DeBruyne; Derk-Jan Dijk; Luciano DiTacchio; Francis J. Doyle; Giles E. Duffield; Jay C. Dunlap; Kristin Eckel-Mahan; Karyn A. Esser; Garret A. FitzGerald; Daniel B. Forger; Lauren J. Francey; Ying-Hui Fu; Frederic Gachon; David Gatfield; Paul de Goede; Susan S. Golden; Carla Green; John Harer; Stacey Harmer; Jeff Haspel; Michael H. Hastings; Hanspeter Herzel; Erik D. Herzog; Christy Hoffmann; Christian Hong; Jacob J. Hughey; Jennifer M. Hurley; Horacio O. de la Iglesia; Carl Johnson; Steve A. Kay; Nobuya Koike; Karl Kornacker; Achim Kramer; Katja Lamia; Tanya Leise; Scott A. Lewis; Jiajia Li; Xiaodong Li; Andrew C. Liu; Jennifer J. Loros; Tami A. Martino; Jerome S. Menet; Martha Merrow; Andrew J. Millar; Todd Mockler; Felix Naef; Emi Nagoshi; Michael N. Nitabach; Maria Olmedo; Dmitri A. Nusinow; Louis J. Ptacek; David Rand; Akhilesh B. Reddy; Maria S. Robles; Till Roenneberg; Michael Rosbash; Marc D. Ruben; Samuel S. C. Rund; Aziz Sancar; Paolo Sassone-Corsi; Amita Sehgal; Scott Sherrill-Mix; Debra J. Skene; Kai-Florian Storch; Joseph S. Takahashi; Hiroki R. Ueda; Han Wang; Charles Weitz; Pal O. Westermark; Herman Wijnen; Ying Xu; Gang Wu; Seung-Hee Yoo; Michael Young; Eric Erquan Zhang; Tomasz Zielinski; John B. Hogenesch
JOURNAL OF BIOLOGICAL RHYTHMS, 2017年10月, ［査読有り］

Temperature-Sensitive Substrate and Product Binding Underlie Temperature-Compensated Phosphorylation in the Clock
Yuta Shinohara; Yohei M. Koyama; Maki Ukai-Tadenuma; Takatsugu Hirokawa; Masaki Kikuchi; Rikuhiro G. Yamada; Hideki Ukai; Hiroshi Fujishima; Takashi Umehara; Kazuki Tainaka; Hiroki R. Ueda
MOLECULAR CELL, 2017年09月, ［査読有り］

CUBIC pathology: three-dimensional imaging for pathological diagnosis
Satoshi Nojima; Etsuo A. Susaki; Kyotaro Yoshida; Hiroyoshi Takemoto; Naoto Tsujimura; Shohei Iijima; Ko Takachi; Yujiro Nakahara; Shinichiro Tahara; Kenji Ohshima; Masako Kurashige; Yumiko Hori; Naoki Wada; Jun-ichiro Ikeda; Atsushi Kumanogoh; Eiichi Morii; Hiroki R. Ueda
SCIENTIFIC REPORTS, 2017年08月, ［査読有り］

Whole-Body Profiling of Cancer Metastasis with Single-Cell Resolution
Shimpei I. Kubota; Kei Takahashi; Jun Nishida; Yasuyuki Morishita; Shogo Ehata; Kazuki Tainaka; Kohei Miyazono; Hiroki R. Ueda
CELL REPORTS, 2017年07月, ［査読有り］

Fast and slow Ca2+-dependent hyperpolarization mechanisms connect membrane potential and sleep homeostasis
Koji L. Ode; Takahiro Katsumata; Daisuke Tone; Hiroki R. Ueda
CURRENT OPINION IN NEUROBIOLOGY, 2017年06月, ［査読有り］

Ca2+-dependent hyperpolarization hypothesis for mammalian sleep
Fumiya Tatsuki; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
NEUROSCIENCE RESEARCH, 2017年05月, ［査読有り］

Compass in the data ocean: Toward chronotherapy
Rikuhiro G. Yamada; Hiroki R. Ueda
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2017年05月, ［査読有り］

A Design Principle for an Autonomous Post-translational Pattern Formation (vol 19, pg 863, 2017)
Shuhei S. Sugai; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
CELL REPORTS, 2017年05月, ［査読有り］

A Design Principle for an Autonomous Post-translational Pattern Formation
Shuhei S. Sugai; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
CELL REPORTS, 2017年04月, ［査読有り］

Analysis of Ca2+-dependent hyperpolarization pathway during the cortical slow oscillations observed in ex vivo cortical slices
Katsumata Takahiro; Ode Koji; Yagishita Sho; Kasai Ham; Ueda Hiroki
JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2017年03月, ［査読有り］

[Molecular Mechanisms of Circadian Rhythm and Sleep Homeostasis].
Kon K; Ode KL; Ueda HR
Brain and nerve = Shinkei kenkyu no shinpo, 2017年03月, ［査読有り］

Systems Biology-Derived Discoveries of intrinsic Clocks
Arthur Millius; Hiroki R. Ueda
FRONTIERS IN NEUROLOGY, 2017年02月, ［査読有り］

Erratum to: Quartz-Seq: A highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity. [Genome Biol. 14, (2013), (R31)]
Yohei Sasagawa; Itoshi Nikaido; Tetsutaro Hayashi; Hiroki Danno; Kenichiro D Uno; Takeshi Imai; Hiroki R. Ueda
Genome Biology, 2017年01月18日, ［査読有り］

Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity (vol 14, R31, 2013)
Yohei Sasagawa; Itoshi Nikaido; Tetsutaro Hayashi; Hiroki Danno; Kenichiro D. Uno; Takeshi Imai; Hiroki R. Ueda
GENOME BIOLOGY, 2017年01月, ［査読有り］

Knockout-Rescue Embryonic Stem Cell-Derived Mouse Reveals Circadian-Period Control by Quality and Quantity of CRY1
Koji L. Ode; Hideki Ukai; Etsuo A. Susaki; Ryohei Narumi; Katsuhiko Matsumoto; Junko Hara; Naoshi Koide; Takaya Abe; Masato T. Kanemaki; Hiroshi Kiyonari; Hiroki R. Ueda
MOLECULAR CELL, 2017年01月, ［査読有り］

Cochlear Cell Modeling Using Disease-Specific iPSCs Unveils a Degenerative Phenotype and Suggests Treatments for Congenital Progressive Hearing Loss
Makoto Hosoya; Masato Fujioka; Takefumi Sone; Satoshi Okamoto; Wado Akamatsu; Hideki Ukai; Hiroki R. Ueda; Kaoru Ogawa; Tatsuo Matsunaga; Hideyuki Okano
CELL REPORTS, 2017年01月, ［査読有り］

Next-generation mammalian genetics toward organism-level systems biology.
Susaki EA; Ukai H; Ueda HR
NPJ systems biology and applications, 2017年, ［査読有り］

Mass spectrometry-based absolute quantification reveals rhythmic variation of mouse circadian clock proteins
Ryohei Narumi; Yoshihiro Shimizu; Maki Ukai-Tadenuma; Koji L. Ode; Genki N. Kanda; Yuta Shinohara; Aya Sato; Katsuhiko Matsumoto; Hiroki R. Ueda
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2016年06月, ［査読有り］

Involvement of Ca2+-Dependent Hyperpolarization in Sleep Duration in Mammals
Fumiya Tatsuki; Genshiro A. Sunagawa; Shoi Shi; Etsuo A. Susaki; Hiroko Yukinaga; Dimitri Perrin; Kenta Sumiyama; Maki Ukai-Tadenuma; Hiroshi Fujishima; Rei-ichiro Ohno; Daisuke Tone; Koji L. Ode; Katsuhiko Matsumoto; Hiroki R. Ueda
NEURON, 2016年04月, ［査読有り］

Cell-cycle-independent transitions in temporal identity of mammalian neural progenitor cells
Mayumi Okamoto; Takaki Miyata; Daijiro Konno; Hiroki R. Ueda; Takeya Kasukawa; Mitsuhiro Hashimoto; Fumio Matsuzaki; Ayano Kawaguchi
NATURE COMMUNICATIONS, 2016年04月, ［査読有り］

Mammalian Reverse Genetics without Crossing Reveals Nr3a as a Short-Sleeper Gene.
Genshiro A Sunagawa; Kenta Sumiyama; Maki Ukai-Tadenuma; Dimitri Perrin; Hiroshi Fujishima; Hideki Ukai; Osamu Nishimura; Shoi Shi; Rei-Ichiro Ohno; Ryohei Narumi; Yoshihiro Shimizu; Daisuke Tone; Koji L Ode; Shigehiro Kuraku; Hiroki R Ueda
Cell reports, 2016年01月26日, ［査読有り］

Whole-body and Whole-Organ Clearing and Imaging Techniques with Single-Cell Resolution: Toward Organism-Level Systems Biology in Mammals
Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda
Cell Chemical Biology, 2016年01月21日, ［査読有り］

Metabolites as clock hands: Estimation of internal body time using blood metabolomics
Hitoshi Iuchi; Rikuhiro G. Yamada; Hiroki R. Ueda
Neuromethods, 2016年

Chemical Principles in Tissue Clearing and Staining Protocols for Whole-Body Cell Profiling
Kazuki Tainaka; Akihiro Kuno; Shimpei I. Kubota; Tatzya Murakami; Hiroki R. Ueda
ANNUAL REVIEW OF CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY, VOL 32, 2016年, ［査読有り］

Advanced CUBIC protocols for whole-brain and whole-body clearing and imaging
Etsuo A. Susaki; Kazuki Tainaka; Dimitri Perrin; Hiroko Yukinaga; Akihiro Kuno; Hiroki R. Ueda
NATURE PROTOCOLS, 2015年11月, ［査読有り］

Seeing the forest and trees: whole-body and whole-brain imaging for circadian biology
Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
DIABETES OBESITY & METABOLISM, 2015年09月, ［査読有り］

Trans-ancestry mutational landscape of hepatocellular carcinoma genomes
Yasushi Totoki; Kenji Tatsuno; Kyle R. Covington; Hiroki Ueda; Chad J. Creighton; Mamoru Kato; Shingo Tsuji; Lawrence A. Donehower; Betty L. Slagle; Hiromi Nakamura; Shogo Yamamoto; Eve Shinbrot; Natsuko Hama; Megan Lehmkuhl; Fumie Hosoda; Yasuhito Arai; Kim Walker; Mahmoud Dahdouli; Kengo Gotoh; Genta Nagae; Marie-Claude Gingras; Donna M. Muzny; Hidenori Ojima; Kazuaki Shimada; Yutaka Midorikawa; John A. Goss; Ronald Cotton; Akimasa Hayashi; Junji Shibahara; Shumpei Ishikawa; Jacfranz Guiteau; Mariko Tanaka; Tomoko Urushidate; Shoko Ohashi; Naoko Okada; Harsha Doddapaneni; Min Wang; Yiming Zhu; Huyen Dinh; Takuji Okusaka; Norihiro Kokudo; Tomoo Kosuge; Tadatoshi Takayama; Masashi Fukayama; Richard A. Gibbs; David A. Wheeler; Hiroyuki Aburatani; Tatsuhiro Shibata
NATURE GENETICS, 2014年12月, ［査読有り］

Whole-Body Imaging with Single-Cell Resolution by Tissue Decolorization
Kazuki Tainaka; Shimpei I. Kubota; Takeru Q. Suyama; Etsuo A. Susaki; Dimitri Perrin; Maki Ukai-Tadenuma; Hideki Ukai; Hiroki R. Ueda
CELL, 2014年11月, ［査読有り］

A Mammalian Circadian Clock Model Incorporating Daytime Expression Elements
Craig C. Jolley; Maki Ukai-Tadenuma; Dimitri Perrin; Hiroki R. Ueda
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2014年09月, ［査読有り］

Recurrent gain-of-function mutations of RHOA in diffuse-type gastric carcinoma
Miwako Kakiuchi; Takashi Nishizawa; Hiroki Ueda; Kengo Gotoh; Atsushi Tanaka; Akimasa Hayashi; Shogo Yamamoto; Kenji Tatsuno; Hiroto Katoh; Yoshiaki Watanabe; Takashi Ichimura; Tetsuo Ushiku; Shinichi Funahashi; Keisuke Tateishi; Ikuo Wada; Nobuyuki Shimizu; Sachiyo Nomura; Kazuhiko Koike; Yasuyuki Seto; Masashi Fukayama; Hiroyuki Aburatani; Shumpei Ishikawa
NATURE GENETICS, 2014年06月, ［査読有り］

[Multilayered control of the Mammalian circadian system].
Ode KL; Ueda HR
Brain and nerve = Shinkei kenkyu no shinpo, 2014年06月, ［査読有り］

Whole-Brain Imaging with Single-Cell Resolution Using Chemical Cocktails and Computational Analysis
Etsuo A. Susaki; Kazuki Tainaka; Dimitri Perrin; Fumiaki Kishino; Takehiro Tawara; Tomonobu M. Watanabe; Chihiro Yokoyama; Hirotaka Onoe; Megumi Eguchi; Shun Yamaguchi; Takaya Abe; Hiroshi Kiyonari; Yoshihiro Shimizu; Atsushi Miyawaki; Hideo Yokota; Hiroki R. Ueda
CELL, 2014年04月, ［査読有り］

Non-Enzymatic DNA Cleavage Reaction Induced by 5-Ethynyluracil in Methylamine Aqueous Solution and Application to DNA Concatenation
Shuji Ikeda; Kazuki Tainaka; Katsuhiko Matsumoto; Yuta Shinohara; Koji L. Ode; Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda
PLOS ONE, 2014年03月, ［査読有り］

Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells
Kenjiro Adachi; Itoshi Nikaido; Hiroshi Ohta; Satoshi Ohtsuka; Hiroki Ura; Mitsutaka Kadota; Teruhiko Wakayama; Hiroki R. Ueda; Hitoshi Niwa
MOLECULAR CELL, 2013年11月, ［査読有り］

Different circadian expression of major matrix-related genes in various types of cartilage: modulation by light-dark conditions
Kiyomasa K. Honda; Takeshi Kawamoto; Hiroki R. Ueda; Ayumu Nakashima; Taichi Ueshima; Rikuhiro G. Yamada; Masahiro Nishimura; Ryo Oda; Shigeo Nakamura; Tomoko Kojima; Mitsuhide Noshiro; Katsumi Fujimoto; Seiichi Hashimoto; Yukio Kato
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2013年10月, ［査読有り］

Picrotoxin dramatically speeds the mammalian circadian clock independent of Cys-loop receptors
G. Mark Freeman; Masato Nakajima; Hiroki R. Ueda; Erik D. Herzog
JOURNAL OF NEUROPHYSIOLOGY, 2013年07月, ［査読有り］

Establishment of TSH β real-time monitoring system in mammalian photoperiodism.
Tsujino K; Narumi R; Masumoto KH; Susaki EA; Shinohara Y; Abe T; Iigo M; Wada A; Nagano M; Shigeyoshi Y; Ueda HR
Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2013年07月, ［査読有り］

FASTER: An unsupervised fully automated sleep staging method for mice
Genshiro A. Sunagawa; Hiroyoshi Séi; Shigeki Shimba; Yoshihiro Urade; Hiroki R. Ueda
Genes to Cells, 2013年06月, ［査読有り］

Quartz-Seq: A highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals nongenetic gene-expression heterogeneity
Yohei Sasagawa; Itoshi Nikaido; Tetsutaro Hayashi; Hiroki Danno; Kenichiro D. Uno; Takeshi Imai; Hiroki R Ueda
Genome Biology, 2013年04月17日, ［査読有り］

Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity.
Sasagawa Y; Nikaido I; Hayashi T; Danno H; Uno KD; Imai T; Ueda HR
Genome biology, 2013年04月, ［査読有り］

An automated system for high-throughput single cell-based breeding
Nobuo Yoshimoto; Akiko Kida; Xu Jie; Masaya Kurokawa; Masumi Iijima; Tomoaki Niimi; Andres D. Maturana; Itoshi Nikaido; Hiroki R. Ueda; Kenji Tatematsu; Katsuyuki Tanizawa; Akihiko Kondo; Ikuo Fujii; Shun'ichi Kuroda
SCIENTIFIC REPORTS, 2013年02月, ［査読有り］

1P283 From cell-autonomous circadian clocks to tissue-level timekeeping(25. Equality Nonequilibrium state & Biological rhythm,Poster)
Jolley Craig; Ukai-Tadenuma Maki; Perrin Dimitri; Ueda Hiroki
生物物理, 2013年

Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity
Yohei Sasagawa; Itoshi Nikaido; Tetsutaro Hayashi; Hiroki Danno; Kenichiro D. Uno; Takeshi Imai; Hiroki R. Ueda
GENOME BIOLOGY, 2013年, ［査読有り］

Mammalian circadian clock: The roles of transcriptional repression and delay
Yoichi Minami; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
Handbook of Experimental Pharmacology, 2013年, ［査読有り］

A Design Principle for a Posttranslational Biochemical Oscillator
Craig C. Jolley; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
CELL REPORTS, 2012年10月, ［査読有り］

Human blood metabolite timetable indicates internal body time
Takeya Kasukawa; Masahiro Sugimoto; Akiko Hida; Yoichi Minami; Masayo Mori; Sato Honma; Ken-ichi Honma; Kazuo Mishima; Tomoyoshi Soga; Hiroki R. Ueda
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2012年09月, ［査読有り］

Transcriptome Tomography for Brain Analysis in the Web-Accessible Anatomical Space
Yuko Okamura-Oho; Kazuro Shimokawa; Satoko Takemoto; Asami Hirakiyama; Sakiko Nakamura; Yuki Tsujimura; Masaomi Nishimura; Takeya Kasukawa; Koh-hei Masumoto; Itoshi Nikaido; Yasufumi Shigeyoshi; Hiroki R. Ueda; Gang Song; James Gee; Ryutaro Himeno; Hideo Yokota
PLOS ONE, 2012年09月, ［査読有り］

Identification of a Novel Cryptochrome Differentiating Domain Required for Feedback Repression in Circadian Clock Function
Sanjoy K. Khan; Haiyan Xu; Maki Ukai-Tadenuma; Brittany Burton; Yongmei Wang; Hiroki R. Ueda; Andrew C. Liu
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2012年07月, ［査読有り］

2C1522 Modeling the mammalian circadian clock(Mathematical Biology,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Jolley Craig; Ueda Hiroki
生物物理, 2012年

Quantitative Expression Profile of Distinct Functional Regions in the Adult Mouse Brain
Takeya Kasukawa; Koh-hei Masumoto; Itoshi Nikaido; Mamoru Nagano; Kenichiro D. Uno; Kaori Tsujino; Carina Hanashima; Yasufumi Shigeyoshi; Hiroki R. Ueda
PLOS ONE, 2011年08月, ［査読有り］

Perturbation analyses of intermolecular interactions
Yohei M. Koyama; Tetsuya J. Kobayashi; Hiroki R. Ueda
PHYSICAL REVIEW E, 2011年08月, ［査読有り］

Understanding systems-level properties: timely stories from the study of clocks
John B. Hogenesch; Hiroki R. Ueda
NATURE REVIEWS GENETICS, 2011年06月, ［査読有り］

Acute Induction of Eya3 by Late-Night Light Stimulation Triggers TSHβ Expression in Photoperiodism.
升本 宏平; 長野 護; 重吉 康史; 上田 泰己
Curr Biol., 2011年

Delay in Feedback Repression by Cryptochrome 1 Is Required for Circadian Clock Function
Maki Ukai-Tadenuma; Rikuhiro G. Yamada; Haiyan Xu; Juergen A. Ripperger; Andrew C. Liu; Hiroki R. Ueda
CELL, 2011年01月, ［査読有り］

Acute induction of Eya3 by late-night light stimulation triggers TSHβ expression in photoperiodism.
Masumoto KH; Ukai-Tadenuma M; Kasukawa T; Nagano M; Uno KD; Tsujino K; Horikawa K; Shigeyoshi Y; Ueda HR
Current biology : CB, 2010年12月, ［査読有り］

Transcriptomic landscape of the primitive streak.
Cantas Alev; Yuping Wu; Takeya Kasukawa; Lars M Jakt; Hiroki R Ueda; Guojun Sheng
Development (Cambridge, England), 2010年09月01日, ［査読有り］

Atypical Cadherins Dachsous and Fat Control Dynamics of Noncentrosomal Microtubules in Planar Cell Polarity
Toshiyuki Harumoto; Masayoshi Ito; Yuko Shimada; Tetsuya J. Kobayashi; Hiroki R. Ueda; Bingwei Lu; Tadashi Uemura
DEVELOPMENTAL CELL, 2010年09月, ［査読有り］

Challenges in synthetically designing mammalian circadian clocks
Etsuo A. Susaki; Joerg Stelling; Hiroki R. Ueda
CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY, 2010年08月, ［査読有り］

Systems Biology of Mammalian Circadian Clocks
Hideki Ukai; Hiroki R. Ueda
ANNUAL REVIEW OF PHYSIOLOGY, 2010年, ［査読有り］

哺乳類概日時計の転写ネットワークの物理的シミュレーション (特集 生命システムの階層間をまたぐイメージング技術)
鵜飼-蓼沼 磨貴; 粕川 雄也; 上田 泰己
蛋白質核酸酵素, 2009年12月

Temperature-insensitive reaction in the mammalian circadian clock
Masato Nakajima; Hideki Ukai; Yasushi Isojima; Hiroki R. Ueda
SLEEP AND BIOLOGICAL RHYTHMS, 2009年10月, ［査読有り］

CKI epsilon/delta-dependent phosphorylation is a temperature-insensitive, period-determining process in the mammalian circadian clock
Yasushi Isojima; Masato Nakajima; Hideki Ukai; Hiroshi Fujishima; Rikuhiro G. Yamada; Koh-hei Masumoto; Reiko Kiuchi; Mayumi Ishida; Maki Ukai-Tadenuma; Yoichi Minami; Ryotaku Kito; Kazuki Nakao; Wataru Kishimoto; Seung-Hee Yoo; Kazuhiro Shimomura; Toshifumi Takao; Atsuko Takano; Toshio Kojima; Katsuya Nagai; Yoshiyuki Sakaki; Joseph S. Takahashi; Hiroki R. Ueda
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2009年09月, ［査読有り］

Measurement of internal body time by blood metabolomics
Yoichi Minami; Takeya Kasukawa; Yuji Kakazu; Masayuki Iigo; Masahiro Sugimoto; Satsuki Ikeda; Akira Yasui; Gijsbertus T. J. van der Horst; Tomoyoshi Soga; Hiroki R. Ueda
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2009年06月, ［査読有り］

Genetic and Molecular Analysis of Wild-Derived Arrhythmic Mice
Tsuyoshi Watanabe; Tohru Suzuki; Akira Ishikawa; Yuki Yokota; Hiroki R. Ueda; Rikuhiro G. Yamada; Hajime Tei; Saki Imai; Shigeru Tomida; Junya Kobayashi; Emiko Naito; Shinobu Yasuo; Nobuhiro Nakao; Takao Namikawa; Takashi Yoshimura; Shizufumi Ebihara
PLOS ONE, 2009年01月, ［査読有り］

JBIR-26, a Novel Natural Compound from Streptomyces sp AK-AH76, Regulates Mammalian Circadian Clock
Miho Izumikawa; Hideki Ukai; Motoki Takagi; Hiroki R. Ueda; Kazuo Shin-ya
JOURNAL OF ANTIBIOTICS, 2008年12月, ［査読有り］

Predicting Perfect Adaptation Motifs in Reaction Kinetic Networks
Tormod Drengstig; Hiroki R. Ueda; Peter Ruoff
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2008年12月, ［査読有り］

Proof-by-synthesis of the transcriptional logic of mammalian circadian clocks
Maki Ukai-Tadenuma; Takeya Kasukawa; Hiroki R. Ueda
NATURE CELL BIOLOGY, 2008年10月, ［査読有り］

Perturbational formulation of principal component analysis in molecular dynamics simulation
Yohei M. Koyama; Tetsuya J. Kobayashi; Shuji Tomoda; Hiroki R. Ueda
PHYSICAL REVIEW E, 2008年10月, ［査読有り］

Single-cell gene profiling defines differential progenitor subclasses in mammalian neurogenesis
Ayano Kawaguchi; Tomoko Ikawa; Takeya Kasukawa; Hiroki R. Ueda; Kazuki Kurimoto; Mitinori Saitou; Fumio Matsuzaki
DEVELOPMENT, 2008年09月, ［査読有り］

Analysis and synthesis of high-amplitude Cis-elements in the mammalian circadian clock
Yuichi Kumaki; Maki Ukai-Tadenuma; Ken-ichiro D. Uno; Junko Nishio; Koh-hei Masumoto; Mamoru Nagano; Takashi Komori; Yasufumi Shigeyoshi; John B. Hogenesch; Hiroki R. Ueda
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2008年09月, ［査読有り］

Detection of a circadian enhancer in the mDbp promoter using prokaryotic transposon vector-based strategy
Yota B. Kiyohara; Keigo Nishii; Maki Ukai-Tadenuma; Hiroki R. Ueda; Yasuo Uchiyama; Kazuhiro Yagita
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2008年03月, ［査読有り］

Thyrotrophin in the pars tuberalis triggers photoperiodic response
Nobuhiro Nakao; Hiroko Ono; Takashi Yamamura; Tsubasa Anraku; Tsuyoshi Takagi; Kumiko Higashi; Shinobu Yasuo; Yasuhiro Katou; Saburo Kageyama; Yumiko Uno; Takeya Kasukawa; Masayuki Iigo; Peter J. Sharp; Atsushi Iwasawa; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Teruyuki Niimi; Makoto Mizutani; Takao Namikawa; Shizufumi Ebihara; Hiroki R. Ueda; Takashi Yoshimura
NATURE, 2008年03月, ［査読有り］

Melanopsin-dependent photo-perturbation reveals desynchronization underlying the singularity of mammalian circadian clocks
Hideki Ukai; Tetsuya J. Kobayashi; Mamoru Nagano; Koh-hei Masumoto; Mitsugu Sujino; Takao Kondo; Kazuhiro Yagita; Yasufumi Shigeyoshi; Hiroki R. Ueda
NATURE CELL BIOLOGY, 2007年11月, ［査読有り］

A functional genomics strategy reveals clockwork orange as a transcriptional regulator in the Drosophila circadian clock
Akira Matsumoto; Maki Ukai-Tadenuma; Rikuhiro G. Yamada; Jerry Houl; Kenichiro D. Uno; Takeya Kasukawa; Brigitte Dauwalder; Taichi Q. Itoh; Kuniaki Takahashi; Ryu Ueda; Paul E. Hardin; Teiichi Tanimura; Hiroki R. Ueda
GENES & DEVELOPMENT, 2007年07月, ［査読有り］

Desynchronization of noisy multi-cellular clocks underlies the population-level singularity Behavior of mammalian circadian clock
Tetsuya J. Kobayashi; Hideki Ukai; Hiroki R. Ueda
NOISE AND FLUCTUATIONS, 2007年, ［査読有り］

Microarrays: quality control and hybridization protocol.
Uno K; Ueda HR
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2007年, ［査読有り］

Microarrays: statistical methods for circadian rhythms.
Yamada R; Ueda HR
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2007年, ［査読有り］

Maintenance of self-renewal ability of mouse embryonic stem cells in the absence of DNA methyltransferases Dnmt1, Dnmt3a and Dnmt3b
A Tsumura; T Hayakawa; Y Kumaki; S Takebayashi; M Sakaue; C Matsuoka; K Shimotohno; F Ishikawa; E Li; HR Ueda; J Nakayama; M Okano
GENES TO CELLS, 2006年07月, ［査読有り］

The BMAL1 C terminus regulates the circadian transcription feedback loop
Yota B. Kiyohara; Sayaka Tagao; Filippo Tamanini; Akira Morita; Yukiko Sugisawa; Maya Yasuda; Iori Yamanaka; Hiroki R. Ueda; Gijsbertus T. J. van der Horst; Takao Kondo; Kazuhiro Yagita
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2006年06月, ［査読有り］

Feedback repression is required for mammalian circadian clock function
TK Sato; RG Yamada; H Ukai; JE Baggs; LJ Miraglia; TJ Kobayashi; DK Welsh; SA Kay; HR Ueda; JB Hogenesch
NATURE GENETICS, 2006年03月, ［査読有り］

An improved single-cell cDNA amplification method for efficient high-density oligonucleotide microarray analysis
K Kurimoto; Y Yabuta; Y Ohinata; Y Ono; KD Uno; RG Yamada; HR Ueda; M Saitou
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2006年, ［査読有り］

Systems biology flowering in the plant clock field
Hiroki R. Ueda
MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY, 2006年, ［査読有り］

[Comprehensive and synthetic approaches in developmental biology].
Ueda HR
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2005年05月, ［査読有り］

System-level identification of transcriptional circuits underlying mammalian circadian clocks
HR Ueda; S Hayashi; WB Chen; M Sano; M Machida; Y Shigeyoshi; M Iino; S Hashimoto
NATURE GENETICS, 2005年02月, ［査読有り］

[Systems biology of spatio-temporal regulation of gene expession].
Ueda HR
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2004年12月, ［査読有り］

Molecular-timetable methods for detection of body time and rhythm disorders from single-time-point genome-wide expression profiles
HR Ueda; WB Chen; Y Minami; S Honma; K Honma; M Iino; S Hashimoto
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2004年08月, ［査読有り］

Universality and flexibility in gene expression from bacteria to human
HR Ueda; S Hayashi; S Matsuyama; T Yomo; S Hashimoto; SA Kay; JB Hogenesch; M Iino
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2004年03月, ［査読有り］

[System analysis of circadian rhythms].
Ueda HR
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2003年06月, ［査読有り］

The period gene and allochronic reproductive isolation in Bactrocera cucurbitae
T Miyatake; A Matsumoto; T Matsuyama; HR Ueda; T Toyosato; T Tanimura
PROCEEDINGS OF THE ROYAL SOCIETY B-BIOLOGICAL SCIENCES, 2002年12月, ［査読有り］

[A systems-biological approach in drug discovery for circadian rhythm disorders].
Ueda HR
Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica, 2002年11月, ［査読有り］

A transcription factor response element for gene expression during circadian night
HR Ueda; WB Chen; A Adachi; H Wakamatsu; S Hayashi; T Takasugi; M Nagano; K Nakahama; Y Suzuki; S Sugano; M Iino; Y Shigeyoshi; S Hashimoto
NATURE, 2002年08月, ［査読有り］

Intercellular coupling mechanism for synchronized and noise-resistant circadian oscillators
HR Ueda; K Hirose; M Iino
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 2002年06月, ［査読有り］

Genome-wide transcriptional orchestration of circadian rhythms in Drosophila
HR Ueda; A Matsumoto; M Kawamura; M Iino; T Tanimura; S Hashimoto
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2002年04月, ［査読有り］

Robust oscillations within the interlocked feedback model of Drosophila circadian rhythm
HR Ueda; M Hagiwara; H Kitano
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 2001年06月, ［査読有り］

Biology: See it again - For the first time
Seam Luke; Shugo Hamahashi; Koji Kyoda; Hiroki Ueda
IEEE Intelligent Systems and Their Applications, 1998年09月, ［査読有り］

Faculty Opinions Recommendation of [Cichon J et al., Nat Neurosci 2023 26(1:39-52)]
Hiroki R. Ueda; Koji L. Ode; Hiroyuki J. Kanaya
Faculty Opinions, 2023年02月28日, ［招待有り］

概日リズムを反映した全脳活動アトラス:組織透明化,3D免疫染色,3Dイメージングによる定量的分析
山下勝成; 松本桂彦; 松本桂彦; 吉田将太; 吉田将太; 上田泰己; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2023年

青少年と神経発達障害における大規模な睡眠分析
MINAMI Yoichi; KISHI Akifumi; UEDA Hiroki
11th Congress of the Asian Society for Child and Adolescent Psychiatry and Allied Professions, 2023, 2023年

ウェアラブルデバイスを用いた睡眠教育
南陽一; 南陽一; 岸哲史; 岸哲史; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
日本公衆衛生学会総会抄録集(CD-ROM), 2023年

睡眠覚醒調節に関与するシナプス蛋白質の脱リン酸化調節に関する研究【JST・京大機械翻訳】|||
曹思ぎょく; 戸根大輔; 山田陸裕; 隅山健太; 上田泰己; 上田泰己
日本薬理学雑誌, 2023年

Investigating roles of pore-loop cation channels for cortical neuronal synchrony and sleep quality and time
バイエステロッチ マリアネウス; 史蕭逸; 戸根大輔; 大出晃士; 藤島博史; 山田陸裕; 隅山健太; 上田泰己
時間生物学, 2023年

アルツハイマー病関連因子による睡眠要求量制御機構の解析
山浦港生; 山浦港生; 戸根大輔; 山田陸裕; 山田陸裕; 山田陸裕; 木下福章; 木下福章; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2023年

in vitro睡眠評価系を用いた神経伝達と睡眠制御の解析
山本敬太; 山本敬太; YILIN Jiang; 戸根大輔; 戸根大輔; 山田陸裕; 山田陸裕; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2023年

CaMKIIのリン酸化状態による哺乳類の睡眠調節
戸根大輔; 戸根大輔; 大出晃士; 大出晃士; 張千惠; 上田泰己; 上田泰己
日本薬理学雑誌, 2023年

Q&A 神経科学の素朴な疑問 勉強すると眠くなるのはなぜですか?
南陽一; 南陽一; 上田泰己; 上田泰己
Clinical Neuroscience, 2023年

大規模加速度データに基づく日中の活動と睡眠表現型に関する分析
佐藤弘之; 岸哲史; 南陽一; 上田泰己; 上田泰己
日本薬理学雑誌, 2023年

子ども睡眠健診の実現に向けて-加速度計を用いた睡眠解析-
南陽一; 南陽一; 岸哲史; 岸哲史; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
日本睡眠学会定期学術集会プログラム・抄録集, 2023年

睡眠覚醒制御のタンパク質リン酸化仮説
大出晃士; 温芷晴; 上田泰己
実験医学, 2022年07月, ［招待有り］

霊長類全脳の透明化にむけた新規組織透明化試薬の開発
茂田大地; 茂田大地; 吉田将太; 松本桂彦; 松本桂彦; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
日本先天異常学会学術集会プログラム・抄録集, 2022年

加速度計を用いた子どもの大規模睡眠測定:「子ども睡眠健診」運動への展開
岸哲史; 南陽一; 田中秀樹; 上田泰己; 岸哲史; 南陽一; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2022年

青少年を対象とした大規模睡眠解析と神経発達障害者の睡眠計測
南陽一; 南陽一; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2022年

CaMKIIにおける多段階リン酸化による睡眠覚醒サイクル制御
戸根大輔; 大出晃士; 大出晃士; 張千惠; 上田泰己; 上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2021年

三次元病理解析に資する組織透明化手法の開発
久保田晋平; 高橋恵生; 田井中一貴; 江幡正悟; 上田泰己; 宮園浩平
日本病理学会会誌, 2021年

量子ドットによる透明化組織内エクソソーム蛍光イメージング技術の構築
浦野大智; 湯川博; 湯川博; 湯川博; 西村勇姿; 洲崎悦生; 上田泰己; 馬場嘉信; 馬場嘉信; 馬場嘉信
日本再生医療学会総会(Web), 2021年

蛍光ナノ材料と組織透明化技術の融合による移植エクソソームの診断技術確立に向けて
浦野大智; 湯川博; 小野島大介; 洲崎悦生; 上田泰己; 馬場嘉信
日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2020年

【バイオマテリアル研究に役立つ分析技術・評価法】生体組織の透明化とイメージング技術　　　　　　　　　　　　　　　
吉田 将太; 松本 桂彦; 洲崎 悦生; 上田 泰己
バイオマテリアル-生体材料-, 2019年10月

量子ナノ材料による移植幹細胞・免疫細胞間インタラクションのintra-vital蛍光イメージングと組織透明化技術CUBICの応用
水巻 登志樹; 湯川 博; 北村 晃大; 小野島 大介; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
Organ Biology, 2019年10月

Organ Biology・量子ドットによる完全透明化組織内移植幹細胞イメージング
水巻登志樹; 湯川博; 洲﨑悦生; 上田泰己; 馬場嘉信
Organ Biology・量子ドットによる完全透明化組織内移植幹細胞イメージング, 2019年09月

概日時計と睡眠　　　　　　　　　　　　　　　
大出 晃士; 上田 泰己
臨床神経科学, 2019年07月

核小体蛋白によるアルブミンエンドサイトーシス制御機構　　　　　　　　　　　　　　　
浦江 聖也; 張田 豊; 宇田川 智宏; 大出 晃士; 長浜 正巳; 上田 泰己; 南学 正臣; 岡 明
日本腎臓学会誌, 2019年05月

見る脂質のページ〈透明化による全細胞解析〉第5回 一細胞解像度脳アトラスによる全脳全細胞解析
村上達哉; 上田泰己; 上田泰己
Lipid, 2019年04月10日

組織を見る新技術 病理組織標本の透明化と3次元イメージング　　　　　　　　　　　　　　　
野島 聡; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 森井 英一
日本病理学会会誌, 2019年04月

時間生物学からサーカディアン・メディシンへ 概日リズム撹乱と健康問題の因果性に挑む 哺乳類概日時計の周期長決定要因を探る
大出晃士; 上田泰己; 大出晃士; 上田泰己
実験医学, 2019年02月01日

見る脂質のページ〈透明化による全細胞解析〉第4回 光で切る!ライトシート顕微鏡
黒田真史; 真野智之; 上田泰己; 上田泰己
Lipid, 2019年01月10日

バイオマテリアル研究に役立つ分析技術・評価法 生体組織の透明化とイメージング技術
吉田将太; 吉田将太; 松本桂彦; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
バイオマテリアル(Web), 2019年

量子ドットを用いた透明化組織内移植幹細胞イメージング診断技術の開発
水巻登志樹; 湯川博; 湯川博; 小野島大介; 小野島大介; 洲崎悦生; 上田泰己; 馬場嘉信; 馬場嘉信; 馬場嘉信
日本DDS学会学術集会プログラム予稿集, 2019年

cutting-edge medicine 自己免疫疾患の個別化医療 CUBICを用いた全細胞解析
三谷 智樹; 松本 桂彦; 上田 泰己
Precision medicine = プレシジョンメディシン, 2019年01月

量子ドットを用いた透明化組織内移植幹細胞イメージング技術の開発
水巻 登志樹; 湯川 博; 小野島 大介; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
生体医工学, 2019年

量子ドットによる完全透明化組織内移植幹細胞イメージング
水巻 登志樹; 湯川 博; 洲﨑 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
Organ Biology, 2019年

その他の技術 88.CUBIC‐Xを用いた三次元組織膨潤による全脳全細胞解析
村上達哉; 上田泰己
実験医学, 2018年12月15日

【組織透明化技術“CUBIC”を用いた病理診断】
吉田将太; 松本桂彦; 野島聡; 上田泰己; 上田泰己
月刊細胞, 2018年11月20日

量子ドットによる完全透明化組織内移植幹細胞イメージング
水巻登志樹; 湯川博; 小野島大介; 洲崎悦生; 上田泰己; 馬場嘉信
中部化学関係学協会支部連合秋季大会講演予稿集, 2018年11月03日

見る脂質のページ〈透明化による全細胞解析〉第3回 ヒト組織透明化~ヒト病理組織を中心に~
野島聡; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 森井英一; 森井英一; 上田泰己; 上田泰己
Lipid, 2018年10月10日

臓器機能温存に貢献する新しい医工学技術 量子ドットによる完全透明化組織内移植幹細胞イメージング
水巻 登志樹; 湯川 博; 小野島 大介; 洲崎 悦生; 上田 泰己; 馬場 嘉信
Organ Biology, 2018年10月

睡眠覚醒におけるカルシウム依存的過分極機構の役割
上田泰己; 上田泰己
Dementia Japan, 2018年09月15日

全身・全脳透明化の先に見えるもの
上田泰己; 上田泰己
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2018年08月21日

量子ドットによる完全透明化組織内移植幹細胞イメージング　　　　　　　　　　　　　　　
水巻 登志樹; 湯川 博; 小野島 大介; 洲崎 悦夫; 上田 泰己; 馬場 嘉信
バイオイメージング, 2018年08月

脳発達と再編の仕組みを研究するための最新技術・モデル 2.CUBICによる全脳全細胞解析最前線
真野智之; 真野智之; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己
実験医学, 2018年08月01日

見る脂質のページ〈透明化による全細胞解析〉第2回 組織透明化による全身全細胞解析
久保田晋平; 高橋恵生; 上田泰己; 宮園浩平
Lipid, 2018年07月10日

最先端の研究テクノロジー紹介 6)臓器の透明化技術とその臨床応用
野島聡; 州崎悦生; 州崎悦生; 州崎悦生; 森井英一; 上田泰己; 上田泰己
Lisa, 2018年07月01日

快人快説 最先端の研究テクノロジー紹介(6)臓器の透明化技術とその臨床応用
野島 聡; 洲﨑 悦生; 森井 英一; 上田 泰己
LiSA : Life support and anesthesia, 2018年07月

全身・全脳透明化の先に見えるもの
上田泰己; 上田泰己
日本内分泌学会雑誌, 2018年04月01日

睡眠と覚醒の科学 第1回 睡眠覚醒におけるCa²⁺依存的過分極経路機構
小野宏晃; 史蕭逸; 上田泰己; 上田泰己
睡眠医療, 2018年03月30日

Rhythms: The dark side meets the light
Arthur Millius; Hiroki Ueda
Science, 2018年03月16日

性能限界を突破へ!注目の非従来型バイオイメージング 全脳・全身の3次元イメージング
黒田真史; 上田泰己
Optronics, 2018年03月10日

量子ドットによる完全透明化組織内幹細胞イメージング
水巻登志樹; 湯川博; 小野島大介; 洲崎悦生; 上田泰己; 馬場嘉信
日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2018年03月06日

全脳・全身の3次元イメージング (特集 性能限界を突破へ! 注目の非従来型バイオイメージング)
黒田 真史; 上田 泰己
Optronics : 光技術コーディネートジャーナル, 2018年03月

MEDICAL TOPICS 第65回 組織透明化技術CUBICを用いる肺がん細胞の転移解析
高橋恵生; 久保田晋平; 上田泰己; 宮園浩平
Lung Perspectives, 2018年02月23日

病理学 組織透明化/3次元観察技術CUBICの臨床病理診断への応用
野島 聡; 洲崎 悦生; 森井 英一; 上田 泰己
医学のあゆみ, 2018年02月

脳血管網3Dイメージングのための血管鋳造法および組織透明化手法の開発
宮脇健行; 洲崎悦生; 山口瞬; 上田泰己; 池谷裕二
日本薬理学雑誌, 2018年

遺伝性パーキンソン病患者iPS細胞由来神経細胞における経時的なmRNA発現解析
太田悦朗; 太田悦朗; 太田悦朗; 太田悦朗; 曽根岳史; 大日方友理; 鵜飼英樹; 久松知子; 北川季子; 石川充; 駒野肇; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己; 小幡文弥; 小幡文弥; 小幡文弥; 川村俊彦; 川村俊彦; 岡野栄之
日本再生医療学会総会(Web), 2018年

疾患モデル動物高速・並列作製のための交配をもちいないゲノム改変ESマウス作製手法の開発
山本真理; 鵜飼英樹; 上田泰己; 上田泰己
日本再生医療学会総会(Web), 2018年

CRISPRを用いたヒト等生物のゲノム編集に供する厳選ターゲットのデータベース
須貝秀平; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

全身透明化の先に見えるもの
上田泰己; 上田泰己
日本抗加齢医学会総会プログラム・抄録集, 2018年

オートファジーの新規選択的基質としてのcAMP依存性プロテインキナーゼAの同定
栗川義峻; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己; 水島昇
日本生化学会大会(Web), 2018年

質量分析によるアミロイドーシス診断系の開発
永島良樹; 永島良樹; 小川真貴子; 大出晃士; 堂本裕加子; 清水義宏; 深山正久; 上田泰己; 上田泰己
日本血管生物医学会学術集会プログラム・抄録集, 2018年

睡眠と覚醒の科学(第1回)睡眠覚醒におけるCa²⁺依存的過分極経路機構
小野 宏晃; 史 蕭逸; 上田 泰己
睡眠医療 : 睡眠医学・医療専門誌, 2018年

CUBIC-癌分析法を用いた癌転移の全身/全組織的特性解析(Whole-body/organ profiling of cancer metastasis with CUBIC-Cancer analysis)　　　　　　　　　　　　　　　
久保田 晋平; 高橋 恵生; 西田 純; 江幡 正悟; 田井中 一貴; 上田 泰己; 宮園 浩平
生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月

CUBIC-癌分析法を用いた癌転移の全身/全組織的特性解析(Whole-body/organ profiling of cancer metastasis with CUBIC-Cancer analysis)　　　　　　　　　　　　　　　
久保田 晋平; 高橋 恵生; 西田 純; 江幡 正悟; 田井中 一貴; 上田 泰己; 宮園 浩平
生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月

少数性生物学ってなんだ?量的変動の時間,質的変動の時間 少数分子が刻む哺乳類概日時計
大出晃士; 大出晃士; 須貝秀平; 上田泰己; 上田泰己
実験医学, 2017年12月01日

2017年ノーベル生理学・医学賞：概日リズムを制御する分子機構の発見　　　　　　　　　　　　　　　
大出 晃士; 上田 泰己
実験医学, 2017年11月

細胞多様性解明に資する光技術―見て,動かす I.見る,観る,視る 透明化技術とシステムバイオロジー
小野宏晃; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
生体の科学, 2017年10月15日

全身・全脳透明化の先に見えるもの
上田泰己; 上田泰己
CBI学会大会, 2017年10月02日

睡眠覚醒におけるカルシウム依存的過分極機構の役割
上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2017年10月01日

マウスCRY1によるタンパク質分解依存的,および非依存的な概日周期長制御機構
大出晃士; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己
時間生物学, 2017年10月01日

THERAPEUTIC FRONTIER 呼吸器疾患治療最新情報 全身透明化が可能にする全細胞解析技術CUBIC
上田 泰己
Respiratory trends, 2017年09月

全身・全脳透明化の先に見えるもの
上田泰己; 上田泰己
バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2017年08月28日

トリプルCRISPR法による第一世代両アリル完全ノックアウトマウス作製
隅山健太; 砂川玄志郎; 鵜飼(蓼沼)磨貴; ディミトリー ペリン; 上田泰己
日本実験動物学会総会講演要旨集, 2017年04月28日

全身・全脳透明化の先に見えるもの
上田泰己; 上田泰己
日本歯周病学会会誌(Web), 2017年04月18日

生命科学・医学研究における事例に学ぶ V.生理機能 15.睡眠研究における神経膜電位の数理モデリング
吉田健祐; 大出晃士; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己
実験医学, 2017年03月15日

概日リズムと睡眠恒常性の分子メカニズム
昆 一弘; 大出 晃士; 上田 泰己
Brain and nerve, 2017年03月

遺伝性パーキンソン病患者iPS細胞におけるゲノム編集iPS細胞の樹立
太田悦朗; 太田悦朗; 太田悦朗; 太田悦朗; 曽根岳史; 大日方友理; 鵜飼英樹; 久松知子; 北川季子; 石川充; 石川充; 石川充; 駒野肇; 上田泰己; 上田泰己; 上田泰己; 小幡文弥; 小幡文弥; 小幡文弥; 岡野栄之
再生医療, 2017年02月01日

全身および全臓器透明化による全細胞解析
金子みずほ; 茂田大地; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
感染・炎症・免疫, 2017年01月15日

個体レベルのシステムバイオロジーを目指した高速・並列ESマウス作出手法の開発
山本真理; 鵜飼英樹; 上田泰己; 上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2017年

バイオ・ライフとナノテク・材料の融合領域 4.生体組織・個体レベル 4.1 全脳・全身―細胞解像度イメージング
上田泰己; 上田泰己
俯瞰ワークショップ報告書 ナノテクノロジー・材料分野 領域別分科会 「バイオ・ライフとナノテク・材料の融合領域」 平成28年, 2017年

ノックアウトマウスを用いた選択的オートファジー基質の探索
栗川義峻; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己; 水島昇
日本生化学会大会(Web), 2017年

Cry1の多重リン酸化を介した,分子・個体・進化スケールでの概日時計制御
大出晃士; 上田泰己; 大出晃士; 上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2017年

細胞数密度が衝撃波減衰に与える影響
新藤尚吾; 桑鶴哲理; 中川桂一; 塚本哲; 松井和洋; 村上達哉; 洲崎悦生; 上田泰己; 東隆, 高木周
衝撃波シンポジウム講演論文集(CD-ROM), 2017年

組織透明化法による3次元臓器サンプルの全細胞解析
茂田大地; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
比較内分泌学, 2017年

睡眠覚醒におけるカルシウム依存的過分極機構の役割
上田泰己; 上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2017年

質量分析を用いた新規絶対タンパク定量法による時計タンパクの定量
鳴海良平; 鳴海良平; 清水義宏; 鵜飼磨貴; 大出晃士; 大出晃士; 神田元紀; 篠原雄太; 佐藤文; 松本桂彦; 上田泰己; 上田泰己
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017年

「細胞機能の構成的な理解と制御」研究領域 領域活動・評価報告書―平成29年度終了研究課題―
上田泰己
戦略的創造研究推進事業におけるさきがけ採択研究課題別事後評価について(Web), 2017年

無細胞合成ペプチドを利用したタンパク質絶対定量
鳴海 良平; 清水 義宏; 上田 泰己
日本プロテオーム学会誌, 2017年

質量分析を用いた新規絶対タンパク定量法による時計タンパクの定量
鳴海 良平; 清水 義宏; 鵜飼 磨貴; 大出 晃士; 神田 元紀; 篠原 雄太; 佐藤 文; 松本 桂彦; 上田 泰己
日本プロテオーム学会大会要旨集, 2017年

組織透明化法による3次元臓器サンプルの全細胞解析
茂田 大地; 洲﨑 悦生; 上田 泰己
比較内分泌学, 2017年

時間生物学の新展開 神経細胞の膜電位制御からみる哺乳類の睡眠時間制御
桑島謙; 桑島謙; 大出晃士; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己
生体の科学, 2016年12月15日

Triple-target CRISPR enabled almost perfect whole-body bi-allelic knockouts at first generation
Kenta Sumiyama; Genshiro Sunagawa; Maki Ukai-Tadenuma; Dimitri Perrin; Hiroki Ueda
GENES & GENETIC SYSTEMS, 2016年12月

神経細胞の膜電位制御からみる哺乳類の睡眠時間制御 (特集 時間生物学の新展開)
桑島 謙; 大出 晃士; 上田 泰己
生体の科学, 2016年11月

トリプルCRISPR法を用いた高効率な遺伝子ノックアウトマウス作出体制の実現
大野怜一朗; 史蕭逸; 戸根大輔; 大出晃士; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
日本実験動物技術者協会総会講演要旨集, 2016年09月29日

再構成型無細胞タンパク質合成システムを利用した新規タンパク質定量法「MS‐QBiC」による体内時刻の測定
清水義宏; 鳴海良平; 上田泰己
日本生物工学会大会講演要旨集, 2016年08月25日

トリプルCRISPR法による第一世代での両アリル完全ノックアウトマウス作製
隅山健太; 砂川玄志郎; 鵜飼(蓼沼)磨貴; PERRIN Dimitri; 上田泰己
日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 2016年08月22日

組織透明化による1細胞レベルの三次元イメージング
小野宏晃; 洲崎悦生; 上田泰己
整形・災害外科, 2016年08月01日

新しい医療技術 組織透明化による1細胞レベルの三次元イメージング
小野 宏晃; 洲崎 悦生; 上田 泰己
整形・災害外科, 2016年08月

一細胞遺伝子解析 三次元組織における網羅的な一細胞解析のためのオミクス的アプローチ
茂田大地; 金子みずほ; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
医学のあゆみ, 2016年07月23日

三次元組織における網羅的な一細胞解析のためのオミクス的アプローチ (AYUMI 一細胞遺伝子解析)
茂田 大地; 金子 みずほ; 洲﨑 悦生; 上田 泰己
医学のあゆみ, 2016年07月23日

概日時計と睡眠をコントロールする遺伝子ネットワーク
史蕭逸; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己
アニムス, 2016年07月01日

Novel post-translational regulations of SK channel revealed by high-throughput and high-resolution ion channel profiling
Daisuke Tone; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
INTERNATIONAL JOURNAL OF NEUROPSYCHOPHARMACOLOGY, 2016年06月

The role of Ca2+-dependent hyperpolarization pathway underlying sleep homeostasis
Shoi Shi; Koji L. Ode; Hiroki R. Ueda
INTERNATIONAL JOURNAL OF NEUROPSYCHOPHARMACOLOGY, 2016年06月

全身・全脳透明化の先に見えてくるもの~個体レベルのシステムバイオロジーの実現に向けて~
上田泰己; 上田泰己
Journal of Toxicological Sciences, 2016年06月

生体透明化イメージングの現状と展望
勝俣敬寛; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己
月刊内分泌・糖尿病・代謝内科, 2016年05月28日

全身・全脳透明化の先に見えてくるもの~生命の『時間』の謎の解明に向けて~
上田泰己; 上田泰己
遺伝子・デリバリー研究会シンポジウム要旨集, 2016年05月16日

生体透明化イメージングの現状と展望
勝俣 敬寛; 洲﨑 悦生; 上田 泰己
内分泌・糖尿病・代謝内科 = Endocrinology, diabetology & metabolism, 2016年05月

全身・全脳透明化の先に見えるもの―体内の「時間」の理解に向けて―
上田泰己; 上田泰己
日本耳鼻咽喉科学会会報, 2016年04月20日

左室補助人工心臓装着前後の心筋蛋白の質量解析
新谷裕加子; 大出晃士; 木下修; 阿部浩幸; 小野稔; 上田泰己; 深山正久
日本病理学会会誌, 2016年04月12日

膵内副交感神経節と膵島の組織学的関係　　　　　　　　　　　　　　　
高橋 啓範; 今井 淳太; 井泉 知仁; 山本 淳平; 川名 洋平; 遠藤 彰; 菅原 裕人; 洲崎 悦生; 畠山 裕康; 澤田 正二郎; 山田 哲也; 上田 泰己; 神崎 展; 片桐 秀樹
糖尿病, 2016年04月

全身・全脳透明化の先に見えてくるもの
上田泰己; 上田泰己
日本呼吸器学会誌, 2016年03月10日

酵素活性を制御する機能性ペプチドの獲得方法
原田頌子; 原田頌子; 松本桂彦; 上田泰己
日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2016年03月10日

酵素活性を制御する機能性ペプチドの獲得方法
原田頌子; 原田頌子; 松本桂彦; 上田泰己
日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2016年03月10日

Pharmacological analysis of sleep consolidation mechanisms in mammals
Qianhui Zhang; Hiroko Yukinaga; Dimitri Perrin; Kazuki Tainaka; Hiroki R. Ueda
JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2016年03月

個体レベルのシステム生物学
張千惠; 洲崎悦生; 上田泰己
臨床整形外科, 2016年02月25日

最新基礎科学 知っておきたい 個体レベルのシステム生物学
張 千惠; 洲﨑 悦生; 上田 泰己
臨床整形外科, 2016年02月

Whole-body and Whole-Organ Clearing and Imaging Techniques with Single-Cell Resolution: Toward Organism-Level Systems Biology in Mammals
Etsuo A. Susaki; Hiroki R. Ueda
CELL CHEMICAL BIOLOGY, 2016年01月

トリプルCRISPR法による第一世代での両アリル完全ノックアウトマウス作製
隅山健太; 砂川玄志郎; 鵜飼(蓼沼)磨貴; DIMITRI Perrin; DIMITRI Perrin; 上田泰己
日本細胞生物学会大会(Web), 2016年

1細胞レベルでの観察を実現!マウスを丸ごと透明化
上田泰己; 上田泰己
JST成果集, 2016年

哺乳類概日時計周期長を制御する生化学的基盤
大出晃士; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己
日本抗加齢医学会総会プログラム・抄録集, 2016年

全身透明化技術による1細胞解像度での全身解析の実現
上田泰己
千里ライフサイエンスセミナー講演要旨集, 2016年

個体レベルのシステム生物学に向けて~全脳・全身透明化による全細胞解析の実現~
上田泰己; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年

副交感神経系成立機構の理解に向けた特異抗体作成と神経ネットワークの可視化
渡邉忠由; 清元貴大; 田所竜介; 洲崎悦生; 洲崎悦生; 上田泰己; 上田泰己; 高瀬悠太; 高橋淑子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年

膵内副交感神経節と膵島の組織学的関係
高橋啓範; 今井淳太; 井泉知仁; 山本淳平; 川名洋平; 遠藤彰; 菅原裕人; 洲崎悦生; 畠山裕康; 澤田正二郎; 山田哲也; 上田泰己; 神崎展; 片桐秀樹
糖尿病(Web), 2016年

細胞機能の構成的な理解と制御―平成28年度終了研究課題―
上田泰己
戦略的創造研究推進事業におけるさきがけ採択研究課題別事後評価について(Web), 2016年

体内の「時間」の理解に向けて―全身透明化の先に見えるもの―
上田泰己; 上田泰己
日本がん看護学会誌, 2016年01月

全身・全脳透明化の先に見えてくるもの～個体レベルのシステムバイオロジーの実現に向けて～
上田 泰己
日本毒性学会学術年会, 2016年

対談 時計・睡眠遺伝子研究の最新の進歩 (特集 時間医学 : 最新の話題)
上田 泰己; 岡村 均
アニムス = Animus : 最新医療情報誌, 2016年

概日時計と睡眠をコントロールする遺伝子ネットワーク (特集 時間医学 : 最新の話題)
史 蕭逸; 大出 晃士; 上田 泰己
アニムス = Animus : 最新医療情報誌, 2016年

タンパク質可視化・制御の新技術 細胞局所から個体まで CUBIC 化学混合液を用いた単一細胞レベルでの全器官と全組織のイメージング法(CUBIC: whole-organ, whole-body imaging with single-cell resolution using chemical cocktails)　　　　　　　　　　　　　　　
田井中 一貴; 洲崎 悦生; 久保田 晋平; 上田 泰己
日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2015年12月

全身・全脳透明化の先に見えるもの―個体レベルの「時間」の理解に向けて―
上田泰己; 上田泰己
Anti-Aging Science, 2015年11月20日

全身・全脳透明化の先に見えるもの―生命の「時間」の理解に向けて―
上田泰己; 上田泰己
バイオイメージング, 2015年09月15日

マウスを丸ごと透明化 1細胞解像度で観察し,個体レベルの生命現象の解明を目指す
上田泰己
広報誌RIKEN, 2015年07月

全身・全脳透明化の先に見えるもの―個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―
上田泰己; 上田泰己
日本動脈硬化学会総会・学術集会プログラム・抄録集(Web), 2015年06月25日

オートファゴソーム初期構造体の解析
西村多喜; 田村律人; 大出晃士; 上田泰己; 水島昇
日本細胞生物学会大会要旨集, 2015年06月05日

脳の見える化―構造編 細胞を見る 脳の透明化と構造情報処理
史蕭逸; 洲崎悦生; 上田泰己
Clinical Neuroscience, 2015年06月01日

全身・全脳透明化の先に見えるもの―個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―
上田泰己; 上田泰己
心身医学, 2015年06月01日

1細胞解像度 全身・組織丸ごとイメージング
上田泰己; 田井中一貴
JSI Newsletter, 2015年04月10日

個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―体内の「時間」を理解する―
上田泰己
日本内分泌学会雑誌, 2015年04月01日

次世代生物学の扉を開く1細胞解析法 1細胞解像度個体全身三次元イメージング
久保田晋平; 田井中一貴; 上田泰己
細胞工学, 2015年02月22日

CUBICを用いた全身三次元病理解析
須山孟; 田井中一貴; 上田泰己
心臓, 2015年02月15日

個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―体内の「時間」を理解する―
上田泰己
血管, 2015年01月31日

脳を透明にする
岸野文昭; 洲崎悦生; 上田泰己
生物物理, 2015年

外部光環境の内部表現機構としての概日時計システム
上田泰己; 上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2015年

哺乳類概日時計の翻訳後の新たな側面:質量分析を用いたCRY1分析とその先
大出晃士; 大出晃士; 上田泰己; 上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2015年

「細胞機能の構成的な理解と制御」研究領域 領域活動・評価報告書―平成27年度終了研究課題―
上田泰己
戦略的創造研究推進事業におけるさきがけ採択研究課題別事後評価について(Web), 2015年

マウス全脳・全身を透明化し1細胞解像度で観察する新技術を開発:アミノアルコールを含む化合物カクテルと高速イメージング・画像解析を組み合わせた「CUBIC」技術を実現
久野 朗広; 洲崎 悦生; 田井中 一貴; 上田 泰己
化学と生物, 2015年

脳を透明にする
岸野 文昭; 洲崎 悦生; 上田 泰己
生物物理, 2015年

CUBICを用いた全身三次元病理解析
須山 孟; 田井中 一貴; 上田 泰己
心臓, 2015年

マウス全脳・全身を透明化し1細胞解像度で観察する新技術を開発:アミノアルコールを含む化合物カクテルと高速イメージング・画像解析を組み合わせた「CUBIC」技術を実現
久野 朗広; 洲崎 悦生; 田井中 一貴; 上田 泰己
化学と生物, 2015年

全身透明化が解き明かす体内の「時間」の謎 (読売テクノ・フォーラム : ゴールド・メダル賞創設20周年記念講演会 生命科学の最前線「科学の力で 世界を元気に」)
上田 泰己
読売クオータリー, 2015年

1細胞解像度個体全身三次元イメージング (特集 次世代生物学の扉を開く 1細胞解析法)
久保田 晋平; 田井中 一貴; 上田 泰己
細胞工学, 2015年

酸素プラズマパターニングを利用したシンプルなPDMSバルブの開発
森口裕之; 川井隆之; 神田元紀; 山田陸裕; 上田泰己; 田中陽
化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会講演要旨集, 2014年10月02日

脳を透明化して観察するCUBIC法 透明化溶剤と画像解析による新技術
田井中一貴; 洲崎悦生; 上田泰己
化学, 2014年10月01日

脳を透明化して観察するCUBIC法 : 透明化溶剤と画像解析による新技術
田井中 一貴; 洲崎 悦生; 上田 泰己
化学 = Chemistry, 2014年10月

個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―体内の「時間」を理解する―
上田泰己
日本整形外科学会雑誌, 2014年08月29日

哺乳類概日時計の階層的制御
大出 晃士; 上田 泰己
Brain and nerve : 神経研究の進歩, 2014年06月

編集長インタビュー 上田泰己 医師/東京大学大学院医学系研究科 教授/理化学研究所生命システム研究センター グループディレクター 体内時計から生命の神秘に迫る
上田 泰己; 本多 昭彦
メディカル朝日, 2014年06月

細胞の少数性と多様性に挑む―シングルセルアナリシス B.次世代シーケンサーを用いた細胞多様性の解明 生体リズム・発生現象における1細胞シーケンスを用いた細胞多様性の解明
山田陸裕; 洲崎悦生; 上田泰己
生体の科学, 2014年04月15日

生体リズム・発生現象における1細胞シーケンスを用いた細胞多様性の解明 (特集 細胞の少数性と多様性に挑む : シングルセルアナリシス) -- (次世代シーケンサーを用いた細胞多様性の解明)
山田 陸裕; 洲﨑 悦生; 上田 泰己
生体の科学, 2014年03月

時計遺伝子研究とその展望
神田元紀; 山田陸裕; 上田泰己
月刊内分泌・糖尿病・代謝内科, 2014年02月28日

哺乳類概日時計を駆動する2つの発振原理
上田泰己
ブレインサイエンス・レビュー, 2014年02月28日

時計遺伝子研究とその展望
神田 元紀; 山田 陸裕; 上田 泰己
内分泌・糖尿病・代謝内科, 2014年02月

生体組織透明化・脱色化試薬による一細胞解像度個体丸ごとイメージング技術の開発 2
久保田晋平; 田井中一貴; 上田泰己
日本薬理学会関東部会プログラム・要旨集, 2014年

生体組織透明化・脱色化試薬による一細胞解像度個体丸ごとイメージング技術の開発 1
田井中一貴; 久保田晋平; 上田泰己
日本薬理学会関東部会プログラム・要旨集, 2014年

全脳全細胞を観察対象とする新規技術CUBIC
洲崎悦生; 田井中一貴; PERRIN Dimitri; 上田泰己
日本薬理学会関東部会プログラム・要旨集, 2014年

個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―体内の「時間」を理解する―
上田泰己
日本生化学会大会(Web), 2014年

時計遺伝子Per1とPer2の協調性の解析
田宮寛之; 山田陸裕; 鵜飼英樹; 小川純人; 秋下雅弘; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014年

「細胞機能の構成的な理解と制御」研究領域領域活動・評価報告書―平成26年度終了研究課題―
上田泰己
戦略的創造研究推進事業におけるさきがけ採択研究課題別事後評価について(Web), 2014年

微量タンパク質の絶対定量技術の構築と応用
上田 泰己
日本臨床プロテオーム研究会要旨集, 2014年

哺乳類視交叉上核に対する時間シグナル
山田陸裕; 升本宏平; 上田泰己
時間生物学, 2013年10月30日

体内時刻測定法について
上田泰己
時間生物学, 2013年10月30日

可逆的複数リン酸化が生み出す空間パターン
須貝秀平; 大出晃士; 上田泰己
時間生物学, 2013年10月30日

【ゲノム医学・生命科学研究 総集編 ポストゲノムの10年は何をもたらしたか】(第1章)次世代ゲノムテクノロジーの登場とその未来 1細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開
笹川 洋平; 二階堂 愛; 上田 泰己
実験医学, 2013年09月

体内時計と老化関連代謝疾患
佐野俊春; 田宮寛之; 田宮寛之; 上田泰己
月刊内分泌・糖尿病・代謝内科, 2013年08月28日

体内時計と老化関連代謝疾患
佐野 俊春; 田宮 寛之; 上田 泰己
内分泌・糖尿病・代謝内科, 2013年08月

(プレスリリース) 細胞1個の遺伝子発現を網羅的に定量化する「Quartz-Seq法」を開発 －細胞集団に潜む細胞のゆらぎの解明へ－
笹川 洋平; 上田 泰己
2013年07月

睡眠基礎研究の萌芽的シンポジウム ヒト血液代謝産物を用いた2時点の血液サンプルによる体内時刻測定法　　　　　　　　　　　　　　　
粕川 雄也; 杉本 昌弘; 肥田 昌子; 南 陽一; 森 雅代; 本間 さと; 本間 研一; 三島 和夫; 曽我 朋義; 上田 泰己
日本睡眠学会定期学術集会プログラム・抄録集, 2013年06月

哺乳類概日時計のシステム生物学・合成生物学
上田泰己
日本細胞生物学会大会要旨集, 2013年05月15日

「人間とは何か」から時計遺伝子の研究へ 体内時計の達人 上田泰己 理化学研究所プロジェクトリーダーVS.ビートたけし 達人対談
上田 泰己; ビートたけし
新潮45, 2013年04月

哺乳類概日時計の合成生物学的アプローチによる分子機構の理解とその応用
篠原雄太; 大出晃士; 中嶋正人; 小山洋平; 鵜飼英樹; 松本桂彦; 上田泰己
日本化学会講演予稿集, 2013年03月08日

可逆的複数リン酸化から生じる自律的時空間パターン
大出晃士; 須貝秀平; JOLLEY Craig; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

全組織スキャンニングによるシステミックな3次元遺伝子発現プロファイリング
洲崎悦生; 田井中一貴; 渡邉朋信; 清成寛; 阿部高也; 宮脇敦史; 今井猛; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

LEADING EDGE 科学の最前線から 情報科学を武器に｢体内時計｣のしくみを次々解明 : 史上最年少で抜てきされた,若きプロジェクトリーダーに聞く
上田 泰己
Newton, 2012年11月

interview この人に聞く システム生物学・合成生物学の若きエース 上田泰己博士 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター システムバイオロジー研究プロジェクト プロジェクトリーダー
上田 泰己
現代化学, 2012年10月

体内リズムと循環器病 1 時計遺伝子とは―体内時計を診る・そのメカニズムを知る―
田宮寛之; 鵜飼英樹; 上田泰己
Heart View, 2012年08月09日

精神科領域の用語解説 季節性とthyrotrophin
辻野薫里; 升本宏平; 洲崎悦生; 上田泰己
分子精神医学, 2012年07月10日

哺乳類概日時計の基本的性質を決定するタンパク質分子の同定とその分子特性の解析
中嶋正人; 小山洋平; 上田泰己
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2012年05月31日

「時間」の生命科学
上田泰己
日本内分泌学会雑誌, 2012年04月01日

人間の体内に流れる「時間」を理解したい 上田泰己 生命科学者(36) (創刊90周年特別企画 21世紀の神々(第2回))
上田 泰己
週刊朝日, 2012年02月24日

体内の時間について―体内時計と体内カレンダー―
上田泰己
理学療法学, 2012年

科学技術・研究開発の国際比較 2012年版
油谷浩幸; 有田正規; 伊藤武彦; 上田泰己; 小田吉哉; 黒川顕; 黒田真也; 白髭克彦; 菅裕明; 菅野純夫; 曽我朋義; 角田達彦; 永井健治; 中村幸夫; 西村善文; 平岡泰; 藤谷秀章; 吉田稔; 辻省次; 入來篤史; 磯村宣和; 伊藤啓; 井上治久; 糸川昌成; 岩坪威; 梅田聡; 漆谷真; 大隅典子; 岡野栄之; 岡村康司; 尾崎紀夫; 笠井清登; 加藤忠史; 兼子直; 金生由紀子; 上口裕之; 河野憲二; 神作憲司; 北澤茂; 窪田芳之
ライフサイエンス分野 科学技術・研究開発の国際比較 2012年版, 2012年

ヒト血液代謝産物を用いた分子時刻表法による簡便なヒト体内時計の同定方法
粕川雄也; 杉本昌弘; 肥田昌子; 南陽一; 森雅代; 本間さと; 本間研一; 三島和夫; 曽我朋義; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

データベースと機械学習を利用した新しい1細胞RNA‐seq法とそのデータ解析の開発
二階堂愛; 笹川洋平; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

Quartz‐Seq:簡便で定量性の高い1細胞RNA‐Seq
笹川洋平; 二階堂愛; 林哲太郎; 團野宏樹; 宇野健一郎; 上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

K-069 体内の時間について : 体内時計と体内力レンダー(先端科学と理学療法,特別講演IV,プロフェッション!新たなるステージへ,第47回日本理学療法学術大会)
上田 泰己
理学療法学Supplement, 2012年

1SA-06 哺乳類概日時計のシステム生物学・合成生物学(1SA 1分子生物学と生化学の狭間に潜むナノシステム動作力学の理解を目指して,新学術領域研究「少数性生物学-個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求-」共催,シンポジウム,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
上田 泰己
生物物理, 2012年

概日時計におけるタンパク質リン酸化反応の意義
中嶋正人; 小山洋平; 田井中一貴; 上田泰己
時間生物学, 2011年11月30日

哺乳類光周性におけるTSHβリアルタイムモニタリング系の構築
辻野薫里; 升本宏平; 洲崎悦生; 和田淳; 上田泰己
時間生物学, 2011年11月30日

生物リズムの発振機構:生命の時間をデザインする 哺乳類概日時計の設計原理 発現時刻制御,遅れ,温度補償性の分子機構
中嶋正人; 鵜飼(蓼沼)磨貴; 上田泰己
細胞工学, 2011年11月22日

睡眠研究Up To Date 睡眠と概日時計
砂川玄志郎; 上田泰己
ねむりと医療, 2011年10月10日

睡眠と概日時計 (特集 睡眠研究 Up To Date)
砂川 玄志郎; 上田 泰己
ねむりと医療, 2011年10月

時間の生命科学―体内時計と体内カレンダー
上田泰己
日本歯科麻酔学会雑誌, 2011年09月15日

サイエンス・インタビュー 科学のいま、そして未来 体内時計の解明がつなぐ、細胞内の活動と個体の生命現象
上田 泰己
ミルシル, 2011年07月

「時間」の生命科学―体内時計と体内カレンダー―
上田泰己
糖尿病, 2011年04月25日

インタビュー 上田泰己 「体内時計」を解明する科学界のプリンス
上田 泰己; 森 健
コトバ, 2011年03月

Species-specific pseudogene insertions generate cis-acting RNA for promoter demethylation in the macaque.　　　　　　　　　　　　　　　
Uesaka M; Nishimura O; Uno K; Ueda HR; Oishi T; Imai H; Agata K; Imamura T
第34回日本分子生物学会年会 (2011/12/16, 横浜)．, 2011年, ［査読有り］

ライフサイエンス分野 科学技術・研究開発の国際比較 2011年版
油谷浩幸; 有田正規; 伊藤武彦; 上田泰己; 小田吉哉; 黒川顕; 黒田真也; 白髭克彦; 菅裕明; 菅野純夫; 曽我朋義; 角田達彦; 永井健治; 中村幸夫; 西村善文; 平岡泰; 藤谷秀章; 吉田稔; 辻省次; 入來篤史; 磯村宣和; 伊藤啓; 井上治久; 糸川昌成; 岩坪威; 梅田聡; 漆谷真; 大隅典子; 岡野栄之; 岡村康司; 尾崎紀夫; 笠井清登; 加藤忠史; 兼子直; 加野真一; 上口裕之; 河野憲二; 神作憲司; 北澤茂; 窪田芳之
科学技術・研究開発の国際比較 2011年版 ライフサイエンス分野, 2011年

生物学的「時間」の理解を目指す構成的アプローチ
上田泰己
生化学, 2011年

哺乳類概日時計の頑健性・適応性をもたらす分子機構
鵜飼英樹; 中嶋正人; 礒島康史; 上田泰己
生化学, 2011年

システムバイオロジー最前線:—体内時計の起源を探る—
上田 泰己; 小谷 潔
精密工学会誌, 2011年

特集 「鼎談」基軸を探る 科学・技術立国、日本の針路
森下 竜一; 坂村 健; 上田 泰己
躍, 2011年

秘伝公開 現役PIが語る! 効率的なラボ運営法(第5回)オーサーシップについて考える
水島 昇; 上田 泰己; 上村 匡
細胞工学, 2011年

哺乳類概日時計の設計原理 : 発現時刻制御,遅れ,温度補償性の分子機構 (特集 生物リズムの発振機構 : 生命の時間をデザインする)
中嶋 正人; 鵜飼-蓼沼 磨貴; 上田 泰己
細胞工学, 2011年

体内時計リズム制御に向けた創薬標的の探索
鵜飼英樹; 礒島康史; 中嶋正人; 上田泰己
時間生物学, 2010年10月31日

哺乳類概日時計における温度補償性の解析と制御
中嶋正人; 小山洋平; 鵜飼英樹; 上田泰己
時間生物学, 2010年10月31日

体内の時間を測り・操る
上田泰己
時間生物学, 2010年10月31日

概日時計システムの蛋白質科学
中嶋正人; 小山洋平; 上田泰己
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2010年05月15日

座談会 時代の担い手「若手」が創るこれからの科学技術、日本、そして未来 (特集 未来を創造する科学技術の新展開--持続可能な地球と人類の繁栄に向けた科学技術イノベーション政策)
上田 泰己; 榛葉 信久; 菅 裕明
文部科学時報, 2010年03月

Measurement of body time by using metabolomics
Takeya Kasukawa; Yoichi Minami; Hiroki R. Ueda
NEUROSCIENCE RESEARCH, 2010年

哺乳類概日時計のシステム生物学
上田 泰己
日本薬物動態学会年会講演要旨集, 2010年

体内の時間を構成的に理解する
上田泰己
生化学, 2010年

『生物の再生・形・時計』 体内の時間について
上田泰己
Program and Abstract Book. Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 2010年

メタボロミクス―網羅的代謝物質解析の医学・医療へのあらたな応用 メタボロミクスによる体内時刻の測定法
南陽一; 上田泰己
医学のあゆみ, 2009年12月26日

メタボロミクスによる体内時刻の測定法 (AYUMI メタボロミクス--網羅的代謝物質解析の医学・医療へのあらたな応用)
南 陽一; 上田 泰己
医学のあゆみ, 2009年12月26日

生命システムの階層間をまたぐイメージング技術 哺乳類概日時計の転写ネットワークの物理的シミュレーション
鵜飼(蓼沼)磨貴; 粕川雄也; 上田泰己
蛋白質 核酸 酵素, 2009年12月01日

時間と病気 生体時計から時間医学へ 03 メタボローム解析による体内時刻の診断
南陽一; 粕川雄也; 上田泰己
メディカルバイオ, 2009年11月01日

メタボローム解析による体内時刻の診断 (特集 時間と病気--生体時計から時間医学へ)
南 陽一; 粕川 雄也; 上田 泰己
メディカルバイオ, 2009年11月

光と体内時計
上田泰己
太陽紫外線防御研究委員会学術報告, 2009年10月08日

メタボロームによる哺乳類の体内時間の測定
南陽一; 粕川雄也; 上田泰己
生化学, 2009年09月25日

マウス・サル脳における種特異的promoter‐associated noncoding RNAの同定
上坂将弘; 上田泰己; 宇野健一郎; 阿形清和; 今村拓也
Journal of Reproduction and Development, 2009年08月25日

ドライ・ウエット融合型ラボの今―システムバイオロジーにおけるウエット・ドライ融合型研究―
鵜飼英樹; 上田泰己
Bio Clinica, 2009年08月10日

データを正確に解釈するための6つのポイント No.5 大規模データの解析における問題点 DNAマイクロアレイによる遺伝子発現量の測定を例として
山田陸裕; 上田泰己
蛋白質 核酸 酵素, 2009年08月01日

正しい知識が捏造を防ぐ データを正確に解釈するための6つのポイント(No.5)大規模データの解析における問題点--DNAマイクロアレイによる遺伝子発現量の測定を例として[含 Q&A]
山田 陸裕; 上田 泰己
蛋白質核酸酵素, 2009年08月

CWO negatively regulates circadian transcription with bHLH-ORANGE family genes
Taichi Q. Itoh; Kuniaki Takahashi; Maki Ukai-Tadenuma; Hiroki R. Ueda; Ryu Ueda; Teiichi Tanimura; Akira Matsumoto
JOURNAL OF NEUROGENETICS, 2009年

SYSTEMS BIOLOGY OF MAMMALIAN CIRCADIAN CLOCKS
Hiroki R. Ueda
JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES, 2009年

NEW APPROACH FOR BODY-TIME DETECTION WITH MASS-SPECTROMETRY
Yoichi Minami; Takeya Kasukawa; Yuji Kakazu; Satsuki Ikeda; Sachie Satoh; Masayuki Iigo; Tomoyoshi Soga; Hiroki R. Ueda
JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES, 2009年

ライフサイエンス分野 科学技術・研究開発の国際比較 2009年版
菅野純夫; 井ノ上逸朗; 上田泰己; 長田裕之; 小田吉哉; 加藤和人; 黒田真也; 曽我朋義; 服部正平; 武藤香織; 三品昌美; 安藤寿康; 池中一裕; 伊佐正; 磯村宣和; 糸川昌成; 入來篤史; 岩坪威; 臼井支朗; 岡野栄之; 尾崎紀夫; 笠井清登; 狩野方伸; 神谷之康; 北澤茂; 佐倉統; 桜井武; 佐藤浩; 程肇; 銅谷賢治; 鍋倉淳一; 尾藤晴彦; 南部篤; 深谷親; 藤井直敬; 宮川剛; 桃井眞理子; 石田功
ライフサイエンス分野 科学技術・研究開発の国際比較 2009年版, 2009年

光と体内時計
上田泰己
太陽紫外線防御研究委員会シンポジウム講演要旨集, 2009年

メタボローム解析に基づく体内時刻診断法の開発
南陽一; 粕川雄也; 嘉数勇二; 飯郷雅之; 杉本正弘; 池田五月; 曽我朋義; 上田泰己
Program & Abstracts. 6th Congress of Asian Sleep Research Society, 34th Annual Meeting of Japanese Society of Sleep Research, 16th Annual Meeting of Japanese Society for Chronobiology Joint Congress 2009, 2009年

哺乳類概日時計のシステム生物学
上田泰己
Program & Abstracts. 6th Congress of Asian Sleep Research Society, 34th Annual Meeting of Japanese Society of Sleep Research, 16th Annual Meeting of Japanese Society for Chronobiology Joint Congress 2009, 2009年

マウス・サル脳における種特異的promoter-associated noncoding RNAの同定
上坂 将弘; 上田 泰己; 宇野 健一郎; 阿形 清和; 今村 拓也
日本繁殖生物学会 講演要旨集, 2009年

微小管がつかさどる細胞ダイナミクス 平面上において全組織非対称性をどのようにして細胞極性へと関連させるのか(How to connect global tissue asymmetry to cell polarity on the plane)　　　　　　　　　　　　　　　
上村 匡; 春本 敏之; 島田 裕子; 上田 泰己; 小林 徹也
日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2008年11月

bHLH‐ORANGEファミリー遺伝子による時計遺伝子の発現調節
伊藤太一; 高橋邦明; 鵜飼(蓼沼)磨貴; 上田泰己; 上田龍; 谷村禎一; 松本顕
時間生物学, 2008年10月20日

CKIεによるPERIOD2リン酸化反応の温度依存性
中嶋正人; 礒島康史; 石田真弓; 鵜飼(蓼沼)磨貴; 鵜飼英樹; 高尾敏文; 高野敦子; 永井克也; 上田泰己
時間生物学, 2008年10月20日

3.発生・分化・老化・再生医学 細胞集団としての概日時計
鵜飼英樹; 小林徹也; 上田泰己
生体の科学, 2008年10月15日

睡眠障害―update―体内時計とリズム障害および気分障害
南陽一; 上田泰己
隔月刊心療内科, 2008年09月28日

なぜ真夜中の光は体内時計を停止させるのか?
鵜飼 英樹; 小林 徹也; 上田 泰己
バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry, 2008年09月01日

なぜ真夜中の光は体内時計を停止させるのか?
鵜飼英樹; 小林徹也; 上田泰己
バイオサイエンスとインダストリー, 2008年09月01日

体内時計のシンギュラリティ現象の解明
上田泰己
時間生物学, 2008年05月31日

ゆらぐ概日リズム時計のSingularityと光環境適応機構
小林徹也; 鵜飼英樹; 上田泰己
システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集(CD-ROM), 2008年05月16日

脊椎動物の季節繁殖のシステム生物学
小野ひろ子; 中尾暢宏; 山村崇; 安楽翼; 東久美子; 安尾しのぶ; 加藤泰弘; 影山三朗; 宇野有美子; 粕川雄也; 飯郷雅之; SHARP Peter; 岩澤淳; 鈴木穣; 菅野純夫; 新美輝幸; 水谷誠; 並河鷹夫; 海老原史樹文; 上田泰己; 吉村崇
日本畜産学会大会講演要旨, 2008年03月27日

体内時計のシステム制御にむけた体内時刻診断法の開発
南陽一; 粕川雄也; 上田泰己
日本農芸化学会大会講演要旨集, 2008年03月05日

新春特別企画 アマデウスたち SPECIAL 中島岳志×長塚圭史×上田泰己 「ロストジェネレーション」を語る
中島 岳志; 長塚 圭史; 上田 泰己
週刊ダイヤモンド, 2008年01月12日

A functional genomics strategy reveals clockwork orange as a transcriptional regulator in the Drosophila circadian clock
Yamada, Rikuhiro; Matsumoto, Akira; Ukai, Maki T.; Houl, Jerry; Uno, Kenichiro; Kasukawa, Takeya; Dauwalder, Brigitte; Itoh, Taichi; Hardin, Paul; Tanimura, Teiichi; Ueda, Hiroki
NEUROSCIENCE RESEARCH, 2008年

メタボロミクスで体内の時間を測定する
上田泰己
生化学, 2008年

体内時計―私の時間と社会の時間―
上田泰己
日本臨床分子形態学会総会ならびに学術講演会講演プログラム・予稿集, 2008年

bHLH‐ORANGEファミリー遺伝子による時計遺伝子の発現調節
伊藤太一; 高橋邦明; 鵜飼(蓼沼)麿貴; 上田泰己; 上田龍; 谷村禎一; 松本顕
生化学, 2008年

哺乳類概日時計の周期決定因子の探索
礒島康史; 鵜飼英樹; 藤島博史; 山田陸裕; 中嶋正人; 升本宏平; 木内玲子; 南陽一; 木藤良沢; 小島俊男; 榊佳之; 上田泰己
日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2008年

キャピラリー電気泳動システムを応用した血液メタボローム解析による体内時刻診断法の開発
南 陽一; 粕川 雄也; 池田 五月; 佐藤 幸恵; 嘉数 勇二; 飯郷 雅之; 曽我 朋義; 上田 泰己
日本生理学会大会発表要旨集, 2008年

ゆらぐ概日リズム時計のSingularityと光環境適応機構
小林 徹也; 鵜飼 英樹; 上田 泰己
システム制御情報学会 研究発表講演会講演論文集, 2008年

1S3-6 生物発光で紐解く哺乳類の概日時計の分子・細胞ネットワーク(1S3 生物発光の基盤研究と応用展開-エネルギー変換機構の解明と発光イメージング技術開発,第46回日本生物物理学会年会)
上田 泰己
生物物理, 2008年

哺乳類体内時計のシステム生物学
上田 泰己
日本生理学会大会発表要旨集, 2008年

ショウジョウバエの新規時計遺伝子clockwork orangeの発見
松本顕; 鵜飼(蓼沼)磨貴; 山田陸裕; 上田泰己
細胞工学, 2007年10月22日

生命現象の原理に迫るシステムズバイオロジー 生命システム解析のツールとしての機能ゲノミクス
鵜飼英樹; 山田陸裕; 小林徹也; 上田泰己
実験医学, 2007年07月01日

茂木健一郎と愉しむ科学のクオリア(14)体内時計にみるシステム生物学
茂木 健一郎; 上田 泰己
日経サイエンス, 2007年07月

生命現象にみられるゆらぎ・振動・波 多細胞時計の脱同期化は哺乳類の概日時計の集団レベルの単独行動の基礎である(Desynchronization of multi-cellular clocks underlies the population-level singularity behavior of mammalian circadian clock)　　　　　　　　　　　　　　　
鵜飼 英樹; 小林 徹也; 上田 泰己
日本発生生物学会・日本細胞生物学会合同大会要旨集, 2007年05月

ネットワーク科学最前線 世界の“つながり”を知る科学と思考 第7回 遺伝子発現ダイナミクスの統計則
小林徹也; 粕川雄也; 上田泰己
数理科学, 2007年04月01日

ネットワーク科学最前線--世界の"つながり"を知る科学と思考(7)遺伝子発現ダイナミクスの統計則
小林 徹也; 粕川 雄也; 上田 泰己
数理科学, 2007年04月

ウズラの季節繁殖を制御する遺伝子の同定
小野ひろ子; 中尾暢宏; 安楽翼; 山村崇; 安尾しのぶ; 高木健; 加藤泰弘; 影山三朗; 東久美子; 粕川雄也; 上田泰己; 海老原史樹文; 吉村崇
日本畜産学会大会講演要旨, 2007年03月27日

臨界光パルスによる哺乳類の概日振動の消失:哺乳類の概日クロック背後のメカニズム(原標題は英語)
小林徹也; 鵜飼英樹; 上田泰己
物性研究, 2007年01月20日

哺乳類体内時計の解析と生成
上田泰己
物性研究, 2007年01月20日

Properties of mammalian neural progenitor cells as revealed by genome-wide single cell gene expression profiles
Ayano Kawaguchi; Tomoko Ikawa; Takeya Kasukawa; Hiroki Ueda; Kazuki Kurimoto; Mitinori Saitou; Fumio Matsuzaki
NEUROSCIENCE RESEARCH, 2007年

再構成による哺乳類概日時計の転写ネットワークの理解
鵜飼(蓼沼)磨貴; 粕川雄也; 上田泰己
生化学, 2007年

脊椎動物の光周性の機能ゲノム的解析II:光周性制御遺伝子の機能解析
小野ひろ子; 中尾暢宏; 山村崇; 安楽翼; 粕川雄也; 飯郷雅之; 岩澤淳; 鈴木穣; 菅野純夫; 海老原史樹文; 上田泰己; 吉村崇
生化学, 2007年

生体分子機能のデザインと制御を目指した摂動効果の解析手法の開発
小山洋平; 小林徹也; 友田修司; 上田泰己
高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第6回連携研究会 理研シンポジウム 平成19年, 2007年

鳥類の光周性分子機構の解明
中尾暢宏; 小野ひろ子; 山村崇; 安楽翼; 東久美子; 安尾しのぶ; 加藤泰弘; 影山三朗; 宇野有美子; 粕川雄也; 飯郷雅之; SHARP Peter J; 岩澤淳; 鈴木穣; 菅野純夫; 新美輝幸; 水谷誠; 並河鷹夫; 海老原史樹文; 上田泰己; 吉村崇
Annual Meeting of Japanese Avian Endocrinology, 2007年

脊椎動物の光周性の機能ゲノム的解析I:ゲノムスケールの発現解析
中尾暢宏; 小野ひろ子; 東久美子; 安尾しのぶ; 加藤泰弘; 影山三朗; 宇野有美子; 粕川雄也; 飯郷雅之; SHARP Peter J; 水谷誠; 並河鷹夫; 海老原史樹文; 上田泰己; 吉村崇
生化学, 2007年

哺乳類体内時計の解析と生成(生命リズムと振動子ネットワーク)
上田 泰己
物性研究, 2007年

Stopping Mammalian Circadian Oscillation by Critical Light Pulse : The mechanism behind the singularity of the mammalian circadian clock :
小林 徹也; 鵜飼 英樹; 上田 泰己
物性研究, 2007年

システム生物医学の理論 概日時計発振機構の分子メカニズムを再考する
中嶋正人; 上田泰己
医学のあゆみ, 2006年12月02日

概日時計発振機構の分子メカニズムを再考する (第1土曜特集 システム生物医学) -- (システム生物医学の理論)
中嶋 正人; 上田 泰己
医学のあゆみ, 2006年12月02日

鳥類の光周性関連遺伝子の発現解析
小野ひろ子; 中尾暢宏; 安楽翼; 山村崇; 安尾しのぶ; 高木健; 加藤泰弘; 影山三朗; 宇野有美子; 東久美子; 粕川雄也; 上田泰己; 海老原史樹文; 吉村崇
時間生物学, 2006年10月31日

DNAマイクロアレーを用いた成長板軟骨における概日リズム遺伝子の解析
本田清昌; 河本健; 山田陸裕; 上田泰己; 中島歩; 上嶋太一; 能城光秀; 藤本勝巳; 小島知子; 橋本誠一; 加藤幸夫
時間生物学, 2006年10月31日

生命システムの解析・制御・設計―哺乳類の体内時計を中心として―」
上田泰己
化学とマイクロ・ナノシステム研究会講演要旨集, 2006年05月16日

ほ乳類体内時計の転写制御ネットワーク解析
上田泰己
薬剤学, 2006年02月24日

時計遺伝子 遺伝子の示す“時”
上田泰己
医学のあゆみ, 2006年01月21日

遺伝子の示す"時" (あゆみ 時計遺伝子)
上田 泰己
医学のあゆみ, 2006年01月21日

哺乳類体内時計の解析と生成
上田泰己
高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第5回連携研究会 理研シンポジウム 平成18年, 2006年

信頼性の高い新規単一細胞マイクロアレイ法の確立
栗本一基; 薮田幸宏; 大日向康秀; 関由行; 宇野健一郎; 山田陸祐; 上田泰己; 斎藤通紀
日本分子生物学会年会講演要旨集, 2005年11月25日

ほ乳類プロモーター/エンハンサーデータベースを用いた遺伝子ネットワーク解析
熊木勇一; 鵜飼(たで沼; 磨貴; 宇野健一郎; 西尾純子; 鵜飼英樹; 山田陸裕; 小森隆; 重吉康史; 上田泰己
日本分子生物学会年会講演要旨集, 2005年11月25日

Dnmt1/Dnmt3a/Dnmt3bトリプルノックアウトES細胞の解析
津村明子; 早川智博; 熊木勇一; 竹林慎一郎; 阪上守人; 松岡智沙; 下遠野邦忠; 石川冬木; LI En; 上田泰己; 中山潤一; 岡野正樹
日本分子生物学会年会講演要旨集, 2005年11月25日

ほ乳類体内時計システムの解析と生成
上田泰己
日本分子生物学会年会講演要旨集, 2005年11月25日

軟骨分化の概日リズム:網羅的解析
本田清昌; 河本健; 山田陸裕; 上田泰己; 能城光秀; 藤本勝巳; 中島歩; 西村正宏; 尾田良; 中村茂夫; 小島知子; 橋本誠一; 加藤幸夫
日本分子生物学会年会講演要旨集, 2005年11月25日

体内時計の転写制御ネットワークの同定
上田泰己; 林聡子; 浦田ひろみ; 片倉冬絵; 小島知子; 橋本誠一
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 2005年11月22日

体内時計の転写制御ネットワークの同定 (第23回 バイオテクノロジー シンポジウム 予稿集) -- (ポスターセッションの部 細胞内ネットワークのダイナミズム解析技術開発)
上田 泰己; 林 聡子; 浦田 ひろみ
バイオテクノロジ-シンポジウム予稿集, 2005年11月22日

DNAチップで体内時計の乱れ測定
上田泰己
Medical Technology, 2005年11月15日

概日時計と細胞周期の相互作用機構の解析に向けた試み
南陽一; 粕川雄也; 宇野健一郎; 上田泰己
時間生物学, 2005年10月30日

体内時計の転写制御システムの同定
上田泰己
細胞工学, 2005年05月22日

X 進化 発生・再生研究における包括的・構成的アプローチ
上田泰己
蛋白質 核酸 酵素, 2005年05月10日

遺伝子発現ネットワークのダイナミクス : Rich-Travel-More
上田 泰己
人工知能学会誌 = Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 2005年05月01日

遺伝子発現ネットワークのダイナミクス : Rich-Travel-More(<特集>ネットワークが創発する知能)
上田 泰己; Hiroki Ueda
人工知能学会誌 = Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 2005年05月01日

遺伝子発現ネットワークのダイナミクス:Rich‐Travel‐More
上田泰己
人工知能学会誌, 2005年05月01日

発生・再生研究における包括的・構成的アプローチ (発生システムのダイナミクス) -- (システムとしての発生)
上田 泰己
蛋白質核酸酵素, 2005年05月

分子時計系の解析2:In Vivoでの解析(肋軟骨成長板)
本田清昌; 河本健; 上田泰己; 能城光秀; 藤本勝巳; 中島歩; 西村正宏; 尾田良; 橋本誠一
組織培養研究, 2005年03月31日

トランスクリプトーム解析と遺伝子機能解析 4.大腸菌からヒトまで保存された遺伝子発現ダイナミクスのシステムバイオロジー
上田泰己
実験医学, 2005年02月15日

幹細胞 4 成長板における遺伝子発現の概日リズム:網羅的解析
本田清昌; 河本健; 上田泰己; 能城光秀; 藤本勝巳; 西村正宏; 尾田良; 中村茂夫; 橋本誠一
日本軟骨代謝学会プログラム・抄録集, 2005年

バイオ研究者のための使えるシステムバイオロジー システムバイオロジーのモデル系としての概日時計研究
上田泰己
バイオテクノロジージャーナル, 2005年01月01日

肺縫縮術と心拍動下冠動脈バイパス術の同時手術の麻酔経験
前田 祥範; 植田 直之; 上田 泰己
麻酔, 2005年01月

システムバイオロジーのモデル系としての概日時計研究 (特集 バイオ研究者のための使えるシステムバイオロジー)
上田 泰己
バイオテクノロジージャーナル, 2005年01月

IV.縦軸プロジェクト 時間的・空間的発現制御機構のシステム生物学
上田泰己
蛋白質 核酸 酵素, 2004年12月15日

時間的・空間的発現制御機構のシステム生物学 (ゲノムネットワーク) -- (縦軸プロジェクト)
上田 泰己
蛋白質核酸酵素, 2004年12月

分子時刻表を用いた体内時刻測定法及びリズム障害診断法の開発
上田泰己; 南陽一; 天貝裕地; 橋本誠一
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 2004年11月04日

分子時刻表を用いた体内時刻測定法及びリズム障害診断法の開発 (第22回バイオテクノロジーシンポジウム予稿集) -- (ポスターセッションの部 細胞内ネットワークのダイナミズム解析技術開発)
上田 泰己; 南 陽一; 天貝 裕地
バイオテクノロジ-シンポジウム予稿集, 2004年11月04日

動的で複雑な生命現象のシステム生物学
上田泰己
細胞工学, 2004年10月

システム生物学の最前線 動的で複雑な生命現象のシステム同定-体内時計の解析とその応用-
上田泰己
Bio Industry, 2004年09月12日

複雑でダイナミックスな生命現象に関するシステム生物学(原標題は英語)
上田泰己
Journal of Oral Biosciences, 2004年09月01日

動的で複雑な生命現象のシステム同定--体内時計の解析とその応用 (特集 システム生物学の最前線)
上田 泰己
バイオインダストリー, 2004年09月

Systems Biology on Complex and Dynamic Biological Phenomena
上田 泰己
Journal of oral biosciences, 2004年09月01日

生物多様性とがん研究への期待―進化とゲノム―ほ乳類体内時計のシステム生物学
上田泰己
日本癌学会総会記事, 2004年08月25日

体内リズム:複雑な遺伝子発現制御のネットワークをシステムとして理解する 動的で複雑な生命現象のシステム同定戦略
上田泰己
細胞工学, 2003年12月

序:動的で複雑な生命現象のシステム生物学 (特集 体内リズム--複雑な遺伝子発現制御のネットワークをシステムとして理解する)
上田 泰己; 近藤 孝男
細胞工学, 2003年12月

動的で複雑な生命現象のシステム同定戦略 (特集 体内リズム--複雑な遺伝子発現制御のネットワークをシステムとして理解する)
上田 泰己
細胞工学, 2003年12月

ほ乳類体内時計のシステムバイオロジー
上田泰己
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 2003年11月25日

細胞内ネットワークのダイナミズム解析技術開発 4‐7 セミインタクト細胞系を用いたタンパク質ネットワーク可視化解析技術の開発
村田昌之; 加納ふみ; 佐甲靖志; 天貝裕地; 上田泰己; 松下智子; 林聡子; 南陽一; 山内妙子
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 2003年11月11日

ポストゲノム時代の医療 新たな創薬へ向けて システムバイオロジーによる概日時計機構の解明
上田泰己
現代医療, 2003年07月10日

システムバイオロジーによる概日時計機構の解明 (特集 ポストゲノム時代の医療) -- (新たな創薬へ向けて)
上田 泰己
現代医療, 2003年07月

システムバイオロジーのフロンティア 概日リズムのシステム解析
上田泰己
蛋白質 核酸 酵素, 2003年06月01日

概日リズムのシステム解析 (特集 システムバイオロジーのフロンティア)
上田 泰己
蛋白質核酸酵素, 2003年06月

概日リズムの最前線 4) 概日リズムとシステム生物学
上田泰己
医学のあゆみ, 2003年03月15日

あゆみ 概日リズムとシステム生物学 (概日リズムの最前線)
上田 泰己
医学のあゆみ, 2003年03月15日

不妊虫放飼法の効率を左右する時計遺伝子
宮竹貴久; 松山隆志; 松本顕; 谷村禎一; 上田泰己; 豊里哲也
日本応用動物昆虫学会大会講演要旨, 2003年03月01日

B105 不妊虫放飼法の効率を左右する時計遺伝子(防除法・害虫管理・IPM)
宮竹 貴久; 松山 隆志; 松本 顕; 谷村 禎一; 上田 泰己; 豊里 哲也
日本応用動物昆虫学会大会講演要旨, 2003年03月01日

大腸菌からヒトまで保存された転写ダイナミクスにおける基本法則の発見と証明
上田 泰己; Hayashi S.; Matsuyama S.; Yomo T.; Hashimoto S.; Kay S.A.; Hogenesch J.B.; Iino M.
生物物理, 2003年

ウリミバエのperiod遺伝子と交配前生殖的隔離
宮竹 貴久; 松本 顕; 谷村 禎一; 松山 隆志; 上田 泰己; 豊里 哲也
日本生態学会大会講演要旨集, 2003年

創薬研究-リズム改善薬-におけるシステムバイオロジーの応用
上田 泰己
日本薬理学雑誌 : FOLIA PHARMACOLOGICA JAPONICA, 2002年11月10日

ゲノムインフォマティクス技術 システムバイオロジーによる概日時計の分子機構の解明
上田泰己; 高杉智弘; 陳文彬; 若松永憲; 林聡子; 浦田ひろみ; 小島知子; 片倉冬絵; 橋本誠一
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 2002年11月05日

システムバイオロジーによる概日時計の分子機構の解明
上田 泰己
日本時間生物学会会誌: Journal of Chronobiology, 2002年10月01日

生命のシステム的理解に向けたバイオインフォマティクス システムバイオロジーによる概日時計の分子機構の解明
上田泰己
実験医学, 2002年09月01日

「生物リズムの理論的基礎と多様性」について ショウジョウバエ概日時計のゲノムワイドな発現解析
上田泰己
日本時間生物学会会誌, 2002年05月

ショウジョウバエ概日時計のゲノムワイドな発現解析
上田 泰己
日本時間生物学会会誌: Journal of Chronobiology, 2002年05月01日

サーカディアンリズムのシミュレーションと実証研究
上田泰己; 高杉智弘; 岩瀬秀; 若松永憲; 河村美穂; 伊藤静香; 林聡子; 土川美保; 橋本誠一
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 2001年10月31日

概日時計の同調機構の解明に向けた3次元多細胞確率シミュレーションとゲノムワイドな発現解析
上田 泰己
日本時間生物学会会誌: Journal of Chronobiology, 2001年10月01日

概日時計のノイズ安定性と同調機構
上田泰己
細胞工学, 2001年06月

コラム 概日時計のノイズ安定性と同調機構 (特集 生物時計--細胞はいかにして時を刻むか)
上田 泰己
細胞工学, 2001年06月

悪性転化した手背神経鞘腫の1症例
上田泰己; 長谷一郎; 前田祥範; 香月亮; 平川奈緒美; 十時忠秀
麻酔, 2001年05月10日

ノイズに頑強で同期した概日振動を生み出す細胞間同調機構
上田泰己; 広瀬謙造; 飯野正光
日本時間生物学会会誌, 2000年10月

ノイズに頑強で同期した概日振動を生み出す細胞間同調機構
上田 泰己; 廣瀬 謙造; 飯野 正光
日本時間生物学会会誌: Journal of Chronobiology, 2000年10月01日

Circadian RhythmのSimulation研究 位相変位を惹起する薬物の作用点予測と検証
上田泰己; 高杉智弘; 陳文彬; 堀口達矢; 小野木博; 根本靖久; 橋本誠一
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 2000年09月28日

ゲノムインフォマティクスのためのDual Research Engine Systemの構築
中山広樹; 高杉智弘; 上田泰己; 水野貴之; 勝利恵子; 橋本誠一
バイオテクノロジーシンポジウム予稿集, 1999年11月12日

哺乳類生体リズム振動体の設計
基盤研究(S)
東京大学
2018年06月11日 - 2023年03月31日

哺乳類概日振動体の構成的な理解
基盤研究(S)
東京大学
2013年05月31日 - 2018年03月31日

タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析
挑戦的萌芽研究
国立研究開発法人理化学研究所
2015年04月01日 - 2017年03月31日

生体リズムの少数性生物学－生命システムにおけるターンオーバー制御と分子少数性－
新学術領域研究(研究領域提案型)
2011年04月01日 - 2016年03月31日

少数性生物学ー個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求ー
新学術領域研究(研究領域提案型)
大阪大学
2011年04月01日 - 2016年03月31日

細胞間相互作用のシステム的理解
特定領域研究
独立行政法人理化学研究所
2006年 - 2009年

細胞間相互作用のシステム的理解
特定領域研究
独立行政法人理化学研究所
2005年 - 2005年

ゲノムワイドプロモーター解析に基づいた動的転写機構のシンセティックバイオロジー
若手研究(A)
独立行政法人理化学研究所
2004年 - 2005年