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Ueda Hiroki
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Professor

  • Profile

    Dr. Hiroki R. Ueda was born in Fukuoka, Japan, in 1975. He graduated from the Faculty of Medicine, the University of Tokyo in 2000, and obtained his Ph.D in 2004 from the same university. He was appointed as a team leader in RIKEN Center for Developmental Biology (CDB) from 2003 and promoted to be a project leader at RIKEN CDB in 2009, and to be a group director at RIKEN Quantitative Biology Center (QBiC) in 2011. He became a professor of Graduate School of Medicine, the University of Tokyo in 2013. He is currently appointed as a team leader in RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research (BDR), an affiliate professor in Graduate School of Information Science and Technology and an principle investigator in IRCN (International Research Center for Neurointelligence) in the University of Tokyo, an invited professor in Osaka University, and a visiting professor in Tokushima University.

    He has an expertise in systems biology and focus on chronobiology by investigating mammalian circadian clocks and sleep/wake cycles. He determined a basic structure of a transcriptional circuit of mammalian circadian clocks and identified multiple delayed negative feedback motifs (Ueda et al, 2002, Ueda et al, 2005, Ukai-Tadenuma et al, 2008, Ukai-Tadenuma 2011). He also focused on long-standing and unsolved questions in chronobiology and found that a singularity behavior (i.e. temporal stopping of circadian clocks) is caused by desynchronization of multiple cellular circadian oscillators (Ukai et al, 2007), and that temperature-insensitive biochemical reactions underlie temperature compensation of mammalian circadian clocks (Isojima et al, 2009, Shinohara et al, 2017). He also invented molecular-timetable methods to detect the circadian time of the body by measuring a snapshot information of circadian clocks (Ueda et al, 2004, Minami eet al, 2009, Kasukawa et al, 2012, Narumi et al, 2016). For sleep/wake cycles, he found that Ca2+ and CaMKII-dependent hyperpolarization pathways underlie sleep homeostasis and proposed phosphorylation hypothesis of sleep (Tatsuki et al, 2016, Sunagawa et al, 2016, Tatsuki et al, 2017, Ode et al, 2017, Shi et al, 2017) and that muscarinic receptors, M1 and M3, as essential genes for REM sleep (Niwa et al, 2018). To accelerate these studies, he also invented whole-brain and whole-body clearing and imaging methods called CUBIC (Susaki et al, 2014, Tainaka et al, 2014, Susaki et al, 2015, Susaki et al, 2016, Tainaka et al, 2016, Kubota et al, 2017, Nojima et al, 2017, Murakami et al, 2018, Tainaka et al, 2018), as well as the next-generation mammalian genetics (Susaki et al, 2017) such as Triple-CRISPR(Sunagawa et al, 2016), ES-mice (Ode et al, 2017, Ukai et al, 2017) and SSS methods (Sunagawa et al, 2016) for one-step production and analysis of KO and KI mice without crossing.

    He received awards, including Tokyo Techno Forum 21, Gold Medal (Tokyo Techno Forum 21, 2005), Young Investigator Awards (MEXT, 2006) and IBM Science Award (IBM, 2009), a Young Investigator Promotion Awards (Japanese Society for Chronobiology, 2007). He also received Tsukahara Award (Brain Science Foundation, 2012), Japan Innovator Awards (Nikkei Business Publications Inc. 2004), Yamazaki-Teiichi Prize (Foundation for Promotion of Material Science and Technology of Japan, 2015), Innovator of the Year (2017) and The Ichimura Prize in Science for Excellent Achievement (Ichimura Foundation for New Technology, 2018).

Researcher information

■ Research Keyword
  • ハイスループット測定
  • 時計制御配列
  • 転写回路
  • DNAチップ
  • 理論生物学
  • 細胞間同調
  • 転写ダイナミクス
  • メラノプシン
  • データベース
  • バイオイメージング
  • 脱同調
  • 光による定量的な制御
  • 遺伝子発現制御
  • 一細胞測定
  • シンセティックバイオロジー
  • システムバイオロジー
  • 再構成
  • 細胞間情報伝達
  • プロモーター
  • バイオインフォマティクス
  • ハイスループット
  • 合成生物学
  • シンギュラリティー現象
  • ゲノムワイド
  • 体内時計
  • システム生物学
■ Field Of Study
  • Life sciences, Pharmacology

Career

■ Career
  • 2011 - 2018
    Japan Science and Technology Agency, 「細胞機能の構成的な理解と制御」, 研究領域総括
  • 2011 - 2018
    理化学研究所 生命システム研究センター, 細胞デザインコア/合成生物学研究グループ, コア長/グループディレクター
  • 2018
    理化学研究所 生命機能科学研究センター, 合成生物学研究チーム, チームリーダー
  • 2017
    東京大学国際高等研究所ニューロインテリジェンス国際研究機構, 主任研究員(兼担)
  • 2016
    東京大学大学院情報理工学研究科システム情報学専攻, 教授(兼担)
  • 2009 - 2014
    理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター, システムバイオロジー研究プロジェクト, プロジェクトリーダー
  • 2012 - 2013
    東京大学大学院, 医学系研究科, 客員教授 (兼任)
  • 2010 - 2013
    National Institute of Genetics, 客員教授
  • 2009 - 2013
    Kyoto University, 理学研究科(数学), 併任教授
  • 2004 - 2013
    理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター, 機能ゲノミクスサブユニット, ユニットリーダー(兼任)
  • 2013
    The University of Tokyo, Graduate School of Medicine, Functional Biology, 教授
  • 2011
    Osaka University, 生命機能研究科, 連携大学院(招聘教授)
  • 2003 - 2010
    理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター, システムバイオロジー研究チーム, チームリーダー
  • 2008 - 2009
    理化学研究所, 研究員
  • 2005 - 2006
    Tohoku University, Institute of Development, Aging and Cancer, 客員教授 (兼任)
  • 2006
    Osaka University, 理学研究科(生物), 連携大学院(招聘教授)
  • 2005
    The University of Tokushima, ゲノム機能研究センター, 客員教授 (兼任)
  • 2001 - 2002
    山之内製薬株式会社, 研究員(グループリーダー)
  • 2000 - 2001
    山之内製薬株式会社, 研究員(修士卒扱い)
  • 1999 - 2000
    山之内製薬株式会社, 研究アシスタント
  • 1998 - 2000
    ERATO北野プロジェクト, 研究アシスタント
  • 1997 - 1998
    ソニーコンピューターサイエンス研究所, 研究アシスタント
■ Educational Background
  • 2004, 東京大学大学院医学系研究科博士課程修了
  • 2000, The University of Tokyo, Faculty of Medicine
  • Apr. 1991 - Mar. 1994, Kurume University High School

Research activity information

■ Award
  • 2018
    第50回 市村学術賞功績賞, 市村学術賞功績賞
  • 2017
    第4回イノベーター・オブ・ザ・イヤー, イノベーター・オブ・ザ・イヤー
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2015
    第15回山崎貞一賞, 山崎貞一賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2012
    塚原仲晃記念賞, 塚原仲晃記念賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2011
    永瀬賞(フロンティアサロン), 永瀬賞(フロンティアサロン)
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2011
    Changemakers of the year 2011, Changemakers of the year 2011
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2011
    日本学術振興会賞, 日本学術振興会賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2009
    第23回日本IBM科学賞, 日本IBM科学賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2007
    第5回日本時間生物学会, 学術奨励賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2006
    Genome Technology, “Tomorrow’s PI”
    Hiroki Ueda
  • 2006
    文部科学大臣賞, 若手科学者賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2005
    東京テクノフォーラム21, ゴールドメダル
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2004
    日本イノベーター大賞, 優秀賞
    Japan
    Hiroki Ueda
  • 2002
    Sleep Research Society, SRBR Joint Meeting Travel Award
    Hiroki Ueda
  • 2001
    ショウジョウバエ研究会, 森脇大五郎 あたますっきり賞
    Japan
    Hiroki Ueda
■ Paper
■ MISC
■ Research Themes