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奥野 未来
感染医学講座（基礎感染医学部門）
講師
研究活動情報
■ 論文
- Blastn2dotplots: multiple dot-plot visualizer for genome comparisons
Miki Okuno; Takeshi Yamamoto; Yoshitoshi Ogura
BMC Bioinformatics, 2025年06月02日 - Where Did the Y Chromosome in the Spiny Rat Go, and How Did It Get There?
Miki Okuno; Kentaro Matsuoka; Yuta Mochimaru; Takahiro Yamabe; Mayou Okano; Takamichi Jogahara; Atsushi Toyoda; Asato Kuroiwa; Takehiko Itoh
Molecular Biology and Evolution, 2025年04月30日 - Whole-genome-based characterization of Escherichia albertii strains isolated from paediatric diarrhoeal cases in Kolkata, India.
Goutam Chowdhury; Yuki Hoshiko; Miki Okuno; Kei Kitahara; M John Albert; Shin-Ichi Miyoshi; Yoshitoshi Ogura; Shanta Dutta; Thandavarayan Ramamurthy; Asish K Mukhopadhyay
Microbial genomics, 2025年04月08日 - Comprehensive serotyping of Mannheimia haemolytica by a PCR system using the diversity of capsule biosynthesis genes.
Atsushi Iguchi; Yuichi Ueno; Kaori Hoshinoo; Miki Okuno; Ryoko Uemura; Garam You; Yoshitoshi Ogura; Daisuke Takamatsu
Scientific reports, 2025年04月08日 - Genetic diversity of dissolved free extracellular DNA compared to intracellular DNA in wastewater treatment plants.
Soichiro Tamai; Miki Okuno; Yoshitoshi Ogura; Yoshihiro Suzuki
The Science of the total environment, 2025年03月20日 - Mitochondrial DNA and the largest nuclear-mitochondrial DNA in Arabidopsis can be separated by their methylation levels
Yuyang Zhong; Miki Okuno; Nobuhiro Tsutsumi; Shin-ichi Arimura
Plant Physiology, 2025年03月01日 - Mycoplasma pneumoniae drives macrophage lipid uptake via GlpD-mediated oxidation, facilitating foam cell formation.
Takeshi Yamamoto; Miki Okuno; Koichi Kuwano; Yoshitoshi Ogura
International journal of medical microbiology : IJMM, 2025年01月17日 - Resistance to the herbicide metribuzin conferred to Arabidopsis thaliana by targeted base editing of the chloroplast genome
Issei Nakazato; Wataru Yamori; Hiroyoshi Matsumura; Yuchen Qu; Miki Okuno; Nobuhiro Tsutsumi; Shin‐ichi Arimura
Plant Biotechnology Journal, 2024年10月20日 - Relationship Between Fluoroquinolone Resistance and Mutations in the Quinolone Resistance-Determining Region in Corynebacterium macginleyi
Nobuhiro Kato; Masatoshi Haruta; Rikki Arai; Kazunori Sato; Kei Furushima; Kanako Yokomizo; Miki Okuno; Takeshi Yamamoto; Yoshitoshi Ogura; Shigeo Yoshida
Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2024年09月26日 - Streptococcus suis subsp. hashimotonensis subsp. nov.: Lancefield group A antigen-positive organisms isolated from human clinical specimens and wild boar oral cavity samples.
Yuki Hasegawa; Toyokazu Akita; Tomokazu Kuchibiro; Tohru Miyoshi-Akiyama; Junko Tomida; Ryo Kutsuna; Ryota Mori; Miki Okuno; Yoshitoshi Ogura; Yoshiaki Kawamura
Systematic and applied microbiology, 2024年07月11日 - Improved complete genome sequence of Bdellovibrio bacteriovorus 109J, a widely studied laboratory strain of predatory bacteria.
Yuki Hoshiko; Miki Okuno; Takeshi Yamamoto; Toshinari Maeda; Yoshitoshi Ogura
Microbiology resource announcements, 2024年06月07日 - Loss of one X and the Y chromosome changes the configuration of the X inactivation center in the genus Tokudaia.
Luisa Matiz-Ceron; Miki Okuno; Takehiko Itoh; Ikuya Yoshida; Shusei Mizushima; Atsushi Toyoda; Takamichi Jogahara; Asato Kuroiwa
Cytogenetic and genome research, 2024年05月16日 - Metabolic engineering with adaptive laboratory evolution for phenylalanine production by Corynebacterium glutamicum
Yukio Tachikawa; Miki Okuno; Takehiko Itoh; Takashi Hirasawa
Journal of Bioscience and Bioengineering, 2024年05月, ［査読有り］ - Targeted A-to-G base editing in the organellar genomes of Arabidopsis with monomeric programmable deaminases
Chang Zhou; Miki Okuno; Issei Nakazato; Nobuhiro Tsutsumi; Shin-ichi Arimura
Plant Physiology, 2024年03月29日 - Isolation and whole‐genome sequencing analysis of Escherichia fergusonii harboring a heat‐labile enterotoxin gene from retail chicken meat in Okinawa, Japan
Tetsuya Kakita; Kenichi Lee; Masatomo Morita; Miki Okuno; Hisako Kyan; Sho Okano; Noriyuki Maeshiro; Momoko Ishizu; Tsuyoshi Kudeken; Haruno Taira; Morimi Teruya; Yoshitoshi Ogura; Yukihiro Akeda; Makoto Ohnishi
Microbiology and Immunology, 2024年03月, ［査読有り］ - TALE-based C-to-T base editor for multiple homologous genes with flexible precision
Ayako Hosoda; Issei Nakazato; Miki Okuno; Takehiko Itoh; Hideki Takanashi; Nobuhiro Tsutsumi; Shin-ichi Arimura
Plant Biotechnology, 2024年 - Chromosomal-level assembly of Tokudaia osimensis, Tokudaia tokunoshimensis, and Tokudaia muenninki genomes.
Miki Okuno; Yuta Mochimaru; Kentaro Matsuoka; Takahiro Yamabe; Luisa Matiz-Ceron; Takamichi Jogahara; Atsushi Toyoda; Asato Kuroiwa; Takehiko Itoh
Scientific data, 2023年12月21日, ［査読有り］ - Isolation and Genomic Characterization of a Heat-Labile Enterotoxin 1-Producing Escherichia fergusonii Strain from a Human
Miki Okuno; Nami Tsuru; Shuji Yoshino; Yasuhiro Gotoh; Takeshi Yamamoto; Tetsuya Hayashi; Yoshitoshi Ogura
Microbiology Spectrum, 2023年08月17日 - GINGER: an integrated method for high-accuracy prediction of gene structure in higher eukaryotes at the gene and exon level
Takeaki Taniguchi; Miki Okuno; Takahiro Shinoda; Fumiya Kobayashi; Kazuki Takahashi; Hideaki Yuasa; Yuta Nakamura; Hiroyuki Tanaka; Rei Kajitani; Takehiko Itoh
DNA Research, 2023年08月01日 - Characterization and development of a plastid genome base editor, ptpTALECD
Issei Nakazato; Miki Okuno; Takehiko Itoh; Nobuhiro Tsutsumi; Shin‐ichi Arimura
The Plant Journal, 2023年08月 - HlyF, an underestimated virulence factor of uropathogenic Escherichia coli.
Camille V Chagneau; Delphine Payros; Audrey Goman; Cécile Goursat; Laure David; Miki Okuno; Pierre-Jean Bordignon; Carine Séguy; Clémence Massip; Priscilla Branchu; Yoshitoshi Ogura; Jean-Philippe Nougayrède; Marc Marenda; Eric Oswald
Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2023年07月31日 - Highly sensitive detection and quantification of dissolved free extracellular DNA using colloid adsorption and foam concentration
Soichiro Tamai; Yoshitoshi Ogura; Miki Okuno; Kei Nukazawa; Yoshihiro Suzuki
ENVIRONMENTAL SCIENCE-WATER RESEARCH & TECHNOLOGY, 2023年06月29日 - Escherichia cryptic clade I is an emerging source of human intestinal pathogens
Miki Okuno; Yoko Arimizu; Seina Miyahara; Yuki Wakabayashi; Yasuhiro Gotoh; Shuji Yoshino; Tetsuya Harada; Kazuko Seto; Takeshi Yamamoto; Keiji Nakamura; Tetsuya Hayashi; Yoshitoshi Ogura
BMC Biology, 2023年04月13日 - Genomic characterization of endemic diarrheagenic Escherichia coli and Escherichia albertii from infants with diarrhea in Vietnam.
Iguchi A; Takemura T; Ogura Y; Nguyen TTH; Kikuchi T; Okuno M; Tokizawa A; Iwashita H; Pham HQA; Doan TH; Tran NL; Tran TL; Nguyen TH; Tran TH; Pham TNL; Dao TD; Vu TMH; Nguyen TN; Vu H; Nguyen VT; Vu TTH; Le TH; Lai TA; Ngo TC; Hasebe F; Nguyen DT; Tetsu Yamashiro
PLoS neglected tropical diseases, 2023年04月04日 - Helicobacter kumamotonensis sp. nov., isolated from human clinical specimens.
Kawamura Y; Fujimoto Y; Kutsuna R; Tomida J; Yamamoto KI; Miyoshi-Akiyama T; Okuno M; Ogura Y; Matsuoka M; Kawaguchi T; Tsutsuki H; Sawa T
International journal of systematic and evolutionary microbiology, 2023年03月01日 - Turnover of mammal sex chromosomes in the Sry -deficient Amami spiny rat is due to male-specific upregulation of Sox9
Miho Terao; Yuya Ogawa; Shuji Takada; Rei Kajitani; Miki Okuno; Yuta Mochimaru; Kentaro Matsuoka; Takehiko Itoh; Atsushi Toyoda; Tomohiro Kono; Takamichi Jogahara; Shusei Mizushima; Asato Kuroiwa
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2022年12月06日 - Gene Recruitments and Dismissals in the Argonaut Genome Provide Insights into Pelagic Lifestyle Adaptation and Shell-like Eggcase Reacquisition.
Masa-Aki Yoshida; Kazuki Hirota; Junichi Imoto; Miki Okuno; Hiroyuki Tanaka; Rei Kajitani; Atsushi Toyoda; Takehiko Itoh; Kazuho Ikeo; Takenori Sasaki; Davin H E Setiamarga
Genome biology and evolution, 2022年11月04日 - Evolutionary History of Sexual Differentiation Mechanism in Insects.
Yasuhiko Chikami; Miki Okuno; Atsushi Toyoda; Takehiko Itoh; Teruyuki Niimi
Molecular biology and evolution, 2022年07月02日 - Targeted base editing in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana
Issei Nakazato; Miki Okuno; Chang Zhou; Takehiko Itoh; Nobuhiro Tsutsumi; Mizuki Takenaka; Shin-ichi Arimura
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2022年05月17日 - Mining RNA‐seq data reveals the massive regulon of GcvB small RNA and its physiological significance in maintaining amino acid homeostasis in Escherichia coli
Masatoshi Miyakoshi; Haruna Okayama; Maxence Lejars; Takeshi Kanda; Yuki Tanaka; Kaori Itaya; Miki Okuno; Takehiko Itoh; Noritaka Iwai; Masaaki Wachi
Molecular Microbiology, 2022年01月 - MetaPlatanus: a metagenome assembler that combines long-range sequence links and species-specific features.
Rei Kajitani; Hideki Noguchi; Yasuhiro Gotoh; Yoshitoshi Ogura; Dai Yoshimura; Miki Okuno; Atsushi Toyoda; Tomomi Kuwahara; Tetsuya Hayashi; Takehiko Itoh
Nucleic acids research, 2021年12月16日 - Analysis of Sex Chromosome Evolution in the Clade Palaeognathae from Phased Genome Assembly.
Miki Okuno; Shusei Mizushima; Asato Kuroiwa; Takehiko Itoh
Genome biology and evolution, 2021年11月05日 - Elucidation of the speciation history of three sister species of crown-of-thorns starfish (Acanthaster spp.) based on genomic analysis.
Hideaki Yuasa; Rei Kajitani; Yuta Nakamura; Kazuki Takahashi; Miki Okuno; Fumiya Kobayashi; Takahiro Shinoda; Atsushi Toyoda; Yutaka Suzuki; Nalinee Thongtham; Zac Forsman; Omri Bronstein; Davide Seveso; Enrico Montalbetti; Coralie Taquet; Gal Eyal; Nina Yasuda; Takehiko Itoh
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes, 2021年08月25日 - Targeted base editing in the plastid genome of Arabidopsis thaliana
Issei Nakazato; Miki Okuno; Hiroshi Yamamoto; Yoshiko Tamura; Takehiko Itoh; Toshiharu Shikanai; Hideki Takanashi; Nobuhiro Tsutsumi; Shin-ichi Arimura
Nature Plants, 2021年07月01日 - Targeted gene disruption of ATP synthases 6-1 and 6-2 in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana by mitoTALENs.
Shin-Ichi Arimura; Hiroki Ayabe; Hajime Sugaya; Miki Okuno; Yoshiko Tamura; Yu Tsuruta; Yuta Watari; Shungo Yanase; Takaki Yamauchi; Takehiko Itoh; Atsushi Toyoda; Hideki Takanashi; Nobuhiro Tsutsumi
The Plant journal : for cell and molecular biology, 2020年12月 - Expression profiling of sexually dimorphic genes in the Japanese quail, Coturnix japonica.
Miki Okuno; Shuntaro Miyamoto; Takehiko Itoh; Masahide Seki; Yutaka Suzuki; Shusei Mizushima; Asato Kuroiwa
Scientific reports, 2020年11月30日 - Curing cytoplasmic male sterility via TALEN-mediated mitochondrial genome editing.
Tomohiko Kazama; Miki Okuno; Yuta Watari; Shungo Yanase; Chie Koizuka; Yu Tsuruta; Hajime Sugaya; Atsushi Toyoda; Takehiko Itoh; Nobuhiro Tsutsumi; Kinya Toriyama; Nobuya Koizuka; Shin-Ichi Arimura
Nature plants, 2019年07月 - Evaluation of SNP calling methods for closely related bacterial isolates and a novel high-accuracy pipeline: BactSNP.
Dai Yoshimura; Rei Kajitani; Yasuhiro Gotoh; Katsuyuki Katahira; Miki Okuno; Yoshitoshi Ogura; Tetsuya Hayashi; Takehiko Itoh
Microbial genomics, 2019年05月 - Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions
Rei Kajitani; Dai Yoshimura; Miki Okuno; Yohei Minakuchi; Hiroshi Kagoshima; Asao Fujiyama; Kaoru Kubokawa; Yuji Kohara; Atsushi Toyoda; Takehiko Itoh
Nature Communications, 2019年04月12日 - Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles.
Toshiya Ando; Takeshi Matsuda; Kumiko Goto; Kimiko Hara; Akinori Ito; Junya Hirata; Joichiro Yatomi; Rei Kajitani; Miki Okuno; Katsushi Yamaguchi; Masaaki Kobayashi; Tomoyuki Takano; Yohei Minakuchi; Masahide Seki; Yutaka Suzuki; Kentaro Yano; Takehiko Itoh; Shuji Shigenobu; Atsushi Toyoda; Teruyuki Niimi
Nature communications, 2018年09月21日, ［査読有り］ - Next-generation sequencing analysis of lager brewing yeast strains reveals the evolutionary history of interspecies hybridization.
Miki Okuno; Rei Kajitani; Rie Ryusui; Hiroya Morimoto; Yukiko Kodama; Takehiko Itoh
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes, 2016年02月, ［査読有り］ - Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads
Rei Kajitani; Kouta Toshimoto; Hideki Noguchi; Atsushi Toyoda; Yoshitoshi Ogura; Miki Okuno; Mitsuru Yabana; Masayuki Harada; Eiji Nagayasu; Haruhiko Maruyama; Yuji Kohara; Asao Fujiyama; Tetsuya Hayashi; Takehiko Itoh
GENOME RESEARCH, 2014年08月, ［査読有り］ - Coelacanth genomes reveal signatures for evolutionary transition from water to land
Masato Nikaido; Hideki Noguchi; Hidenori Nishihara; Atsushi Toyoda; Yutaka Suzuki; Rei Kajitani; Hikoyu Suzuki; Miki Okuno; Mitsuto Aibara; Benjamin P. Ngatunga; Semvua I. Mzighani; Hassan W.J. Kalombo; Kawilarang W.A. Masengi; Josef Tuda; Sadao Nogami; Ryuichiro Maeda; Masamitsu Iwata; Yoshitaka Abe; Koji Fujimura; Masataka Okabe; Takanori Amano; Akiteru Maeno; Toshihiko Shiroishi; Takehiko Itoh; Sumio Sugano; Yuji Kohara; Asao Fujiyama; Norihiro Okada
Genome Research, 2013年10月, ［査読有り］ - A whole genome comparison between lager brewing yeast Weihenstephan 34/70 and its ancestral strains
Okuno, Miki; Kodama, Yukiko; Itoh, Takehiko
Yeast, 2013年 - Whole genome analysis of a lager brewing yeast Weihenstephan 34/70 using next generation sequencing technology
Kodama, Yukiko; Okuno, Miki; Itoh, Takehiko
Yeast, 2013年
- Mannheimia haemolyticaの莢膜合成遺伝子群の多様性に基づく血清型別PCR法の開発
井口 純; 奥野 未来; 小椋 義俊; 星野尾 歌織; 上野 勇一; 高松 大輔
日本細菌学雑誌, 2024年06月 - 健康保菌者から分離された志賀毒素産生性大腸菌のゲノム特性の解明
今井 有未; 金子 寛; 奥野 未来; 星子 裕貴; 山本 武司; 李 謙一; 野口 秋雄; 伊豫田 淳; 佐藤 寿夫; 小椋 義俊
日本細菌学雑誌, 2024年06月 - 比較ゲノム解析によるESBL産生Aeromonas hydrophilaの耐性遺伝子伝播機構の解明
奥野 未来; 杉山 美千代; 星子 裕貴; 山本 武司; 浅井 鉄夫; 小椋 義俊
日本細菌学雑誌, 2024年06月 - マイコプラズマのDアミノ酸産生にかかわるラセマーゼについての検討
山本 武司; 奥野 未来; 土谷 祐一; 星子 裕貴; 山本 奈々絵; 今井 有未; 小椋 義俊
日本細菌学雑誌, 2024年06月 - 易熱性エンテロトキシン産生Escherichia fergusoniiのゲノム特性と病原因子獲得機構の解明
奥野未来; 水流奈己; 吉野修司; 後藤恭宏; 山本武司; 柿田徹也; 喜屋武向子; 久手堅剛; 大西真; 林哲也; 小椋義俊
日本食品微生物学会学術総会講演要旨集, 2023年 - 沖縄県産鶏肉における易熱性エンテロトキシン保有Escherichia fergusonii汚染実態及び全ゲノム解析
柿田徹也; 李謙一; 森田昌知; 奥野未来; 喜屋武向子; 岡野祥; 眞栄城徳之; 石津桃子; 久手堅剛; 平良遥乃; 照屋盛実; 小椋義俊; 大西真
日本食品微生物学会学術総会講演要旨集, 2023年 - 比較ゲノム解析によるLT産生Escherichia fergusoniiの遺伝的特徴の解明
奥野未来; 水流奈己; 吉野修司; 後藤恭宏; 山本武司; 林哲也; 小椋義俊
日本細菌学雑誌(Web), 2023年 - オルガネラゲノム特異的なランダム変異導入技術の開発.シロイヌナズナPolI遺伝子のexonuclease変異の利用
小坂七海; 奥野未来; 中里一星; 原田佳樹; 豊田敦; 伊藤武彦; 堤伸浩; 有村慎一
育種学研究, 2023年 - 古顎類エミューにおける精巣決定遺伝子DMRT1の発現解析と卵巣決定候補遺伝子の探索
木村優希; MATIZ Luisa; 奥野未来; 伊藤武彦; 水島秀成; 水島秀成; 黒岩麻里; 黒岩麻里
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2023年 - シロイヌナズナの葉緑体ゲノムの標的一塩基置換—Targeted base editing in the plastid genome of Arabidopsis thaliana
中里 一星; 奥野 未来; 山本 宏; 田村 美子; 伊藤 武彦; 髙梨 秀樹; 堤 伸浩; 有村 慎一
光合成研究 = News letter / The Japanese Society of Photosynthesis Research, 2022年04月 - 古顎類エミューにおける性決定および性分化関連遺伝子の発現解析
木村優希; LUISA Matiz; 奥野未来; 伊藤武彦; 水島秀成; 水島秀成; 黒岩麻里; 黒岩麻里
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022年 - トクノシマトゲネズミの新規ゲノム構築とX染色体上祖先Y領域の比較解析
松岡健太朗; 持丸侑太; 奥野未来; 清岡美穂; 石崎比奈子; 豊田敦; 黒岩麻里; 伊藤武彦
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022年 - オキナワトゲネズミの新規ゲノム配列決定とneo性染色体のゲノム解析
持丸侑太; 松岡健太朗; 奥野未来; 清岡美穂; 石崎比奈子; 豊田敦; 黒岩麻里; 伊藤武彦
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022年 - ニホンウズラ(Coturnix japonica)を用いた発現様式に性的二型がみられる遺伝子の発現プロファイリング
奥野 未来; 宮本 淳太郎; 伊藤 武彦; 関 真秀; 鈴木 穣; 水島 秀成; 黒岩 麻里
比較内分泌学, 2021年 - ニホンウズラにおける性分化関連遺伝子および新規性決定候補遺伝子の解析
宮本淳太郎; 奥野未来; 伊藤武彦; 水島秀成; 水島秀成; 黒岩麻里; 黒岩麻里
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年 - トゲネズミ属におけるSRY遺伝子に依存しない性決定の分子メカニズム
黒岩麻里; 奥野未来; 伊藤武彦; 寺尾美穂; 小川湧也; 高田修治; 水島秀成
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年 - 次世代シークエンサを用いたSLSTによるPropionibacterium acnesタイピング解析
森田有貴; 奥野未来; 吉村大; 立花広太; 梶谷嶺; 古俣麻希子; 白髭克彦; 森川あすか; 伊藤武彦
日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2017年 - 皮膚常在細菌Propionibacterium acnesの全ゲノム比較解析
奥野未来; 立花広太; 吉村大; 森田有貴; 梶谷嶺; 古俣麻希子; 白髭克彦; 森川あすか; 伊藤武彦
日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2017年
