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Ishikawa Ken
Division of Cell Biology Institute of Life Science
Assistant Professor
Profile
大学院では制限酵素の機能解析を行いました。その後、米国NIHに留学し、分裂酵母の遺伝子スクリーニングにより抗がん剤候補薬の作用機序を解明しました。この過程で、分裂酵母には簡便に用いる事のできる遺伝子ノックダウン方法が確立されておらず、必須遺伝子の機能解析が技術的に困難であることに問題意識を持ちました。そこで帰国後は、以前研究していたDNA切断酵素の分野で生まれた遺伝子ノックダウン方法（CRISPRi）を分裂酵母に導入しました。現在は、この技術を基礎に分裂酵母の遺伝子機能理解や産業応用に取り組んでいます。
Career
■ Career
- Apr. 2025 - Present
Kurume University, 分子生命科学研究所 細胞工学研究部門（齋藤成昭 教授）, 講師 - Oct. 2018 - Mar. 2025
Kurume University, Institute of Life Science, 助教 - Mar. 2016 - Sep. 2018
NIH, NCI-Frederick,, Chemical Biology Laboratory (Dr. Joel Schneider),, Research Fellow - Mar. 2011 - Feb. 2016
NIH, NCI-Frederick,, Gene Regulation and Chromosome Biology Laboratory (Dr. Amar Klar),, Visiting Fellow - Apr. 2009 - Feb. 2011
The University of Tokyo, 新領域創成科学研究科（小林一三 教授）, 特任研究員
Research activity information
■ Award
■ Paper
■ Research Themes
■ Media Coverage
■ 共同研究実績
■ 研究者からの一言アピール
■ 関心を持って取組んでいる活動
■ Paper
- Arrayed CRISPRi library to suppress genes required for Schizosaccharomyces pombe viability
Ken Ishikawa; Saeko Soejima; Takashi Nishimura; Shigeaki Saitoh
Journal of Cell Biology, 06 Jan. 2025, [Reviewed]
Lead - Proliferation Analyses of Conditional Knockdown Strains Using CRISPR Interference in Fission Yeast
Ken Ishikawa; Shigeaki Saitoh
Methods in Molecular Biology, 12 Nov. 2024, [Reviewed], [Invited]
Lead, Corresponding - Genetic knockdown of genes that are obscure, conserved and essential using CRISPR interference methods in the fission yeast S. pombe
Ken Ishikawa; Saeko Soejima; Shigeaki Saitoh
Journal of Cell Science, May 2023, [Reviewed]
Lead, Corresponding - Transcriptional Regulation Technology for Gene Perturbation in Fission Yeast
Ken Ishikawa; Shigeaki Saitoh
Biomolecules, 21 Apr. 2023, [Reviewed], [Invited]
Lead, Corresponding - Implementation of dCas9-mediated CRISPRi in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe
Ken Ishikawa; Saeko Soejima; Fumie Masuda; Shigeaki Saitoh
G3: Genes | Genomes | Genetics, Feb. 2021, [Reviewed]
Lead, Corresponding - Glycan Alteration Imparts Cellular Resistance to a Membrane-Lytic Anticancer Peptide
Ken Ishikawa; Scott H. Medina; Joel P. Schneider; Amar J. S. Klar
CELL CHEMICAL BIOLOGY, Feb. 2017, [Reviewed]
Lead - Restriction glycosylases: involvement of endonuclease activities in the restriction process
Yingbiao Zhang; Tomoyuki Matsuzaka; Hirokazu Yano; Yoshikazu Furuta; Toshiaki Nakano; Ken Ishikawa; Masaki Fukuyo; Noriko Takahashi; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Hiroshi Ide; Ichizo Kobayashi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Feb. 2017, [Reviewed] - Restriction-modification system with methyl-inhibited base excision and abasic-site cleavage activities
Masaki Fukuyo; Toshiaki Nakano; Yingbiao Zhang; Yoshikazu Furuta; Ken Ishikawa; Miki Watanabe-Matsui; Hirokazu Yano; Takeshi Hamakawa; Hiroshi Ide; Ichizo Kobayashi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Mar. 2015, [Reviewed] - A Unique DNA Recombination Mechanism of the Mating/Cell-type Switching of Fission Yeasts: a Review.
Amar J S Klar; Ken Ishikawa; Sharon Moore
Microbiology spectrum, Oct. 2014, [Reviewed], [Invited] - Cleavage of a model DNA replication fork by a methyl-specific endonuclease
Ken Ishikawa; Naofumi Handa; Lauren Sears; Elisabeth A. Raleigh; Ichizo Kobayashi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Jul. 2011, [Reviewed]
Lead - Conflicts Targeting Epigenetic Systems and Their Resolution by Cell Death: Novel Concepts for Methyl-Specific and Other Restriction Systems
Ken Ishikawa; Eri Fukuda; Ichizo Kobayashi
DNA RESEARCH, Dec. 2010, [Reviewed], [Invited]
Lead - A putative mobile genetic element carrying a novel type IIF restriction-modification system (PluTI)
Feroz Khan; Yoshikazu Furuta; Mikihiko Kawai; Katarzyna H. Kaminska; Ken Ishikawa; Janusz M. Bujnicki; Ichizo Kobayashi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, May 2010, [Reviewed] - Cleavage of a model DNA replication fork by a Type I restriction endonuclease
Ken Ishikawa; Naofumi Handa; Ichizo Kobayashi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Jun. 2009, [Reviewed]
Lead - 制限酵素が回文配列を切断することが多い理由
石川健; 小林一三
日本医事新報, 2008, [Invited]
Lead - Novel protein fold discovered in the PabI family of restriction enzymes
Ken-ichi Miyazono; Miki Watanabe; Jan Kosinski; Ken Ishikawa; Masayuki Kamo; Tatsuya Sawasaki; Koji Nagata; Janusz M. Bujnicki; Yaeta Endo; Masaru Tanokura; Ichizo Kobayashi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Mar. 2007, [Reviewed] - Chromatin as anti-restriction adaptation: a hypothesis based on restriction enzymes of a novel structure
Ichizo Kobayashi; Ken Ishikawa; Miki Watanabe
International Symposium on Extremophiles and Their Applications, 2007, [Reviewed] - Discovery of a novel restriction endonuclease by genome comparison and application of a wheat-germ-based cell-free translation assay: Pabl (5 '-GTA/C) from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi
K Ishikawa; M Watanabe; T Kuroita; Uchiyama, I; JM Bujnicki; B Kawakami; M Tanokura; Kobayashi, I
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2005, [Reviewed]
Lead - 制限酵素修飾酵素遺伝子の自己増殖の発見とウイルス様ライフサイクル仮説
小林一三; 石川健
月刊海洋、号外, 2003
- Restriction glycosylases: involvement of endonuclease activities in the restriction process
Yingbiao Zhang; Tomoyuki Matsuzaka; Hirokazu Yano; Toshiaki Nakano; Ken Ishikawa; Masaki Fukuyo; Noriko Takahashi; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Hiroshi Ide; Ichizo Kobayashi
GENES & GENETIC SYSTEMS, Dec. 2016 - Cleavage of a model DNA replication fork by restriction enzymes in vitro
Ken Ishikawa; Naofumi Handa; Ichizo Kobayashi
GENES & GENETIC SYSTEMS, Dec. 2009 - Coupling of DNA replication and restriction: A type I restriction enzyme cleaves branched DNAs mimicing replication forks, in vitro
Ken Ishikawa; Naofumi Handa; Ichizo Kobayashi
GENES & GENETIC SYSTEMS, Dec. 2008
- 分裂酵母の全必須遺伝子ノックダウンライブラリ
石川健
2024年度 内分泌・代謝学共同研究拠点 成果報告会・ワークショップ, 23 Dec. 2024, [Invited] - A pilot library of essential gene knockdown strains and plasmids for the fission yeast.
石川健; 副島朗子; 齋藤成昭
11th International Fission Yeast Meeting, 30 May 2023 - CRISPRiを用いた分裂酵母の全必須遺伝子ノックダウンライブラリ構築への取り組み
石川健; 副島朗子; 齋藤成昭
第45回分子生物学会年会, 01 Dec. 2022 - 分裂酵母とヒト間で進化的に保存された未解析必須遺伝子のCRISPRiによるノックダウン
石川健; 副島朗子; 齋藤成昭
日本遺伝学会 第94回大会, 14 Sep. 2022 - 分裂酵母におけるCRISPRiを用いた遺伝子ノックダウン
石川健; 副島朗子; 増田史恵; 齋藤成昭
第44回分子生物学会年会, 01 Dec. 2021 - 分裂酵母Schizosaccharomyces pombeにおけるdCas9を用いたCRISPRi
石川健
第73回日本細胞生物学会大会, 01 Jul. 2021 - dCas9-mediated CRISPRi for S. pombe
石川健
PombeTalks, 17 Mar. 2021, [Invited] - 解糖系メタボライト、フルクトース-１,６-ビスリン酸、はグルコース濃度に応答する遺伝子の発現を調節する。
石川 健
第４２回 日本分子生物学会年会, 04 Dec. 2019 - 解糖系メタボライトによる低ヘキソース濃度適応の調節
石川 健; 齋藤 成昭
第９１回 日本遺伝学会年会, 2019 - Glycan Alteration Imparts Cellular Resistance to a Membrane-Lytic Anticancer Peptide
Ken Ishikawa; Scott Medina; Joel P. Schneider; Amar J.S. Klar
9th International Fission Yeast Meeting, 2017 - Discovery of Endogenous Genotoxins from Metabolites – “Cancer from Bad Luck”
Ken Ishikawa
Chemical Biology Laboratory, Research Proposal Contest, 2016 - Isolation and Characterization of Anti-Cancer Peptide Resistant Fission Yeast Mutants
Ken Ishikawa; Amar J.S. Klar
Washington-Area Yeast Club, 2013
- Apr. 2020 - Present
久留米大学大学院 医学研究科 総合生命科学専攻 - Feb. 2020 - Present
久留米大学 医学部 医学科 - Oct. 2019 - Present
久留米大学 医学部 医学科 - Jun. 2022 - Jul. 2024
久留米大学医学部付属 臨床検査専門学校
■ Research Themes
- Elucidation of cancer mutagen by novel signature analysis
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Chiba University
Apr. 2022 - Mar. 2025 - 分裂酵母の必須遺伝子ノックダウンライブラリ構築とその応用
Apr. 2023 - Mar. 2024 - CRISPRiによる分裂酵母の必須遺伝子ノックダウンライブラリ構築
久留米大学
Apr. 2022 - Mar. 2023 - 細胞外ヘキソース濃度変化に対する細胞適応の仕組み
Apr. 2021 - Mar. 2023 - 革新的な転写抑制医薬品の開発～dCas9タンパク質の人工進化～
Apr. 2021 - Mar. 2022 - 新しい遺伝子発現スイッチ技術CRISPRiの産業実用化 ―有用代謝中間物の大量生産を目指して―
Apr. 2021 - Mar. 2022 - 酵母を用いた有用物質生産のための転写制御技術
Apr. 2021 - Mar. 2022 - DNA複製装置の崩壊過程とプログラム細胞死：「たぐり寄せ型DNA切断酵素」の役割
Apr. 2010 - Mar. 2011
- 特開2006-42643, 特願2004-226136, 新規制限酵素PabI
黒板 敏弘; 井上 浩明; 小林 一三; 石川 健 - 特開2006-42642, 特願2004-226138, 無細胞タンパク質合成系を用いる新規ヌクレアーゼのスクリーニング方法
黒板敏弘; 井上 浩明; 小林 一三; 石川 健; 渡部 美紀
■ Media Coverage
- Ep.2. CRISPRi in the fission yeast - a discussion with Dr. Ken Ishikawa
Genetics Society of America, Genetics in your world, https://podcasts.apple.com/jp/podcast/ep-2-crispri-in-the-fission-yeast-a-discussion-with/id1593075325?i=1000559039439, Apr. 2022, Internet
■ 共同研究実績
■ 研究者からの一言アピール
■ 関心を持って取組んでいる活動
