久留米大学研究者紹介
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【詳細】
  • 　タイトル

  • 　種類　／　単著・共著等　／　発行・発表年
    　発行所、発行・発表雑誌等の名称　／　巻号頁
    		•


    小椋　義俊の著書・論文・学会発表等
    No. 詳細
    1

  • A Salmonella enterica Serovar Oranienburg Clone Caused a Cluster of Bacteremia Cases in Persons With No Recognizable Underlying Diseases in Japan

  • 雑誌　／　共著　／　2022年12月
    Open Forum Infect Dis
  • ／　Vol.28 No.10 ofac695

    		•
    2

  • Helicobacter cinaedi is a human-adapted lineage in the Helicobacter cinaedi/canicola/'magdeburgensis' complex.

  • 雑誌　／　共著　／　2022年 5月
    Microb Genom
  • ／　Vol.8 5

    		•
    3

  • Persistence of Antibiotic-Resistant Escherichia coli Strains Belonging to the B2 Phylogroup in Municipal Wastewater under Aerobic Conditions.

  • 雑誌　／　共著　／　2022年 4月
    Antibiotics
  • ／　Vol.4 No.11 202

    		•
    4

  • Global population structure of the Serratia marcescens complex and identification of hospital-adapted lineages in the complex.

  • 雑誌　／　共著　／　2022年 3月
    Microb Genom
  • ／　Vol.8 3

    		•
    5

  • Antibiotic-resistant Escherichia coli isolated from dairy cows and their surrounding environment on a livestock farm practicing prudent antimicrobial use.

  • 雑誌　／　共著　／　2022年 1月
    Int J Hyg Environ Health.
  • ／　Vol.240 113930

    		•
    6

  • The global population structure and evolutionary history of the acquisition of major virulence factor-encoding genetic elements in Shiga toxin-producing Escherichia coli O121:H19.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年12月
    Microb Genom
  • ／　Vol.7 12

    		•
    7

  • MetaPlatanus: a metagenome assembler that combines long-range sequence links and species-specific features.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年12月
    Nucleic Acids Res.
  • ／　Vol.16 No.49 e130

    		•
    8

  • Genome-wide association study of gastric cancer- and duodenal ulcer-derived Helicobacter pylori strains reveals discriminatory genetic variations and novel oncoprotein candidates.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年11月
    Microb Genom.
  • ／　Vol.7 11

    		•
    9

  • Salicylic Acid Acts Antagonistically to Plastid Retrograde Signaling by Promoting the Accumulation of Photosynthesis-associated Proteins in Arabidopsis.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年11月
    Plant Cell Physiol.
  • ／　Vol.10 No.62 1728-1744

    		•
    10

  • Diversification of Escherichia albertii H-Antigens and Development of H-Genotyping PCR.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年11月
    Front Microbiol.
  • ／　Vol.1 No.12 737979

    		•
    11

  • Comparative Genomic and Physiological Analysis against Clostridium scindens Reveals Eubacterium sp. c-25 as an Atypical Deoxycholic Acid Producer of the Human Gut Microbiota.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年10月
    Microorganisms.
  • ／　Vol.29 No.9 2254

    		•
    12

  • Comprehensive Comparative Genomics and Phenotyping of Methylobacterium Species.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年10月
    Front Microbiol.
  • ／　Vol.6 No.12 740610

    		•
    13

  • Unexpected genomic features of high current density-producing Geobacter sulfurreducens strain YM18.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 9月
    FEMS Microbiol Lett.
  • ／　Vol.9 No.368 fnab119.

    		•
    14

  • A bacterial small RNA regulates the adaptation of Helicobacter pylori to the host environment

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 8月
    Nat. Commun.
  • ／　Vol.12 No.10 2085

    		•
    15

  • Complete Genome Sequence of High Current-Producing Geobacter sulfurreducens Strain YM35, Isolated from River Sediment in Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 8月
    Microbiol Resour Announc.
  • ／　Vol.19 e0053921

    		•
    16

  • Development of a homogeneous time-resolved FRET (HTRF) assay for the quantification of Shiga toxin 2 produced by E. coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 7月
    PeerJ
  • ／　Vol.28 e11871

    		•
    17

  • A human respiratory tract-associated bacterium with an extremely small genome.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 5月
    Commun Biol.
  • ／　Vol.4 No.1 628

    		•
    18

  • Insights into the acquisition of the pks island and production of colibactin in the Escherichia coli population.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 5月
    Microb Genom.
  • ／　Vol.7 No.5 mgen.0.000579

    		•
    19

  • The evolution of hard tick-borne relapsing fever borreliae is correlated with vector species rather than geographical distance

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 5月
    BMC Ecology and Evolution
  • ／　Vol.31 No.21 105

    		•
    20

  • Prophages integrating into prophages: A mechanism to accumulate type III secretion effector genes and duplicate Shiga toxin-encoding prophages in Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 4月
    PLoS Pathog.
  • ／　Vol.17 No.4 e1009073

    		•
    21

  • MicroRNAs miR-4535 and miR-1915-5p in amniotic fluid as predictive biomarkers for chorioamnionitis.

  • 雑誌　／　共著　／　2021年 2月
    Future Sci OA.
  • ／　Vol.7 FSO686

    		•
    22

  • 12α-Hydroxylated bile acid induces hepatic steatosis with dysbiosis in rats

  • 雑誌　／　共著　／　2020年12月
    Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids.

  • 23

  • The level of antimicrobial resistance of sewage isolates is higher than that of river isolates in different Escherichia coli lineages.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年10月
    Sci Rep.
  • ／　Vol.21 No.10 17880

    		•
    24

  • A ubiquitous subcuticular bacterial symbiont of a coral predator, the crown-of-thorns starfish, in the Indo-Pacific.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 8月
    Microbiome.
  • ／　Vol.24 No.8 2020

    		•
    25

  • Genomic characterization of closely related species in the Rumoiensis clade infers ecogenomic signatures to non-marine environments.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 8月
    Environ Microbiol.
  • ／　Vol.22 No.8 3205-3217

    		•
    26

  • Platanus_B: an accurate de novo assembler for bacterial genomes using an iterative error-removal process.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 6月
    DNA Res.
  • ／　Vol.27 No.3 dsaa014

    		•
    27

  • Mutational diversity in mutY deficient Helicobacter pylori and its effect on adaptation to the gastric environment.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 5月
    Biochem Biophys Res Commun
  • ／　Vol.525 No.7 806-811

    		•
    28

  • Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain ATCC 43504, a Type Strain That Can Infect Gerbils.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 4月
    Microbiol Resour Announc.
  • ／　Vol.9 No.18 e00105-20

    		•
    29

  • Non-pathogenic Escherichia coli acquires virulence by mutating a growth-essential LPS transporter.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 4月
    PLoS Pathog
  • ／　Vol.16 No.4 e1008469

    		•
    30

  • Group A Streptococcus establishes pharynx infection by degrading the deoxyribonucleic acid of neutrophil extracellular traps.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 2月
    Sci Rep
  • ／　Vol.10 No.1 3251

    		•
    31

  • Hypoosmotic stress induces flagellar biosynthesis and swimming motility in Escherichia albertii.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 2月
    Commun Biol
  • ／　Vol.3 No.1 87

    		•
    32

  • Differential dynamics and impacts of prophages and plasmids on the pangenome and virulence factor repertoires of Shiga toxin-producing Escherichia coli O145:H28.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 1月
    Microb Genom
  • ／　Vol.6 No.1 e000323,

    		•
    33

  • Escherichia coli O8:H8 Carrying a Novel Variant of the Heat-Labile Enterotoxin LT2 Gene Caused Outbreaks of Diarrhea.

  • 雑誌　／　共著　／　2020年 1月
    Open Forum Infect Dis
  • ／　Vol.7 No.1 ofaa021

    		•
    34

  • 腸管出血性大腸菌が出現する仕組みの解明

  • 雑誌　／　共著　／　2020年
    バイオインダストリー　
  • ／　Vol.78 No.2 110-111

    		•
    35

  • Genomic Features of Rickettsia heilongjiangensis Revealed by Intraspecies Comparison and Detailed Comparison With Rickettsia japonica.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年12月
    Front Microbiol
  • ／　Vol.10 2787

    		•
    36

  • A highly efficient method for concentrating DNA from river water by combined coagulation and foam separation.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年12月
    Separation Science and Technology
  • ／　Vol.54 3128-3134

    		•
    37

  • Genotypic diversity of Streptococcus suis and the S. suis-like bacterium Streptococcus ruminantium in ruminants.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年11月
    VET RES
  • ／　Vol.50 No.1 94

    		•
    38

  • O-antigen biosynthesis gene clusters of Escherichia albertii: their diversity and similarity to Escherichia coli gene clusters and the development of an O-genotyping method.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年11月
    MICROBIOL GENOMICS
  • ／　Vol.5 No.11 e000314

    		•
    39

  • Comparison of the sequencing bias of currently available library preparation kits for Illumina sequencing of bacterial genomes and metagenomes.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年10月
    DNA RES
  • ／　Vol.26 No.5 391-398,

    		•
    40

  • Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli revealed that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 9月
    GENOME RES
  • ／　Vol.29 No.9 1495-1505

    		•
    41

  • Alternative Oxidase Capacity of Mitochondria in Microsporophylls May Function in Cycad Thermogenesis.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 6月
    PLANT PHYSIOL
  • ／　Vol.180 No.2 743-756

    		•
    42

  • Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 6月
    NAT MED
  • ／　Vol.25 No.256 968-976

    		•
    43

  • Arsenate and microbial dynamics in different phosphorus regimes of the subtropical Pacific Ocean.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 5月
    Progress in Oceanography
  • ／　Vol.176 102115

    		•
    44

  • Evaluation of SNP calling methods for closely related bacterial isolates and a novel high-accuracy pipeline: BactSNP.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 5月
    MICROBIOL GENOMICS
  • ／　Vol.5 No.5 e000261

    		•
    45

  • Local structural changes of the influenza A virus ribonucleoprotein complex by single mutations in the specific residues involved in efficient genome packaging.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 5月
    VIROLOGY
  • ／　Vol.531 126-140

    		•
    46

  • BspR/BtrA, an Anti-σ Factor, Regulates the Ability of Bordetella bronchiseptica To Cause Cough in Rats.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 4月
    MSPHERE
  • ／　Vol.4 No.42 e00093-19

    		•
    47

  • Draft Genome Sequence of Mycolicibacterium sp. Strain NCC-Tsukiji, Isolated from Blood Culture of a Patient with Malignant Lymphoma.

  • 雑誌　／　共著　／　2019年 4月
    MICROBIOL RESOUR ANNOUNC
  • ／　Vol.8 No.14 e01575-18

    		•
    48

  • Genomic Characterization of β-Glucuronidase-Positive Escherichia coli O157:H7 Producing Stx2a.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年12月
    EMERG INFECT DIS
  • ／　Vol.24 No.12 2219-2227

    		•
    49

  • Multi-step genomic dissection of a suspected intra-hospital Helicobacter cinaedi outbreak.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年12月
    MICROBIOL GENOMICS
  • ／　Vol.4 No.12 :e000236

    		•
    50

  • Amylibacter kogurei sp. nov., a novel marine alphaproteobacterium isolated from the coastal sea surface microlayer of a marine inlet.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 9月
    INT J SYST EVOL MICR
  • ／　Vol.68 No.689 2872-2877

    		•
    51

  • Mycobacterium shigaense sp. nov., a slow-growing, scotochromogenic species, is a member of the Mycobacterium simiae complex.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 8月
    INT J SYST EVOL MICR
  • ／　Vol.68 No.8 2437-2442

    		•
    52

  • Complete Genome Sequence of Mycobacterium shigaense.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 6月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.6 No.25 e00552-18

    		•
    53

  • Availability of Nanopore sequences in the genome taxonomy for Vibrionaceae systematics: Rumoiensis clade species as a test case.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 6月
    PEERJ
  • ／　Vol.6 e5018

    		•
    54

  • Tracing Genomic Divergence of Vibrio Bacteria in the Harveyi Clade.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 6月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.200 No.15 e00001-18

    		•
    55

  • Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 5月
    ISME J
  • ／　Vol.12 No.5 1329-1343

    		•
    56

  • Complete Genome Sequence of Geobacter sulfurreducens Strain YM18, Isolated from River Sediment in Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 5月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.6 No.19 e00352-18

    		•
    57

  • Effects of bacterial pollution caused by a strong typhoon event and the restoration of a recreational beach: Transitions of fecal bacterial counts and bacterial flora in beach sand.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 5月
    SCI TOTAL ENVIRON
  • ／　Vol.640-541 52-61

    		•
    58

  • Naturally occurring a loss of a giant plasmid from Mycobacterium ulcerans subsp. shinshuense makes it non-pathogenic.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 5月
    SCI REP
  • ／　Vol.8 No.1 8218

    		•
    59

  • Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl- Pump in Marine Bacteria.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 5月
    MICROBES ENVIRON
  • ／　Vol.33 No.1 89-97

    		•
    60

  • Draft Genome Sequence of Saccharospirillum sp. Strain MSK14-1, Isolated from Surface Seawater Collected at Aburatsubo Inlet in Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 5月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.6 No.22 e00552-18

    		•
    61

  • Small RNA repertoires and their intraspecies variation in Aggregatibacter actinomycetemcomitans.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 4月
    DNA RES
  • ／　Vol.25 No.2 207-215

    		•
    62

  • Comparison of the microbial community structure between inflamed and non-inflamed sites in patients with ulcerative colitis.

  • 雑誌　／　共著　／　2018年 2月
    J GASTROEN HEPATOL
  • ／　Vol.33 No.9 1590-1597

    		•
    63

  • R-Spondin1 expands Paneth cells and prevents dysbiosis induced by graft-versus-host disease.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年12月
    J EXP MED
  • ／　Vol.214 No.12 3507-3518

    		•
    64

  • Population structure of Escherichia coli O26 : H11 with recent and repeated stx2 acquisition in multiple lineages.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年11月
    MICROBIOL GENOMICS
  • ／　Vol.3 No.11 e000141

    		•
    65

  • Complete Chromosome Sequence of a Mycolactone-Producing Mycobacterium, Mycobacterium pseudoshottsii.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年11月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.5 No.48 e01363-17

    		•
    66

  • Isolation of six novel 7-oxo- or urso-type secondary bile acid-producing bacteria from rat cecal contents.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年11月
    J BIOSCI BIOENG
  • ／　Vol.124 No.5 514-522

    		•
    67

  • Complete and Draft Genome Sequences of Eight Oceanic Pseudomonas aeruginosa Strains.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年11月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.5 No.44 e01255-17

    		•
    68

  • Draft Genome Sequence of Rubricoccus marinus SG-29T, a Marine Bacterium within the Family Rhodothermaceae, Which Contains Two Different Rhodopsin Genes.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 9月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.5 No.38 e00990-17

    		•
    69

  • Genomic Characteristics of Bifidobacterium thermacidophilum Pig Isolates and Wild Boar Isolates Reveal the Unique Presence of a Putative Mobile Genetic Element with tetW for Pig Farm Isolates.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 8月
    FRONT MICROBIOL
  • ／　Vol.15 No.8 1540

    		•
    70

  • Thaumasiovibrio occultus gen. nov. sp. nov. and Thaumasiovibrio subtropicus sp. nov. within the family Vibrionaceae, isolated from coral reef seawater off Ishigaki Island, Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 7月
    SYST APPL MICROBIOL
  • ／　Vol.40 No.5 290-296

    		•
    71

  • Algibacter aquaticus sp. nov., a slightly alkaliphilic marine Flavobacterium isolated from coastal surface water.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 7月
    INT J SYST EVOL MICR
  • ／　Vol.67 No.7 2199-2204

    		•
    72

  • Vibrio aphrogenes sp. nov., in the Rumoiensis clade isolated from a seaweed.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 6月
    PLOS ONE
  • ／　Vol.12 No.6 e0180053

    		•
    73

  • Identification of Shiga toxin-producing (STEC) and enteropathogenic (EPEC) Escherichia coli in diarrhoeic calves and comparative genomics of O5 bovine and human STEC.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 4月
    VET MICROBIOL
  • ／　Vol.202 16-22

    		•
    74

  • A Geographically Widespread Outbreak Investigation and Development of a Rapid Screening Method Using Whole Genome Sequences of Enterohemorrhagic Escherichia coli O121.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 4月
    FRONT MICROBIOL
  • ／　Vol.8 701

    		•
    75

  • Draft Genome Sequences of Tersicoccus phoenicis DSM 30849T, Isolated from a Cleanroom for Spacecraft Assembly, and Tersicoccus sp. Strain Bi-70, Isolated from a Freshwater Lake.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 3月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.5 No.13 e00079-17

    		•
    76

  • Clonal Lineages of Erysipelothrix rhusiopathiae Responsible for Acute Swine Erysipelas in Japan Identified by Using Genome-Wide Single-Nucleotide Polymorphism Analysis.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 3月
    APPL ENVIRON MICROB
  • ／　Vol.83 No.11 e00130-17

    		•
    77

  • Identification of a New Virulent Clade in Enterohemorrhagic Escherichia coli O26:H11/H- Sequence Type 29.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 2月
    SCI REP
  • ／　Vol.7 43136

    		•
    78

  • Extremely Low Genomic Diversity of Rickettsia japonica Distributed in Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2017年 1月
    GENOME BIOL EVOL
  • ／　Vol.9 No.1 124-133

    		•
    79

  • 現在のメタゲノム解析からは見えてこない細菌ゲノムの菌株間多様性とそのメカニズム-大腸菌を例として

  • 雑誌　／　共著　／　2017年
    生体の科学
  • ／　Vol.68 No.682 102-107

    		•
    80

  • 菌種・サブタイプ横断的な大規模比較ゲノム解析-進化,多様化,パンゲノム-

  • 雑誌　／　単著　／　2017年
    化学療法の領域
  • ／　Vol.33 No.7 1381-1391

    		•
    81

  • Non-exponential growth of Mycobacterium leprae Thai-53 strain cultured in vitro

  • 雑誌　／　共著　／　2016年12月
    MICROBIOL IMMUNOL
  • ／　Vol.60 No.12 817-823

    		•
    82

  • Draft Genome Sequences of Two Fabibacter sp. Strains Isolated from Coastal Surface Water of Aburatsubo Inlet, Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年12月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.6 e01360-16

    		•
    83

  • Complete Genome Sequence of Streptococcus sp. Strain NPS 308.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年12月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.6 e01349-16

    		•
    84

  • Mitochondrial Genome Sequences of Four Strains of the Bloom-Forming Raphidophyte Heterosigma akashiwo.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年12月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.6 e01288-16

    		•
    85

  • Genes essential for the morphogenesis of the Shiga toxin 2-transducing phage from Escherichia coli O157:H7

  • 雑誌　／　共著　／　2016年12月
    SCI REP
  • ／　Vol.6 39036

    		•
    86

  • Complete Genome Sequence of Klebsiella oxytoca Strain JKo3.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年11月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.6 e01221-16

    		•
    87

  • Complete Genome Sequence of a Phycodnavirus, Heterosigma akashiwo Virus Strain 53.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年11月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.6 e01279-16

    		•
    88

  • Complete Genome Sequence of Mycobacterium ulcerans subsp. shinshuense.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 9月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.5 e01050-16

    		•
    89

  • Phylogenetic analysis of enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) isolated in Japan revealed the emergence of CTX-M-14-producing EAEC O25:H4 clones related to ST131.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 8月
    J CLIN MICROBIOL
  • ／　Vol.54 No.8 2128-2134

    		•
    90

  • Genomic evidence that Vibrio inhibens is a heterotypic synonym of Vibrio jasicida

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 8月
    INT J SYST EVOL MICR
  • ／　Vol.66 No.8 3214-3218

    		•
    91

  • Colistin-Resistant mcr-1-Positive Pathogenic Escherichia coli in Swine, Japan, 2007-2014.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 7月
    EMERG INFECT DIS
  • ／　Vol.22 No.7 1315-1317

    		•
    92

  • Draft Genome Sequence of Lewinella sp. Strain 4G2 Isolated from the Coastal Sea Surface Microlayer.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 7月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.4 e00754-16

    		•
    93

  • Draft Genome Sequences of Five Rapidly Growing Mycobacterium Species, M. thermoresistibile, M. fortuitum subsp. acetamidolyticum, M. canariasense, M. brisbanense, and M. novocastrense

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 5月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.3 e00322-16

    		•
    94

  • Six Novel O Genotypes from Shiga Toxin-Producing Escherichia coli

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 5月
    FRONT MICROBIOL .
  • ／　Vol.7 765

    		•
    95

  • Genetic relatedness and virulence properties of enteropathogenic Escherichia coli strains of serotype O119:H6 expressing localized adherence or localized and aggregative adherence-like patterns on HeLa cells.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 5月
    INT J MED MICROBIOL
  • ／　Vol.306 No.3 152-64

    		•
    96

  • Emergence of a Multidrug-Resistant Shiga Toxin-Producing Enterotoxigenic Escherichia coli Lineage in Diseased Swine in Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 4月
    J CLIN MICROBIOL
  • ／　Vol.54 No.544 1074-81

    		•
    97

  • Complete Genome Sequence of Klebsiella pneumoniae YH43.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 4月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.42 e00242-16

    		•
    98

  • The genomic basis of parasitism in the Strongyloides clade of nematodes.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 3月
    NAT GENET
  • ／　Vol.48 No.483 299-307

    		•
    99

  • The complete genome sequencing of Prevotella intermedia strain OMA14 and a subsequent fine-scale, intra-species genomic comparison reveal an unusual amplification of conjugative and mobile transposons and identify a novel Prevotella-lineage-specific repeat.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 2月
    DNA RES
  • ／　Vol.23 No.1 11-9

    		•
    100

  • Draft Genome Sequences of Sarcina ventriculi Strains Isolated from Wild Japanese Macaques in Yakushima Island.

  • 雑誌　／　共著　／　2016年 2月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.4 No.1 e01694-15

    		•
    101

  • A New Screen for Tuberculosis Drug Candidates Utilizing a Luciferase-Expressing Recombinant Mycobacterium bovis Bacillus Calmette-Guéren.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年11月
    PLOS ONE
  • ／　Vol.10 No.1011 e0141658

    		•
    102

  • Defining the Genome Features of Escherichia albertii, an Emerging Enteropathogen Closely Related to Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年11月
    GENOME BIOL EVOL
  • ／　Vol.7 No.12 3170-9

    		•
    103

  • The Shiga toxin 2 production level in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 is correlated with the subtypes of toxin-encoding phage.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年11月
    SCI REP
  • ／　Vol.5 16663

    		•
    104

  • Draft Genome Sequence of Lactobacillus gorillae Strain KZ01T, Isolated from a Western Lowland Gorilla.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年10月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.3 No.5 e01196-15

    		•
    105

  • Description of a novel marine bacterium, Vibrio hyugaensis sp. nov., based on genomic and phenotypic characterization.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年 6月
    SYST APPL MICROBIOL
  • ／　Vol.38 No.5 300-4

    		•
    106

  • Draft Genome Sequence of the Archiascomycetous Yeast Saitoella complicata.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年 5月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.3 No.33 e00220-15

    		•
    107

  • ersistence and epidemic propagation of a Pseudomonas aeruginosa sequence type 235 clone harboring an IS26 composite transposon carrying the blaIMP-1 integron in Hiroshima, Japan, 2005 to 2012.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年 5月
    ANTIMICROB AGENTS CH
  • ／　Vol.59 No.5 2678-2687

    		•
    108

  • Complete Genome Sequence of Methylobacterium aquaticum Strain 22A, Isolated from Racomitrium japonicum Moss.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年 4月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.3 No.2 e00266-15

    		•
    109

  • Polymorphisms influencing expression of dermonecrotic toxin in Bordetella bronchiseptica.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年 2月
    PLOS ONE
  • ／　Vol.10 No.2 e0116604

    		•
    110

  • A complete view of the genetic diversity of the Escherichia coli O-antigen biosynthesis gene cluster.

  • 雑誌　／　共著　／　2015年 2月
    DNA RES
  • ／　Vol.22 No.11 101-107

    		•
    111

  • Contrasting inter- and intraspecies recombination patterns in the ‘Harveyi clade’ Vibrio collected over large spatial and temporal scales.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年12月
    GENOME BIOL EVOL
  • ／　Vol.7 No.1 71-80

    		•
    112

  • Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年10月
    ISME J
  • ／　Vol.9 No.10 e110769

    		•
    113

  • Genome evolution and plasticity of Serratia marcescens, an important multidrug resistant nosocomial pathogen.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 8月
    GENOME BIOL EVOL
  • ／　Vol.6 No.8 2096-2110

    		•
    114

  • Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 8月
    GENOME RES
  • ／　Vol.24 No.8 1384-1395

    		•
    115

  • Phylogenetic clades 6 and 8 of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 with particular stx subtypes are more frequently found in isolates from hemolytic uremic syndrome patients than from asymptomatic carriers.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 8月
    OPEN FORUM INFECT DI
  • ／　Vol.1 No.2 ofu061

    		•
    116

  • Complete genome sequence of Bordetella bronchiseptica S798, an isolate from a pig with atrophic rhinitis.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 5月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.2 No.3 e00436-14

    		•
    117

  • Functional characterization of flavobacteria rhodopsins reveals a unique class of light-driven chloride pump in bacteria.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 5月
    P NATL ACAD SCI USA
  • ／　Vol.111 No.18 6732-6737

    		•
    118

  • Various pAQU plasmids possibly contribute to disseminate tetracycline resistance gene tet(M) among marine bacterial community.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 5月
    FRONT MICROBIOL
  • ／　Vol.12 No.5 152

    		•
    119

  • Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 5月
    ISME J
  • ／　Vol.9 No.5 1166-76

    		•
    120

  • The lineage-specific distribution of IS-excision enhancer in enterotoxigenic Escherichia coli isolated from swine.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 2月
    APPL ENVIRON MICROB
  • ／　Vol.80 No.4 1394-1402

    		•
    121

  • Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1, isolated from a microbial community enriched by the technical formulation of hexachlorocyclohexane

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 1月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.2 No.1 e01130-13.

    		•
    122

  • Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain TKP isolated from a γ- hexachlorocyclohexane- degrading mixed culture.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 1月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.2 No.1 e01241-13

    		•
    123

  • Draft genome sequence of Clostridium botulinum type B strain Osaka05, isolated from an infant patient with botulism in Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年 1月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.2 No.1 e01010-13

    		•
    124

  • A novel small regulatory RNA enhances cell motility in enterohemorrhagic Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2014年
    J GEN APPL MICROBIOL
  • ／　Vol.60 No.1 44-50

    		•
    125

  • Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年12月
    FRONT MICROBIOL
  • ／　Vol.4 414

    		•
    126

  • Diversification of two lineages of symbiotic Photobacterium.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年12月
    PLOS ONE
  • ／　Vol.8 No.12 :e82917.

    • 127

  • Involvement of the novel two-component NsrRS and LcrRS systems in distinct resistance pathways against nisin A and nukacin ISK-1 in Streptococcus mutans.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年 8月
    APPL ENVIRON MICROB
  • ／　Vol.79 No.15 4751-4755

    		•
    128

  • Whole-genome sequence of the potentially hyper-transmissible multi-drug resistant mycobacterium tuberculosis Beijing strain

  • 雑誌　／　共著　／　2013年 8月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.1 No.4 e00608-13

    		•
    129

  • Taxonomic revision of Harveyi clade bacteria (family Vibrionaceae) based on analysis of whole genome sequences.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年 7月
    INT J SYST EVOL MICR
  • ／　Vol.63 No.7 2742-2751

    		•
    130

  • Transcriptomic analysis of four developmental stages of Strongyloides venezuelensis.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年 2月
    PARASITOL INT
  • ／　Vol.62 No.1 57-65

    		•
    131

  • Human gastroenteritis outbreak associated with Escherichia albertii, Japan.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年 1月
    EMERG INFECT DIS
  • ／　Vol.19 No.1 144-146

    		•
    132

  • Complete genome sequence of a Propionibacterium acnes isolate from a sarcoidosis patient.

  • 雑誌　／　共著　／　2013年 1月
    GENOME ANNOUNC
  • ／　Vol.1 No.1 e00016-12

    		•
    133

  • Whole-genome sequence of the hypervirulent clinical strain Mycobacterium intracellulare M.i.198.

  • 雑誌　／　共著　／　2012年11月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.194 No.22 6336

    		•
    134

  • Detection of diverse aquatic microbes in blood and organs of drowning victims: First metagenomic approach using high-throughput 454-pyrosequencing.

  • 雑誌　／　共著　／　2012年 7月
    FORENSIC SCI INT
  • ／　Vol.220 No.1-3 135-146

    		•
    135

  • Complete genome sequence of Helicobacter cinaedi strain PAGU611, isolated in a case of human bacteremia.

  • 雑誌　／　共著　／　2012年 7月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.194 No.14 3744-3745

    		•
    136

  • A sensitive and simple plaque formation method for the Stx2 phage of Escherichia coli O157:H7, which does not form plaques in the standard plating procedure.

  • 雑誌　／　共著　／　2012年 5月
    PLASMID
  • ／　Vol.67 No.3 227-235

    		•
    137

  • Hemolysin E- and enterohemolysin-derived hemolytic activity of O55/O157 strains and other Escherichia coli lineages.

  • 雑誌　／　共著　／　2012年 3月
    MICROBIOLOGY
  • ／　Vol.158 No.3 746-758

    		•
    138

  • Clinical significance of Escherichia albertii.

  • 雑誌　／　共著　／　2012年 3月
    EMERG INFECT DIS
  • ／　Vol.18 No.3 488-492

    		•
    139

  • 腸管出血性大腸菌O111の進化と病原性

  • 雑誌　／　共著　／　2012年
    神経内科
  • ／　Vol.76 No.2 155-163

    		•
    140

  • 「細菌ゲノム」新規ゲノム配列決定編

  • 単行本　／　分担執筆　／　2012年
    細胞工学別冊 次世代シークエンサー 目的別アドバンストメソッド 秀潤社
  • ／　120-129

    		•
    141

  • 腸管出血性大腸菌における病原性のゲノム進化

  • 雑誌　／　共著　／　2012年
    感染・炎症・免疫
  • ／　Vol.42 182-195

    		•
    142

  • Is bile acid a determinant of the gut microbiota on a high-fat diet?

  • 雑誌　／　共著　／　2012年
    GUT MICROBES
  • ／　Vol.3 No.5 455-459

    		•
    143

  • Bile acid is a host factor that regulates the composition of the cecal microbiota in rats.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年11月
    GASTROENTEROLOGY
  • ／　Vol.141 No.5 1773-81

    		•
    144

  • Typing of O26 enterohaemorrhagic and enteropathogenic Escherichia coli isolated from humans and cattle with IS621 multiplex PCR-based fingerprinting.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 9月
    J APPL MICROBIOL
  • ／　Vol.111 No.3 773-786

    		•
    145

  • Wide distribution of O157-antigen biosynthesis gene clusters 1 in Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 8月
    PLOS ONE
  • ／　Vol.6 No.8 e23250

    		•
    146

  • The lifestyle of the segmented filamentous bacterium: a nonculturable gut-associated immunostimulating microbe inferred by whole-genome sequencing.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 8月
    DNA RES
  • ／　Vol.18 No.4 291-303

    		•
    147

  • Characterisation of the Porphyromonas gingivalis conjugative transposon CTnPg1: determination of the integration site and the genes essential for conjugal transfer.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 7月
    MICROBIOLOGY
  • ／　Vol.157 No.7 2022-2032

    		•
    148

  • Genome sequence of Photobacterium mandapamensis strain svers.1.1, the bioluminescent symbiont of the cardinal fish Siphamia versicolor.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 6月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.193 No.12 3144-3145

    		•
    149

  • The genome of Erysipelothrix rhusiopathiae, the causative agent of swine erysipelas, reveals new insights into the evolution of Firmicutes and the organism's intracellular adaptations.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 6月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.193 No.12 2959-2971

    		•
    150

  • IS-excision enhancer removes transposable elements from bacterial genomes and induces various genomic deletions.

  • 雑誌　／　共著　／　2011年 1月
    NAT COMMUN
  • ／　Vol.2 2152

    		•
    151

  • 腸管出血性大腸菌と腸管病原性大腸菌のゲノム解読と病原性進化メカニズムの解明

  • 雑誌　／　単著　／　2011年
    日本細菌学雑誌
  • ／　Vol.66 No.2 175-186

    		•
    152

  • 「病原菌と常在菌の境界」(第6章腸内共生系の破綻と疾病)

  • 単行本　／　分担執筆　／　2011年
    腸内共生系のバイオサイエンス,　財団法人日本ビフィズス菌センター編　丸善出版
  • ／　207-219

    		•
    153

  • Genome Comparison and Phylogenetic Analysis of Orientia tsutsugamushi Strains.

  • 雑誌　／　共著　／　2010年10月
    DNA RES
  • ／　Vol.17 No.5 281-291

    		•
    154

  • Complete genome sequence of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE15, belonging to phylogenetic group B2.

  • 雑誌　／　共著　／　2010年 2月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.192 No.4 1165-1166

    		•
    155

  • Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli O157 genomes.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年10月
    GENOME RES
  • ／　Vol.19 No.10 1809-1816

    		•
    156

  • Comparative genomics reveal the mechanism of the parallel evolution of O157 and non-O157 enterohemorrhagic Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年10月
    P NATL ACAD SCI USA
  • ／　Vol.106 No.42 17939-17944

    		•
    157

  • Pulsed-field gel electrophoresis profile changes resulting from spontaneous chromosomal deletions in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 during passage in cattle.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年 9月
    APPL ENVIRON MICROB
  • ／　Vol.75 No.17 5719-5726

    		•
    158

  • Development of a multiplex PCR-based rapid typing method 1 for enterohemorrhagic Escherichia coli O157 strains.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年 9月
    J CLIN MICROBIOL
  • ／　Vol.47 No.9 2888-2894

    		•
    159

  • The defective prophage pool of Escherichia coli O157: prophage-prophage interactions potentiate horizontal transfer of virulence determinants.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年 5月
    PLOS PATHOG
  • ／　Vol.5 No.5 e1000408

    		•
    160

  • A precise reconstruction of the emergence and constrained radiations of Escherichia coli O157 portrayed by backbone concatenomic analysis.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年 5月
    P NATL ACAD SCI USA
  • ／　Vol.106 No.21 8713-8718

    		•
    161

  • The complete genome sequence and comparative genome analysis of enteropathogenic E. coli O127:H6 strain E2348/69.

  • 雑誌　／　共著　／　2009年 1月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.191 No.1 347-354

    		•
    162

  • ゲノム解析から見えてきた腸管出血性大腸菌の毒素及び病原因子の新知見

  • 雑誌　／　共著　／　2009年
    化学療法の領域
  • ／　Vol.25 No.5 767-777

    		•
    163

  • Complete Genome Sequence and Comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE11 isolated from a healthy adult.

  • 雑誌　／　共著　／　2008年12月
    DNA RES
  • ／　Vol.15 No.6 375-386

    		•
    164

  • Systematic identification and sequence analysis of the genomic islands of the enteropathogenic Escherichia coli strain B171-8 by the combined use of Whole Genome PCR Scanning and fosmid mapping.

  • 雑誌　／　共著　／　2008年11月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.190 No.21 6948-6960

    		•
    165

  • The whole-genome sequencing of the obligate intracellular bacterium Orientia tsutsugamushi revealed massive gene amplification during reductive genome evolution.

  • 雑誌　／　共著　／　2008年 8月
    DNA RES
  • ／　Vol.15 No.4 185-199

    		•
    166

  • Global regulation by horizontally transferred regulators establishes the pathogenicity of Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2008年 2月
    DNA RES
  • ／　Vol.15 No.1 25-38

    		•
    167

  • Genomic comparison of the O-antigen biosynthesis gene clusters of Escherichia coli O55 strains belonging to three distinct lineages.

  • 雑誌　／　共著　／　2008年 2月
    MICROBIOLOGY
  • ／　Vol.154 No.2 559-570

    		•
    168

  • Distribution, functional expression genetic organization of Cif, a phage-encoded type III-secreted effector from enteropathogenic and enterohaemorragic Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2008年 1月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.190 No.1 275-285

    		•
    169

  • Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes.

  • 雑誌　／　共著　／　2007年 8月
    DNA RES
  • ／　Vol.14 No.4 169-181

    		•
    170

  • Distribution of stable DnaA-binding sites on the Bacillus Subtilis genome detected using a modified ChIP-chip method.

  • 雑誌　／　共著　／　2007年 8月
    DNA RES
  • ／　Vol.14 No.4 155-168

    		•
    171

  • TccP2-mediated subversion of actin dynamics by EPEC 2 - a distinct evolutionary lineage of enteropathogenic Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2007年 6月
    MICROBIOLOGY
  • ／　Vol.153 No.6 1743-1755

    		•
    172

  • Characterization of tccP2 carried by atypical enteropathogenic Escherichia coli.

  • 雑誌　／　共著　／　2007年 6月
    FEMS MICROBIOL LETT
  • ／　Vol.271 No.1 126-135

    		•
    173

  • TccP2 of O157:H7 and Non-O157 Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC): Challenging the Dogma of EHEC-Induced Actin Polymerization

  • 雑誌　／　共著　／　2007年 2月
    INFECT IMMUN
  • ／　Vol.75 No.2 604-612

    		•
    174

  • 「Genomic view on the evolution of enterohemorrhagic Escherichia coli.」

  • 単行本　／　分担執筆　／　2007年
    Evolutionary Biology of Bacterial and Fungal Pathogens. ASM Press
  • ／　407-419

    		•
    175

  • Extensive genomic diversity and selective conservation of virulence-determinants in enterohaemorrhagic Escherichia coli strains of O157 and non-O157 serotypes.

  • 雑誌　／　共著　／　2007年
    GENOME BIOL
  • ／　Vol.8 R138

    		•
    176

  • ppGpp with DksA controls gene expression in the LEE pathogenicity island of enterohaemorrhagic Escherichia coli through activation of two virulence regulatory genes.

  • 雑誌　／　共著　／　2006年 7月
    MOL MICROBIOL
  • ／　Vol.61 No.1 194-205

    		•
    177

  • Complexity of the genomic diversity of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157 revealed by the combinational use of the O157 Sakai oligo DNA microarray and the Whole Genome PCR Scanning.

  • 雑誌　／　共著　／　2006年 2月
    DNA RES
  • ／　Vol.13 No.1 3-14

    		•
    178

  • Bacillus subtilis YabA is involved in determining the timing and synchrony of replication initiation.

  • 雑誌　／　共著　／　2005年 6月
    FEMS MICROBIOL LETT
  • ／　Vol.247 No.1 73-79

    		•
    179

  • 大腸菌O157のゲノム研究とその応用

  • 雑誌　／　共著　／　2005年
    臨床微生物迅速診断研究会誌(JARMAM)
  • ／　Vol.16 No.2 179-181

    		•
    180

  • 腸管出血性大腸菌のゲノム解析

  • 雑誌　／　共著　／　2004年
    ゲノム医学
  • ／　Vol.4 No.2 219-224

    		•
    181

  • 腸管出血性大腸菌のゲノムの特徴

  • 雑誌　／　共著　／　2004年
    化学療法の領域
  • ／　Vol.20 No.9 1328-1333

    		•
    182

  • Increasing the ratio of Soj to Spo0J promotes replication initiation in Bacillus subtilis.

  • 雑誌　／　共著　／　2003年11月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.185 No.21 6316-6324

    		•
    183

  • Genomic diversity of Escherichia coli O157 revealed by whole genome PCR Scanning.

  • 雑誌　／　共著　／　2002年12月
    P NATL ACAD SCI USA
  • ／　Vol.99 No.26 17043-17048

    		•
    184

  • Autoregulation of the dnaA-dnaN operon and effects of DnaA protein levels on replication initiation in Bacillus subtilis.

  • 雑誌　／　共著　／　2001年 7月
    J BACTERIOL
  • ／　Vol.183 No.13 3833-3841

    		•

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