久留米大学研究者紹介

【詳細】	タイトル　種類　／　単著・共著等　／　発行・発表年　発行所、発行・発表雑誌等の名称　／　巻号頁

小椋　義俊の著書・論文・学会発表等
No.	詳細
1	A bacterial small RNA regulates the adaptation of Helicobacter pylori to the host environment 雑誌　／　共著　／　2021年 8月 Nat. Commun. ／　Vol.12 No.10 2085
2	The evolution of hard tick-borne relapsing fever borreliae is correlated with vector species rather than geographical distance 雑誌　／　共著　／　2021年 5月 BMC Ecology and Evolution ／　Vol.31 No.21 105
3	A human respiratory tract-associated bacterium with an extremely small genome. 雑誌　／　共著　／　2021年 5月 Commun Biol. ／　Vol.4 No.1 628
4	Insights into the acquisition of the pks island and production of colibactin in the Escherichia coli population. 雑誌　／　共著　／　2021年 5月 Microb Genom. ／　Vol.7 No.5 mgen.0.000579
5	Prophages integrating into prophages: A mechanism to accumulate type III secretion effector genes and duplicate Shiga toxin-encoding prophages in Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2021年 4月 PLoS Pathog. ／　Vol.17 No.4 e1009073
6	MicroRNAs miR-4535 and miR-1915-5p in amniotic fluid as predictive biomarkers for chorioamnionitis. 雑誌　／　共著　／　2021年 2月 Future Sci OA. ／　Vol.7 FSO686
7	12α-Hydroxylated bile acid induces hepatic steatosis with dysbiosis in rats 雑誌　／　共著　／　2020年12月 Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids.
8	The level of antimicrobial resistance of sewage isolates is higher than that of river isolates in different Escherichia coli lineages. 雑誌　／　共著　／　2020年10月 Sci Rep. ／　Vol.21 No.10 17880
9	Genomic characterization of closely related species in the Rumoiensis clade infers ecogenomic signatures to non-marine environments. 雑誌　／　共著　／　2020年 8月 Environ Microbiol. ／　Vol.22 No.8 3205-3217
10	A ubiquitous subcuticular bacterial symbiont of a coral predator, the crown-of-thorns starfish, in the Indo-Pacific. 雑誌　／　共著　／　2020年 8月 Microbiome. ／　Vol.24 No.8 2020
11	Platanus_B: an accurate de novo assembler for bacterial genomes using an iterative error-removal process. 雑誌　／　共著　／　2020年 6月 DNA Res. ／　Vol.27 No.3 dsaa014
12	Mutational diversity in mutY deficient Helicobacter pylori and its effect on adaptation to the gastric environment. 雑誌　／　共著　／　2020年 5月 Biochem Biophys Res Commun ／　Vol.525 No.7 806-811
13	Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain ATCC 43504, a Type Strain That Can Infect Gerbils. 雑誌　／　共著　／　2020年 4月 Microbiol Resour Announc. ／　Vol.9 No.18 e00105-20
14	Non-pathogenic Escherichia coli acquires virulence by mutating a growth-essential LPS transporter. 雑誌　／　共著　／　2020年 4月 PLoS Pathog ／　Vol.16 No.4 e1008469
15	Hypoosmotic stress induces flagellar biosynthesis and swimming motility in Escherichia albertii. 雑誌　／　共著　／　2020年 2月 Commun Biol ／　Vol.3 No.1 87
16	Group A Streptococcus establishes pharynx infection by degrading the deoxyribonucleic acid of neutrophil extracellular traps. 雑誌　／　共著　／　2020年 2月 Sci Rep ／　Vol.10 No.1 3251
17	Escherichia coli O8:H8 Carrying a Novel Variant of the Heat-Labile Enterotoxin LT2 Gene Caused Outbreaks of Diarrhea. 雑誌　／　共著　／　2020年 1月 Open Forum Infect Dis ／　Vol.7 No.1 ofaa021
18	Differential dynamics and impacts of prophages and plasmids on the pangenome and virulence factor repertoires of Shiga toxin-producing Escherichia coli O145:H28. 雑誌　／　共著　／　2020年 1月 Microb Genom ／　Vol.6 No.1 e000323,
19	腸管出血性大腸菌が出現する仕組みの解明雑誌　／　共著　／　2020年バイオインダストリー　／　Vol.78 No.2 110-111
20	Genomic Features of Rickettsia heilongjiangensis Revealed by Intraspecies Comparison and Detailed Comparison With Rickettsia japonica. 雑誌　／　共著　／　2019年12月 Front Microbiol ／　Vol.10 2787
21	A highly efficient method for concentrating DNA from river water by combined coagulation and foam separation. 雑誌　／　共著　／　2019年12月 Separation Science and Technology ／　Vol.54 3128-3134
22	Genotypic diversity of Streptococcus suis and the S. suis-like bacterium Streptococcus ruminantium in ruminants. 雑誌　／　共著　／　2019年11月 VET RES ／　Vol.50 No.1 94
23	O-antigen biosynthesis gene clusters of Escherichia albertii: their diversity and similarity to Escherichia coli gene clusters and the development of an O-genotyping method. 雑誌　／　共著　／　2019年11月 MICROBIOL GENOMICS ／　Vol.5 No.11 e000314
24	Comparison of the sequencing bias of currently available library preparation kits for Illumina sequencing of bacterial genomes and metagenomes. 雑誌　／　共著　／　2019年10月 DNA RES ／　Vol.26 No.5 391-398,
25	Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli revealed that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains. 雑誌　／　共著　／　2019年 9月 GENOME RES ／　Vol.29 No.9 1495-1505
26	Alternative Oxidase Capacity of Mitochondria in Microsporophylls May Function in Cycad Thermogenesis. 雑誌　／　共著　／　2019年 6月 PLANT PHYSIOL ／　Vol.180 No.2 743-756
27	Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer. 雑誌　／　共著　／　2019年 6月 NAT MED ／　Vol.25 No.256 968-976
28	Local structural changes of the influenza A virus ribonucleoprotein complex by single mutations in the specific residues involved in efficient genome packaging. 雑誌　／　共著　／　2019年 5月 VIROLOGY ／　Vol.531 126-140
29	Arsenate and microbial dynamics in different phosphorus regimes of the subtropical Pacific Ocean. 雑誌　／　共著　／　2019年 5月 Progress in Oceanography ／　Vol.176 102115
30	Evaluation of SNP calling methods for closely related bacterial isolates and a novel high-accuracy pipeline: BactSNP. 雑誌　／　共著　／　2019年 5月 MICROBIOL GENOMICS ／　Vol.5 No.5 e000261
31	Draft Genome Sequence of Mycolicibacterium sp. Strain NCC-Tsukiji, Isolated from Blood Culture of a Patient with Malignant Lymphoma. 雑誌　／　共著　／　2019年 4月 MICROBIOL RESOUR ANNOUNC ／　Vol.8 No.14 e01575-18
32	BspR/BtrA, an Anti-σ Factor, Regulates the Ability of Bordetella bronchiseptica To Cause Cough in Rats. 雑誌　／　共著　／　2019年 4月 MSPHERE ／　Vol.4 No.42 e00093-19
33	Genomic Characterization of β-Glucuronidase-Positive Escherichia coli O157:H7 Producing Stx2a. 雑誌　／　共著　／　2018年12月 EMERG INFECT DIS ／　Vol.24 No.12 2219-2227
34	Multi-step genomic dissection of a suspected intra-hospital Helicobacter cinaedi outbreak. 雑誌　／　共著　／　2018年12月 MICROBIOL GENOMICS ／　Vol.4 No.12 :e000236
35	Amylibacter kogurei sp. nov., a novel marine alphaproteobacterium isolated from the coastal sea surface microlayer of a marine inlet. 雑誌　／　共著　／　2018年 9月 INT J SYST EVOL MICR ／　Vol.68 No.689 2872-2877
36	Mycobacterium shigaense sp. nov., a slow-growing, scotochromogenic species, is a member of the Mycobacterium simiae complex. 雑誌　／　共著　／　2018年 8月 INT J SYST EVOL MICR ／　Vol.68 No.8 2437-2442
37	Complete Genome Sequence of Mycobacterium shigaense. 雑誌　／　共著　／　2018年 6月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.6 No.25 e00552-18
38	Tracing Genomic Divergence of Vibrio Bacteria in the Harveyi Clade. 雑誌　／　共著　／　2018年 6月 J BACTERIOL ／　Vol.200 No.15 e00001-18
39	Availability of Nanopore sequences in the genome taxonomy for Vibrionaceae systematics: Rumoiensis clade species as a test case. 雑誌　／　共著　／　2018年 6月 PEERJ ／　Vol.6 e5018
40	Complete Genome Sequence of Geobacter sulfurreducens Strain YM18, Isolated from River Sediment in Japan. 雑誌　／　共著　／　2018年 5月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.6 No.19 e00352-18
41	Draft Genome Sequence of Saccharospirillum sp. Strain MSK14-1, Isolated from Surface Seawater Collected at Aburatsubo Inlet in Japan. 雑誌　／　共著　／　2018年 5月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.6 No.22 e00552-18
42	Effects of bacterial pollution caused by a strong typhoon event and the restoration of a recreational beach: Transitions of fecal bacterial counts and bacterial flora in beach sand. 雑誌　／　共著　／　2018年 5月 SCI TOTAL ENVIRON ／　Vol.640-541 52-61
43	Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl- Pump in Marine Bacteria. 雑誌　／　共著　／　2018年 5月 MICROBES ENVIRON ／　Vol.33 No.1 89-97
44	Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia. 雑誌　／　共著　／　2018年 5月 ISME J ／　Vol.12 No.5 1329-1343
45	Naturally occurring a loss of a giant plasmid from Mycobacterium ulcerans subsp. shinshuense makes it non-pathogenic. 雑誌　／　共著　／　2018年 5月 SCI REP ／　Vol.8 No.1 8218
46	Small RNA repertoires and their intraspecies variation in Aggregatibacter actinomycetemcomitans. 雑誌　／　共著　／　2018年 4月 DNA RES ／　Vol.25 No.2 207-215
47	Comparison of the microbial community structure between inflamed and non-inflamed sites in patients with ulcerative colitis. 雑誌　／　共著　／　2018年 2月 J GASTROEN HEPATOL ／　Vol.33 No.9 1590-1597
48	R-Spondin1 expands Paneth cells and prevents dysbiosis induced by graft-versus-host disease. 雑誌　／　共著　／　2017年12月 J EXP MED ／　Vol.214 No.12 3507-3518
49	Complete Chromosome Sequence of a Mycolactone-Producing Mycobacterium, Mycobacterium pseudoshottsii. 雑誌　／　共著　／　2017年11月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.5 No.48 e01363-17
50	Population structure of Escherichia coli O26 : H11 with recent and repeated stx2 acquisition in multiple lineages. 雑誌　／　共著　／　2017年11月 MICROBIOL GENOMICS ／　Vol.3 No.11 e000141
51	Isolation of six novel 7-oxo- or urso-type secondary bile acid-producing bacteria from rat cecal contents. 雑誌　／　共著　／　2017年11月 J BIOSCI BIOENG ／　Vol.124 No.5 514-522
52	Complete and Draft Genome Sequences of Eight Oceanic Pseudomonas aeruginosa Strains. 雑誌　／　共著　／　2017年11月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.5 No.44 e01255-17
53	Draft Genome Sequence of Rubricoccus marinus SG-29T, a Marine Bacterium within the Family Rhodothermaceae, Which Contains Two Different Rhodopsin Genes. 雑誌　／　共著　／　2017年 9月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.5 No.38 e00990-17
54	Genomic Characteristics of Bifidobacterium thermacidophilum Pig Isolates and Wild Boar Isolates Reveal the Unique Presence of a Putative Mobile Genetic Element with tetW for Pig Farm Isolates. 雑誌　／　共著　／　2017年 8月 FRONT MICROBIOL ／　Vol.15 No.8 1540
55	Thaumasiovibrio occultus gen. nov. sp. nov. and Thaumasiovibrio subtropicus sp. nov. within the family Vibrionaceae, isolated from coral reef seawater off Ishigaki Island, Japan. 雑誌　／　共著　／　2017年 7月 SYST APPL MICROBIOL ／　Vol.40 No.5 290-296
56	Algibacter aquaticus sp. nov., a slightly alkaliphilic marine Flavobacterium isolated from coastal surface water. 雑誌　／　共著　／　2017年 7月 INT J SYST EVOL MICR ／　Vol.67 No.7 2199-2204
57	Vibrio aphrogenes sp. nov., in the Rumoiensis clade isolated from a seaweed. 雑誌　／　共著　／　2017年 6月 PLOS ONE ／　Vol.12 No.6 e0180053
58	Identification of Shiga toxin-producing (STEC) and enteropathogenic (EPEC) Escherichia coli in diarrhoeic calves and comparative genomics of O5 bovine and human STEC. 雑誌　／　共著　／　2017年 4月 VET MICROBIOL ／　Vol.202 16-22
59	A Geographically Widespread Outbreak Investigation and Development of a Rapid Screening Method Using Whole Genome Sequences of Enterohemorrhagic Escherichia coli O121. 雑誌　／　共著　／　2017年 4月 FRONT MICROBIOL ／　Vol.8 701
60	Clonal Lineages of Erysipelothrix rhusiopathiae Responsible for Acute Swine Erysipelas in Japan Identified by Using Genome-Wide Single-Nucleotide Polymorphism Analysis. 雑誌　／　共著　／　2017年 3月 APPL ENVIRON MICROB ／　Vol.83 No.11 e00130-17
61	Draft Genome Sequences of Tersicoccus phoenicis DSM 30849T, Isolated from a Cleanroom for Spacecraft Assembly, and Tersicoccus sp. Strain Bi-70, Isolated from a Freshwater Lake. 雑誌　／　共著　／　2017年 3月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.5 No.13 e00079-17
62	Identification of a New Virulent Clade in Enterohemorrhagic Escherichia coli O26:H11/H- Sequence Type 29. 雑誌　／　共著　／　2017年 2月 SCI REP ／　Vol.7 43136
63	Extremely Low Genomic Diversity of Rickettsia japonica Distributed in Japan. 雑誌　／　共著　／　2017年 1月 GENOME BIOL EVOL ／　Vol.9 No.1 124-133
64	現在のメタゲノム解析からは見えてこない細菌ゲノムの菌株間多様性とそのメカニズム-大腸菌を例として雑誌　／　共著　／　2017年生体の科学／　Vol.68 No.682 102-107
65	菌種・サブタイプ横断的な大規模比較ゲノム解析-進化,多様化,パンゲノム- 雑誌　／　単著　／　2017年化学療法の領域／　Vol.33 No.7 1381-1391
66	Complete Genome Sequence of Streptococcus sp. Strain NPS 308. 雑誌　／　共著　／　2016年12月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.6 e01349-16
67	Non-exponential growth of Mycobacterium leprae Thai-53 strain cultured in vitro 雑誌　／　共著　／　2016年12月 MICROBIOL IMMUNOL ／　Vol.60 No.12 817-823
68	Mitochondrial Genome Sequences of Four Strains of the Bloom-Forming Raphidophyte Heterosigma akashiwo. 雑誌　／　共著　／　2016年12月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.6 e01288-16
69	Draft Genome Sequences of Two Fabibacter sp. Strains Isolated from Coastal Surface Water of Aburatsubo Inlet, Japan. 雑誌　／　共著　／　2016年12月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.6 e01360-16
70	Genes essential for the morphogenesis of the Shiga toxin 2-transducing phage from Escherichia coli O157:H7 雑誌　／　共著　／　2016年12月 SCI REP ／　Vol.6 39036
71	Complete Genome Sequence of Klebsiella oxytoca Strain JKo3. 雑誌　／　共著　／　2016年11月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.6 e01221-16
72	Complete Genome Sequence of a Phycodnavirus, Heterosigma akashiwo Virus Strain 53. 雑誌　／　共著　／　2016年11月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.6 e01279-16
73	Complete Genome Sequence of Mycobacterium ulcerans subsp. shinshuense. 雑誌　／　共著　／　2016年 9月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.5 e01050-16
74	Phylogenetic analysis of enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) isolated in Japan revealed the emergence of CTX-M-14-producing EAEC O25:H4 clones related to ST131. 雑誌　／　共著　／　2016年 8月 J CLIN MICROBIOL ／　Vol.54 No.8 2128-2134
75	Genomic evidence that Vibrio inhibens is a heterotypic synonym of Vibrio jasicida 雑誌　／　共著　／　2016年 8月 INT J SYST EVOL MICR ／　Vol.66 No.8 3214-3218
76	Draft Genome Sequence of Lewinella sp. Strain 4G2 Isolated from the Coastal Sea Surface Microlayer. 雑誌　／　共著　／　2016年 7月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.4 e00754-16
77	Colistin-Resistant mcr-1-Positive Pathogenic Escherichia coli in Swine, Japan, 2007-2014. 雑誌　／　共著　／　2016年 7月 EMERG INFECT DIS ／　Vol.22 No.7 1315-1317
78	Six Novel O Genotypes from Shiga Toxin-Producing Escherichia coli 雑誌　／　共著　／　2016年 5月 FRONT MICROBIOL . ／　Vol.7 765
79	Draft Genome Sequences of Five Rapidly Growing Mycobacterium Species, M. thermoresistibile, M. fortuitum subsp. acetamidolyticum, M. canariasense, M. brisbanense, and M. novocastrense 雑誌　／　共著　／　2016年 5月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.3 e00322-16
80	Genetic relatedness and virulence properties of enteropathogenic Escherichia coli strains of serotype O119:H6 expressing localized adherence or localized and aggregative adherence-like patterns on HeLa cells. 雑誌　／　共著　／　2016年 5月 INT J MED MICROBIOL ／　Vol.306 No.3 152-64
81	Emergence of a Multidrug-Resistant Shiga Toxin-Producing Enterotoxigenic Escherichia coli Lineage in Diseased Swine in Japan. 雑誌　／　共著　／　2016年 4月 J CLIN MICROBIOL ／　Vol.54 No.544 1074-81
82	Complete Genome Sequence of Klebsiella pneumoniae YH43. 雑誌　／　共著　／　2016年 4月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.42 e00242-16
83	The genomic basis of parasitism in the Strongyloides clade of nematodes. 雑誌　／　共著　／　2016年 3月 NAT GENET ／　Vol.48 No.483 299-307
84	Draft Genome Sequences of Sarcina ventriculi Strains Isolated from Wild Japanese Macaques in Yakushima Island. 雑誌　／　共著　／　2016年 2月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.4 No.1 e01694-15
85	The complete genome sequencing of Prevotella intermedia strain OMA14 and a subsequent fine-scale, intra-species genomic comparison reveal an unusual amplification of conjugative and mobile transposons and identify a novel Prevotella-lineage-specific repeat. 雑誌　／　共著　／　2016年 2月 DNA RES ／　Vol.23 No.1 11-9
86	Defining the Genome Features of Escherichia albertii, an Emerging Enteropathogen Closely Related to Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2015年11月 GENOME BIOL EVOL ／　Vol.7 No.12 3170-9
87	The Shiga toxin 2 production level in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 is correlated with the subtypes of toxin-encoding phage. 雑誌　／　共著　／　2015年11月 SCI REP ／　Vol.5 16663
88	A New Screen for Tuberculosis Drug Candidates Utilizing a Luciferase-Expressing Recombinant Mycobacterium bovis Bacillus Calmette-Guéren. 雑誌　／　共著　／　2015年11月 PLOS ONE ／　Vol.10 No.1011 e0141658
89	Draft Genome Sequence of Lactobacillus gorillae Strain KZ01T, Isolated from a Western Lowland Gorilla. 雑誌　／　共著　／　2015年10月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.3 No.5 e01196-15
90	Description of a novel marine bacterium, Vibrio hyugaensis sp. nov., based on genomic and phenotypic characterization. 雑誌　／　共著　／　2015年 6月 SYST APPL MICROBIOL ／　Vol.38 No.5 300-4
91	ersistence and epidemic propagation of a Pseudomonas aeruginosa sequence type 235 clone harboring an IS26 composite transposon carrying the blaIMP-1 integron in Hiroshima, Japan, 2005 to 2012. 雑誌　／　共著　／　2015年 5月 ANTIMICROB AGENTS CH ／　Vol.59 No.5 2678-2687
92	Draft Genome Sequence of the Archiascomycetous Yeast Saitoella complicata. 雑誌　／　共著　／　2015年 5月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.3 No.33 e00220-15
93	Complete Genome Sequence of Methylobacterium aquaticum Strain 22A, Isolated from Racomitrium japonicum Moss. 雑誌　／　共著　／　2015年 4月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.3 No.2 e00266-15
94	A complete view of the genetic diversity of the Escherichia coli O-antigen biosynthesis gene cluster. 雑誌　／　共著　／　2015年 2月 DNA RES ／　Vol.22 No.11 101-107
95	Polymorphisms influencing expression of dermonecrotic toxin in Bordetella bronchiseptica. 雑誌　／　共著　／　2015年 2月 PLOS ONE ／　Vol.10 No.2 e0116604
96	Contrasting inter- and intraspecies recombination patterns in the ‘Harveyi clade’ Vibrio collected over large spatial and temporal scales. 雑誌　／　共著　／　2014年12月 GENOME BIOL EVOL ／　Vol.7 No.1 71-80
97	Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. 雑誌　／　共著　／　2014年10月 ISME J ／　Vol.9 No.10 e110769
98	Genome evolution and plasticity of Serratia marcescens, an important multidrug resistant nosocomial pathogen. 雑誌　／　共著　／　2014年 8月 GENOME BIOL EVOL ／　Vol.6 No.8 2096-2110
99	Phylogenetic clades 6 and 8 of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 with particular stx subtypes are more frequently found in isolates from hemolytic uremic syndrome patients than from asymptomatic carriers. 雑誌　／　共著　／　2014年 8月 OPEN FORUM INFECT DI ／　Vol.1 No.2 ofu061
100	Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads. 雑誌　／　共著　／　2014年 8月 GENOME RES ／　Vol.24 No.8 1384-1395
101	Various pAQU plasmids possibly contribute to disseminate tetracycline resistance gene tet(M) among marine bacterial community. 雑誌　／　共著　／　2014年 5月 FRONT MICROBIOL ／　Vol.12 No.5 152
102	Complete genome sequence of Bordetella bronchiseptica S798, an isolate from a pig with atrophic rhinitis. 雑誌　／　共著　／　2014年 5月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.2 No.3 e00436-14
103	Functional characterization of flavobacteria rhodopsins reveals a unique class of light-driven chloride pump in bacteria. 雑誌　／　共著　／　2014年 5月 P NATL ACAD SCI USA ／　Vol.111 No.18 6732-6737
104	Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. 雑誌　／　共著　／　2014年 5月 ISME J ／　Vol.9 No.5 1166-76
105	The lineage-specific distribution of IS-excision enhancer in enterotoxigenic Escherichia coli isolated from swine. 雑誌　／　共著　／　2014年 2月 APPL ENVIRON MICROB ／　Vol.80 No.4 1394-1402
106	Draft genome sequence of Clostridium botulinum type B strain Osaka05, isolated from an infant patient with botulism in Japan. 雑誌　／　共著　／　2014年 1月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.2 No.1 e01010-13
107	Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain TKP isolated from a γ- hexachlorocyclohexane- degrading mixed culture. 雑誌　／　共著　／　2014年 1月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.2 No.1 e01241-13
108	Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1, isolated from a microbial community enriched by the technical formulation of hexachlorocyclohexane 雑誌　／　共著　／　2014年 1月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.2 No.1 e01130-13.
109	A novel small regulatory RNA enhances cell motility in enterohemorrhagic Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2014年 J GEN APPL MICROBIOL ／　Vol.60 No.1 44-50
110	Diversification of two lineages of symbiotic Photobacterium. 雑誌　／　共著　／　2013年12月 PLOS ONE ／　Vol.8 No.12 :e82917.
111	Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov. 雑誌　／　共著　／　2013年12月 FRONT MICROBIOL ／　Vol.4 414
112	Involvement of the novel two-component NsrRS and LcrRS systems in distinct resistance pathways against nisin A and nukacin ISK-1 in Streptococcus mutans. 雑誌　／　共著　／　2013年 8月 APPL ENVIRON MICROB ／　Vol.79 No.15 4751-4755
113	Whole-genome sequence of the potentially hyper-transmissible multi-drug resistant mycobacterium tuberculosis Beijing strain 雑誌　／　共著　／　2013年 8月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.1 No.4 e00608-13
114	Taxonomic revision of Harveyi clade bacteria (family Vibrionaceae) based on analysis of whole genome sequences. 雑誌　／　共著　／　2013年 7月 INT J SYST EVOL MICR ／　Vol.63 No.7 2742-2751
115	Transcriptomic analysis of four developmental stages of Strongyloides venezuelensis. 雑誌　／　共著　／　2013年 2月 PARASITOL INT ／　Vol.62 No.1 57-65
116	Complete genome sequence of a Propionibacterium acnes isolate from a sarcoidosis patient. 雑誌　／　共著　／　2013年 1月 GENOME ANNOUNC ／　Vol.1 No.1 e00016-12
117	Human gastroenteritis outbreak associated with Escherichia albertii, Japan. 雑誌　／　共著　／　2013年 1月 EMERG INFECT DIS ／　Vol.19 No.1 144-146
118	Whole-genome sequence of the hypervirulent clinical strain Mycobacterium intracellulare M.i.198. 雑誌　／　共著　／　2012年11月 J BACTERIOL ／　Vol.194 No.22 6336
119	Detection of diverse aquatic microbes in blood and organs of drowning victims: First metagenomic approach using high-throughput 454-pyrosequencing. 雑誌　／　共著　／　2012年 7月 FORENSIC SCI INT ／　Vol.220 No.1-3 135-146
120	Complete genome sequence of Helicobacter cinaedi strain PAGU611, isolated in a case of human bacteremia. 雑誌　／　共著　／　2012年 7月 J BACTERIOL ／　Vol.194 No.14 3744-3745
121	A sensitive and simple plaque formation method for the Stx2 phage of Escherichia coli O157:H7, which does not form plaques in the standard plating procedure. 雑誌　／　共著　／　2012年 5月 PLASMID ／　Vol.67 No.3 227-235
122	Hemolysin E- and enterohemolysin-derived hemolytic activity of O55/O157 strains and other Escherichia coli lineages. 雑誌　／　共著　／　2012年 3月 MICROBIOLOGY ／　Vol.158 No.3 746-758
123	Clinical significance of Escherichia albertii. 雑誌　／　共著　／　2012年 3月 EMERG INFECT DIS ／　Vol.18 No.3 488-492
124	Is bile acid a determinant of the gut microbiota on a high-fat diet? 雑誌　／　共著　／　2012年 GUT MICROBES ／　Vol.3 No.5 455-459
125	腸管出血性大腸菌における病原性のゲノム進化雑誌　／　共著　／　2012年感染・炎症・免疫／　Vol.42 182-195
126	腸管出血性大腸菌O111の進化と病原性雑誌　／　共著　／　2012年神経内科／　Vol.76 No.2 155-163
127	「細菌ゲノム」新規ゲノム配列決定編単行本　／　分担執筆　／　2012年細胞工学別冊次世代シークエンサー目的別アドバンストメソッド秀潤社／　120-129
128	Bile acid is a host factor that regulates the composition of the cecal microbiota in rats. 雑誌　／　共著　／　2011年11月 GASTROENTEROLOGY ／　Vol.141 No.5 1773-81
129	Typing of O26 enterohaemorrhagic and enteropathogenic Escherichia coli isolated from humans and cattle with IS621 multiplex PCR-based fingerprinting. 雑誌　／　共著　／　2011年 9月 J APPL MICROBIOL ／　Vol.111 No.3 773-786
130	The lifestyle of the segmented filamentous bacterium: a nonculturable gut-associated immunostimulating microbe inferred by whole-genome sequencing. 雑誌　／　共著　／　2011年 8月 DNA RES ／　Vol.18 No.4 291-303
131	Wide distribution of O157-antigen biosynthesis gene clusters 1 in Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2011年 8月 PLOS ONE ／　Vol.6 No.8 e23250
132	Characterisation of the Porphyromonas gingivalis conjugative transposon CTnPg1: determination of the integration site and the genes essential for conjugal transfer. 雑誌　／　共著　／　2011年 7月 MICROBIOLOGY ／　Vol.157 No.7 2022-2032
133	The genome of Erysipelothrix rhusiopathiae, the causative agent of swine erysipelas, reveals new insights into the evolution of Firmicutes and the organism's intracellular adaptations. 雑誌　／　共著　／　2011年 6月 J BACTERIOL ／　Vol.193 No.12 2959-2971
134	Genome sequence of Photobacterium mandapamensis strain svers.1.1, the bioluminescent symbiont of the cardinal fish Siphamia versicolor. 雑誌　／　共著　／　2011年 6月 J BACTERIOL ／　Vol.193 No.12 3144-3145
135	IS-excision enhancer removes transposable elements from bacterial genomes and induces various genomic deletions. 雑誌　／　共著　／　2011年 1月 NAT COMMUN ／　Vol.2 2152
136	「病原菌と常在菌の境界」(第6章腸内共生系の破綻と疾病) 単行本　／　分担執筆　／　2011年腸内共生系のバイオサイエンス,　財団法人日本ビフィズス菌センター編　丸善出版／　207-219
137	腸管出血性大腸菌と腸管病原性大腸菌のゲノム解読と病原性進化メカニズムの解明雑誌　／　単著　／　2011年日本細菌学雑誌／　Vol.66 No.2 175-186
138	Genome Comparison and Phylogenetic Analysis of Orientia tsutsugamushi Strains. 雑誌　／　共著　／　2010年10月 DNA RES ／　Vol.17 No.5 281-291
139	Complete genome sequence of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE15, belonging to phylogenetic group B2. 雑誌　／　共著　／　2010年 2月 J BACTERIOL ／　Vol.192 No.4 1165-1166
140	Comparative genomics reveal the mechanism of the parallel evolution of O157 and non-O157 enterohemorrhagic Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2009年10月 P NATL ACAD SCI USA ／　Vol.106 No.42 17939-17944
141	Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli O157 genomes. 雑誌　／　共著　／　2009年10月 GENOME RES ／　Vol.19 No.10 1809-1816
142	Development of a multiplex PCR-based rapid typing method 1 for enterohemorrhagic Escherichia coli O157 strains. 雑誌　／　共著　／　2009年 9月 J CLIN MICROBIOL ／　Vol.47 No.9 2888-2894
143	Pulsed-field gel electrophoresis profile changes resulting from spontaneous chromosomal deletions in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 during passage in cattle. 雑誌　／　共著　／　2009年 9月 APPL ENVIRON MICROB ／　Vol.75 No.17 5719-5726
144	The defective prophage pool of Escherichia coli O157: prophage-prophage interactions potentiate horizontal transfer of virulence determinants. 雑誌　／　共著　／　2009年 5月 PLOS PATHOG ／　Vol.5 No.5 e1000408
145	A precise reconstruction of the emergence and constrained radiations of Escherichia coli O157 portrayed by backbone concatenomic analysis. 雑誌　／　共著　／　2009年 5月 P NATL ACAD SCI USA ／　Vol.106 No.21 8713-8718
146	The complete genome sequence and comparative genome analysis of enteropathogenic E. coli O127:H6 strain E2348/69. 雑誌　／　共著　／　2009年 1月 J BACTERIOL ／　Vol.191 No.1 347-354
147	ゲノム解析から見えてきた腸管出血性大腸菌の毒素及び病原因子の新知見雑誌　／　共著　／　2009年化学療法の領域／　Vol.25 No.5 767-777
148	Complete Genome Sequence and Comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE11 isolated from a healthy adult. 雑誌　／　共著　／　2008年12月 DNA RES ／　Vol.15 No.6 375-386
149	Systematic identification and sequence analysis of the genomic islands of the enteropathogenic Escherichia coli strain B171-8 by the combined use of Whole Genome PCR Scanning and fosmid mapping. 雑誌　／　共著　／　2008年11月 J BACTERIOL ／　Vol.190 No.21 6948-6960
150	The whole-genome sequencing of the obligate intracellular bacterium Orientia tsutsugamushi revealed massive gene amplification during reductive genome evolution. 雑誌　／　共著　／　2008年 8月 DNA RES ／　Vol.15 No.4 185-199
151	Genomic comparison of the O-antigen biosynthesis gene clusters of Escherichia coli O55 strains belonging to three distinct lineages. 雑誌　／　共著　／　2008年 2月 MICROBIOLOGY ／　Vol.154 No.2 559-570
152	Global regulation by horizontally transferred regulators establishes the pathogenicity of Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2008年 2月 DNA RES ／　Vol.15 No.1 25-38
153	Distribution, functional expression genetic organization of Cif, a phage-encoded type III-secreted effector from enteropathogenic and enterohaemorragic Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2008年 1月 J BACTERIOL ／　Vol.190 No.1 275-285
154	Distribution of stable DnaA-binding sites on the Bacillus Subtilis genome detected using a modified ChIP-chip method. 雑誌　／　共著　／　2007年 8月 DNA RES ／　Vol.14 No.4 155-168
155	Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes. 雑誌　／　共著　／　2007年 8月 DNA RES ／　Vol.14 No.4 169-181
156	Characterization of tccP2 carried by atypical enteropathogenic Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2007年 6月 FEMS MICROBIOL LETT ／　Vol.271 No.1 126-135
157	TccP2-mediated subversion of actin dynamics by EPEC 2 - a distinct evolutionary lineage of enteropathogenic Escherichia coli. 雑誌　／　共著　／　2007年 6月 MICROBIOLOGY ／　Vol.153 No.6 1743-1755
158	TccP2 of O157:H7 and Non-O157 Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC): Challenging the Dogma of EHEC-Induced Actin Polymerization 雑誌　／　共著　／　2007年 2月 INFECT IMMUN ／　Vol.75 No.2 604-612
159	「Genomic view on the evolution of enterohemorrhagic Escherichia coli.」単行本　／　分担執筆　／　2007年 Evolutionary Biology of Bacterial and Fungal Pathogens. ASM Press ／　407-419
160	Extensive genomic diversity and selective conservation of virulence-determinants in enterohaemorrhagic Escherichia coli strains of O157 and non-O157 serotypes. 雑誌　／　共著　／　2007年 GENOME BIOL ／　Vol.8 R138
161	ppGpp with DksA controls gene expression in the LEE pathogenicity island of enterohaemorrhagic Escherichia coli through activation of two virulence regulatory genes. 雑誌　／　共著　／　2006年 7月 MOL MICROBIOL ／　Vol.61 No.1 194-205
162	Complexity of the genomic diversity of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157 revealed by the combinational use of the O157 Sakai oligo DNA microarray and the Whole Genome PCR Scanning. 雑誌　／　共著　／　2006年 2月 DNA RES ／　Vol.13 No.1 3-14
163	Bacillus subtilis YabA is involved in determining the timing and synchrony of replication initiation. 雑誌　／　共著　／　2005年 6月 FEMS MICROBIOL LETT ／　Vol.247 No.1 73-79
164	大腸菌O157のゲノム研究とその応用雑誌　／　共著　／　2005年臨床微生物迅速診断研究会誌(JARMAM) ／　Vol.16 No.2 179-181
165	腸管出血性大腸菌のゲノムの特徴雑誌　／　共著　／　2004年化学療法の領域／　Vol.20 No.9 1328-1333
166	腸管出血性大腸菌のゲノム解析雑誌　／　共著　／　2004年ゲノム医学／　Vol.4 No.2 219-224
167	Increasing the ratio of Soj to Spo0J promotes replication initiation in Bacillus subtilis. 雑誌　／　共著　／　2003年11月 J BACTERIOL ／　Vol.185 No.21 6316-6324
168	Genomic diversity of Escherichia coli O157 revealed by whole genome PCR Scanning. 雑誌　／　共著　／　2002年12月 P NATL ACAD SCI USA ／　Vol.99 No.26 17043-17048
169	Autoregulation of the dnaA-dnaN operon and effects of DnaA protein levels on replication initiation in Bacillus subtilis. 雑誌　／　共著　／　2001年 7月 J BACTERIOL ／　Vol.183 No.13 3833-3841

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